中圖分類號:S665.401 文獻標志碼:A 文章編號:1002-1302(2025)14-0033-10
石榴(PunicagranatumL.)為石榴科石榴屬果樹,是重要的功能性水果[1]。石榴果實中富含類黃酮、鞣花單寧等酚類物質,具有抗炎、抗動脈粥樣硬化、抗糖尿病、抗乳腺癌、抗前列腺癌、抗結腸癌等效果,其保健功能較強,同時也具有重要的觀賞價值。云南蒙自是我國八大石榴產區之一。蒙自石榴因具有色澤鮮艷、籽粒飽滿、粒大核軟、晶瑩剔透、固形物含量高、風味濃郁、汁多爽口、可食率高和成熟早等特點而名揚中外。但是近年來,蒙自石榴的品質有所下降,好果率變低,嚴重影響了果農生產的積極性。
OFP轉錄因子編碼OFP蛋白(OVATEfamilyprotein,即卵形家族蛋白),是一類植物特異性轉錄調控蛋白,在植物的生長發育、應對逆境脅迫中起到重要作用[2-6]。OVATE 基因最早是在番茄中被發現的,人們將它定義為可控制番茄果實形狀的基因。如果OVATE基因中提前出現終止密碼子的變異,會使蕃茄果實形狀由圓形變成梨形,而當它過量表達時,又會抑制番茄的生長[7]
近年來,隨著生物信息學、基因組學的發展,對OFP轉錄因子的研究也逐漸增多,研究者在亮葉樺[8]、白菜[9]、番茄[]、楊樹[6]、蘿卜[4]、葡萄[10]、柚[1]、胡椒[12]、甘藍型油菜[13]、草莓[14]等植物中開展了OFP基因家族生物信息學分析和功能研究。在楊樹基因組中,研究者共鑒定到30個OFP基因,通過系統發育分析將OFP基因劃分為4個亞族?;虮磉_分析結果表明,一些OFP轉錄因子的表達存在組織器官特異性。當楊樹OFP1在擬南芥中超表達時,轉基因植株在苗期的抗澇性增加,并且在成苗階段植株的成活率較野生型高[6]。研究者在柚子的基因組中共鑒定到16個OFP基因,共線性分析結果表明,片段重復、串聯復制事件是柚子基因家族擴張的主要機制。將CitOFP19在番茄中進外,研究者分別在栽培茶、古樹茶基因組中鑒定到26、13個OFP基因。共線性分析結果表明,OFP基因在栽培茶中可能經歷了1次特殊的基因擴張。通過系統發育分析,將OVATE基因分為4個亞族,第3亞族的基因數目最多。不同器官和群體的轉錄組數據顯示,許多OFP基因在幼嫩枝、葉片中高表達,隨著葉的發育,它們的表達水平逐漸下降。推測OFP基因在茶葉片的發育過程中起到重要作用[15]。研究者在3個胡椒基因組中共鑒定到74個OFP基因,基因結構分析顯示,胡椒OFP基因具有1~3個外顯子。另外,研究者在 CaOFP 基因的啟動子區域發現了許多順式作用元件,包括ABRE、ARE、Box4、G-box,TC-rich 和TCT-motif,表達模式分析結果表明,CaOFP基因積極參與了胡椒的生長、果形的形成等過程[12]。甜瓜中果實的形狀是由1個不完全顯性的位點基因 CmFSI8/CmOFPI3 控制的,通過混合分組分析法(BSA)分析和圖位克隆方法,將該基因定位在8號染色體上。進一步分析發現,CmFSI8/CmOFP13編碼OVATE家族蛋白(OFP),與AtOFP1和 SlOFP20是同源基因。CmFSI8/CmOFP13的轉錄水平在扁圓形果實HP22中顯著高于長果形B8。將CmFSI8/CmOFP13在擬南芥中超表達后發現,擬南芥的葉片呈腎形,果莢縮短」。在桃的基因組中共鑒定到15個OFP,其中有8個OFP 基因在桃的各個組織中表達。酵母雙雜交和生物分子熒光互補試驗結果表明,OFP4和OFP5可以形成同源二聚體,OFP5可以和OFP7或OFP8互作,形成異源二聚體[17]。在香蕉的基因組中共鑒定到49個OFP,其中49個OFP基因分布在11條染色體上。表達分析結果表明,MaOFP1不光可以和MaMADS36互作,還可以和其他一些激素響應蛋白互作,從而調控果實硬度、可溶性固形物含量和可溶性糖含量等果實成熟相關因素[18]。中國梨感染黑心病后,2個OFP基因(Pbr010426.1和Pbr010427.1)的相對表達量上調;用PEG處理后,5個基因的相對表達量上調[2]。對蘿卜的研究發現,除乙烯外,脫落酸(ABA)、萘乙酸(NAA)、6-芐基腺嘌呤(6-BA)和赤霉素( GA3 )都可以誘導RsOFP2.3的表達,其中 RsOFP2.3 對外源赤霉素最敏感[4]。
