收復臺灣

1646年，清軍攻入浙江境內，明軍將領鄭芝龍投降，其子鄭成功苦勸無果后，帶兵繼續抗清。在輾轉來到廈門、金門地區后，鄭成功率20余萬大軍登陸臺灣，趕走了荷蘭殖民者。1662年，鄭成功去世，其子鄭經發動政變奪得政權，繼續以明朝舊臣的身份與清朝對抗。清朝和鄭經的談判未能取得成功。

武力攻取

清朝政府見招撫不成，轉為武力攻取，出兵占領了金門、廈門、東山島等地，鄭氏的船隊被迫退出大陸。清軍水師乘勝開往臺灣，結果在半路遭遇臺風，船只損毀。第二年清軍再次出征，又一次遭遇臺風。眼見武力攻取屢遭挫折，清朝只能重新和平招撫，表示愿意冊封鄭經為“八閩王”。但由于鄭經堅持要求保留明朝舊例，雙方的談判再次告吹。

1673年，吳三桂、耿精忠、尚可喜發動了三藩之亂。趁著清朝忙于鎮壓三藩時，鄭經派軍橫渡海峽，接連占領福建、廣東沿海地區。

鄭氏混亂

1677年，清政府重建福建水師，1679年，頒布遷界令，下令沿海居民內遷，全面切斷與臺灣的經濟往來。當時的臺灣開發尚不充分，鄭氏政權全靠與大陸的商貿往來，康熙的這一手讓鄭氏政權陷入錢糧匱乏。鄭經緊急下令，要求每戶居民每月增繳一斗米充實軍資，屬下的俸祿也多有拖欠，這讓臺灣上下對鄭經極為不滿。此時，清朝水師將領萬正色率軍大敗鄭氏軍隊，收復沿海地區，鄭經敗回臺灣。

1681年，鄭經病逝，臺灣內部爆發政變，再加上連遭水旱災害，糧食短缺，整個鄭氏政權人心浮動，不斷有人叛逃。

派軍收復

康熙認為收復臺灣的時機已到，任命與鄭成功有殺父之仇的降將施瑯為水師提督，武力攻臺。

1683年農歷六月，施瑯率領戰船200余艘、士兵2.4萬人向臺灣進軍，掌權的鄭克塽（shuǎng）派遣劉國軒據守澎湖列島抗拒清軍。屬下將領建議劉國軒趁著清軍立足未穩先行攻擊，劉國軒卻認為夏季臺風多發，可以等待臺風再次將清軍吹進大海。劉國軒顯然失算了，這年夏季天氣異常平靜，施瑯平安駛過海峽。

施瑯派遣先頭部隊與鄭軍交戰，此時正逢漲潮，部分清軍船只被沖向岸邊，遭到鄭軍包圍。施瑯見狀率軍解救，卻被鄭軍將領林升率軍包圍。雙方展開猛烈交戰，硝煙彌漫。在激戰中，施瑯的右眼被火銃擊傷。鄭軍將領林升的右腿被清軍火炮打斷，失去指揮能力。施瑯趁機率軍奮力突圍，撤退到附近島嶼休整。劉國軒率兵進攻卻無功而返。

臺灣回歸

六月二十二日，施瑯向鄭軍發動總攻，海上的風向有利于鄭軍，清軍將領朱天貴被鄭軍炮擊而死，清軍陷入苦戰。到了中午，風向轉而對清軍有利，清軍順風而下，幾艘船圍攻一艘鄭軍戰船，各種火器齊發。鄭軍全面崩潰，多名大將戰死，損失近1.2萬人和190艘戰船。劉國軒見大勢已去，率領殘部退向臺灣，澎湖各島紛紛向清軍投降。此戰清軍僅傷亡2000余人。

此戰落敗，使鄭克塽大為恐慌，只得上表投降。

臺灣投降后，康熙采納了施瑯等人的建議，設立臺灣府，下轄臺灣、諸羅、鳳山3縣，歸福建省管轄，島上駐兵8000人。