石榴在生長發育過程中會受到多種脅迫,如鹽脅迫、干旱脅迫、澇害等,同時石榴還容易發生干腐病、黑斑病、瘡痂病等病害。在梨、蘿卜和胡椒等植物上的研究結果表明,在逆境脅迫下,OFP轉錄因子參與了逆境脅迫,從而幫助植物適應逆境環境[2,4,12]。但是,目前還缺乏關于石榴OFP 轉錄因子參與逆境脅迫的報道。因此,開展OFP轉錄因子在逆境脅迫下的表達分析具有重要意義。本研究利用生物信息學方法對石榴OFP轉錄因子進行鑒定,并進行染色體定位、蛋白理化性質、系統進化、保守結構域、基因結構、啟動子順式作用元件和表達分析,以期為進一步了解OFP基因在石榴應對非生物脅迫中的調控作用奠定基礎,并為石榴的遺傳改良提供理論依據。
1材料與方法
1.1 試驗時間和地點
本試驗于2024年3—7月在紅河學院生物科學與農學學院實驗室完成。
1.2石榴OFP轉錄因子家族的鑒定
從NCBI下載石榴(PunicagranatumL.)全基因組數據[19]。利用PlantTFDB數據庫下載擬南芥[3]]番茄[7]、草莓[14]、葡萄[10]的OFP蛋白序列,并根據相關參考文獻進行命名。首先,利用石榴全基因組序列,構建本地BLAST數據庫,以擬南芥OFP轉錄因子序列進行本地BLAST搜索;同時,從Pfam數據庫中下載OFP的HMM(PF04844)模型,利用TBtools中的SimpleHMMSearch插件進行石榴OFP的篩選。綜合上述2個部分的結果,完成石榴OFP轉錄因子家族的鑒定。
1.3石榴OFP轉錄因子染色體定位和蛋白理化性質分析
利用Map Gene to Chromosome(http://mg2c.iask. in/mg2c-v2.1/? 開展 PgOFP 基因在染色體上的定位分析[20],用TBtools中的Protein ParameterCalc插件進行石榴OFP蛋白理化性質分析。
1.4植物OFP蛋白的系統發育分析
基于軟件MEGAX,采用鄰接法構建擬南芥、草莓、番茄、葡萄和石榴OFP蛋白序列的系統發育進化樹,并通過在線工具進行美化(https://itol.embl. de/)。
1.5石榴OFP蛋白保守基序分析和內含子/外顯子結構分析
用MEME在線分析工具進行石榴OFP的基序分析,參數設置如下:預測基序數量設為10,基序重復次數設為Any,基序長度設為 8~150 個氨基酸殘基。用TBtools工具進行石榴OFP基因家族基因結構的分析和可視化[21] 。
1.6石榴OFP基因啟動子順式作用元件的預測
通過基因組序列和結構注釋文件提取OFP基因上游 2kb 序列作為啟動子區域,然后用PlantCare在線軟件進行順式作用元件的預測,并通過TBtools軟件進行可視化。
1.7石榴OFP基因家族的RNA-Seq分析
從美國國家生物技術信息中心(NCBI)下載與石榴生長發育相關的RNA-Seq數據,詳見表1,調取OFP基因的FPKM值,分析石榴OFP基因家族各成員的表達趨勢,用TBtools和OmicShare平臺(https://www.omicshare.com/tools)繪制表達熱圖。
2 結果與分析
2.1PgOFP轉錄因子家族的鑒定、染色體定位分析及蛋白理化特性分析
綜合2種方法的預測結果,共從石榴基因組中鑒定到17個OFP轉錄因子。根據其在染色體上的位置,將其命名為 PgOFPI~PgOFPI7 (圖1、表2)。如圖1所示,石榴OFP基因分布在除4號染色體、7號染色體外的其他6條染色體上。其中,5號染色體上分布的基因最多,分別有PgOFP1O、PgOFP11、PgOFP12、PgOFP13、PgOFP14;3號染色體上分布有4個基因,分別為PgOFP6、PgOFP7、PgOFP8、PgOFP9;1號染色體上有3個基因,分別為PgOFP1PgOFP2、PgOFP3;2號染色體上有2個基因,分別為 PgOFP4,PgOFP5;8 號染色體上有2個基因,分別為 PgOFPI6,PgOFPI7;6 號染色體上有1個基因,為 PgOFPI5 。石榴OFP蛋白理化性質分析結果見表2。由表2可以看出,石榴OFP蛋白序列長度為 168~455aa ,相對分子量為 19.46~50.85 ku ,等電點為 4.62~9.97 ,大多數蛋白為堿性蛋白。石榴OFP蛋白的總平均親水性均小于0,說明石榴OFP蛋白均為親水性蛋白。
表1石榴轉錄組測數據
圖1石榴OFP基因家族成員在染色體上的分布
2.2石榴OFP基因家族系統進化分析
為了解植物OFP蛋白的系統進化關系,對17個石榴OFP蛋白、18個擬南芥OFP蛋白、26個番茄OFP蛋白、8個葡萄OFP蛋白和14個草莓OFP蛋白構建系統進化樹。如圖2所示,83個OFP蛋白可以劃分為3個亞家族,分別為GroupI、GroupⅡ、GroupI。其中,,GroupI包含的蛋白序列最多,有12個番茄蛋白、9個擬南芥蛋白、6個草莓蛋白、4個葡萄蛋白和8個石榴蛋白;GroupII、GroupⅢ均含有22個蛋白,各包含5、4個石榴蛋白。
表2石榴OFP基因蛋白理化特性分析
圖2石榴、擬南芥、番茄、葡萄和草莓OFP蛋白家族成員的系統進化分析結果
2.3石榴OFP保守基序和基因結構分析
為了解石榴OFP蛋白的保守基序,用在線軟件MEME對 PgOFP 蛋白進行保守基序分析,并利用TBtools軟件結合進化樹進行可視化分析。如圖3、表3所示,通過MEME程序共獲得了10個motif,其中Motif1和Motif2在所有蛋白中都存在。進一步分析發現,Motifl、Motif2的序列均屬于OVATE(PFO4844)結構域;Motif7是PgOFP4、PgOFP10所共有的;Motif8是PgOFP3、PgOFPl4、PgOFP12所共有的;Motif5是PgOFP14、PgOFP9所共有的;Motif3、Motif1O是PgOFP1、PgOFPl2所共有的;Motif6是PgOFP7、PgOFP13、PgOFP17所共有的;Motif9是PgOFP16、PgOFP11、PgOFP13、PgOFP17所共有的。如圖3-c所示,大多數基因都沒有內含子,而PgOFP2、PgOFP6、PgOFP15只有1個內含子。
a—石榴OFP轉錄因子家族的進化樹;b—
家族的進化樹;b—石榴OFP轉錄因子家族的保守結構域分析;c—石榴OFP轉錄因子家族的基因結構圖3石榴OFP轉錄因子家族的系統發育分析、保守結構域和基因結構分析
表3 PgOFP 蛋白序列保守基序預測分析
2.4PgOFP基因的順式元件分析
由圖4、圖5可知,17個 PgOFP 基因啟動子上都含有激素相關的順式作用元件,表明 PgOFP 基因在激素信號轉導中起到重要作用。激素相關的順式作用元件包括與赤霉素響應有關的順式作用元件(P-box)、與生長素響應有關的順式作用元件(AuxRR-core、TGA-element)、與ABA響應有關的順式作用元件(ABRE)、與茉莉酸甲酯響應有關的順式作用元件(TGACG-motif、CGTCA-motif)、與水楊酸響應有關的順式作用元件(TCA-element)。PgOFP基因的啟動子區含有與茉莉酸甲酯響應有關的順式作用元件TGACG-motif和CGTCA-motif各37個。 PgOFP 基因的啟動子區含有與ABA響應有關的順式作用元件(ABRE)33個,而與生長素響應有關的順式作用元件AuxRR-core、TGA-element的數量較少,分別有7、8個。此外,在石榴OFP的啟動子上含有大量光響應元件、逆境脅迫相關的響應元件。光響應元件有TCT-motif、TCCC-motif Box 和GATA-motif。 PgOFP 基因的啟動子區含有的 Box4,G-Box 的數量最多,分別為41、43個,除少數基因外,大多數基因含有多個Box 4,6-Box 。如 PgOFP2 基因的啟動子區含有7個Box4,而PgOFPIO 基因的啟動子區含有8個 G-Box 。逆境脅迫相關的響應元件包括低溫(LTR)、干旱脅迫(ARE)。此外,少部分PgOFP啟動子中還含有MYB結合位點(MBS、MRE、CCAAT-box)。5個PgOFP(PgOFP2、PgOFP3、PgOFP5、PgOFP12、PgOFP16)基因的啟動子區含有1個玉米醇溶蛋白代謝調節元件( 02-site) ,而 PgOFPI2 基因的啟動子區含有2個玉米醇溶蛋白代謝調節元件
圖5石榴OFP基因家族成員啟動子順式作用元件數量分析
2.5石榴OFP在不同組織中的表達分析
利用轉錄組數據開展了17個 PgOFP 基因的表達分析。由圖6可知,17個OFP基因在不同組織和器官中的相對表達量存在明顯差異。大多數OFP基因在石榴的不同組織中低表達或不表達。 PgOFP5,PgOFP4,PgOFPlI 和 PgOFP3 在葉片中的相對表達量最高。而PgOFP7、PgOFP9、PgOFP8和PgOFPI4 在大多數組織中不表達,但在根中的相對表達量最高。 PgOFPI 在大多數的組織中高表達,并且隨著果皮的發育,其相對表達量呈逐漸升高的趨勢。
2.6石榴OFP基因在逆境脅迫中的表達分析
由圖7可知,17個石榴OFP基因在NaCl鹽脅迫的樣品中表現出差異表達。 60% 以上的基因在根中的相對表達量比葉片高; PgOFP2,PgOFP3,PgOFP4 和 PgOFP7 在鹽脅迫的樣品中低表達; PgOFP2 7PgOFP14和PgOFP7在部分葉片中不表達;PgOFPI、PgOFP6 和 PgOFP8 在大多數鹽脅迫樣品中高表達;鹽脅迫后,PgOFP1的相對表達量在處理后3d的根中達到高峰,在處理后3d的葉片中達到最低。為進一步分析石榴OFP基因對ABA的響應,本研究分析了不同濃度ABA噴施對根和葉片中OFP基因表達的影響。由圖8可知,PgOFP2、PgOFP9 和 PgOFP7 在部分ABA處理的樣品中不表達;PgOFPI、PgOFP6在所有樣品中高表達;PgOFPI 在 60μmol/L ABA處理的樣品中,相對表達量最高,當ABA濃度為 30μmol/L 時,樣品的相對表達量最低;當ABA濃度為 0~60μmol/L 時,PgOFP6 的相對表達量隨著濃度的升高呈上升趨勢,當
圖6石榴OFP在不同組織中的表達分析
圖7NaCI處理后PgOFP基因的表達模式分析
ABA濃度為 60μmol/L 時,相對表達量達到峰值,當ABA濃度為 90μmol/L 時,相對表達量下降。
3討論和結論
OFP作為植物中的特異性轉錄因子,參與植物的生長發育和逆境脅迫等生物過程[2-3.5,8,25-26]目前,研究者已經在擬南芥[3]、葡萄[]、桃[17]梨[2]、甜瓜[16]、番茄[7]等植物中開展了OFP家族的鑒定及功能研究。石榴基因組測序的完成,為開展石榴轉錄因子的鑒定提供了可能,但是目前還沒有關于石榴OFP轉錄因子鑒定的報道。OFP基因的數量在不同物種中的差別較大。例如,在桃上有15個OFP基因[17],在中國梨上有28個OFP基因[2]在蘿卜上有35個OFP基因[4],在擬南芥上有18個OFP基因[3],在草莓上有14個OFP基因[14],在葡萄上有8個OFP 基因[10]。研究者從石榴基因組中共鑒定到17個OFP轉錄因子,OFP轉錄因子的數目與擬南芥上的差別不大[3],表明石榴OFP基因在進化上相對保守。根據構建的系統進化樹,可將石榴OFP蛋白分為GroupI、GroupⅡI和Group III。MEME分析結果表明,由Motif1、Motif2構成的OVATEdomain在所有基因中都存在。同一亞家族的基因擁有相似的motif,如 PgOFP9,PgOFPI4 都屬于GroupI,且二者具有相同的保守結構域,推測兩者的功能相同。大多數PgOFP基因沒有內含子,而 PgOFP2,PgOFP6 和PgOFP15只有1個內含子。石榴OFP基因結構與桃相同[17],并且與葡萄[10]、草莓[14]的研究結果一致。內含子的出現是造成基因結構的差異,從而使OFP基因出現功能分化。
圖8不同濃度的ABA處理后PgOFP基因的表達模式分析
啟動子順式作用元件分析結果表明,石榴OFP 基因啟動子序列中含有豐富的光響應元件、赤霉素 響應元件、茉莉酸甲酯、水楊酸、生長素和ABA等多 個生長素響應元件,以及干旱誘導、低溫響應等多 個脅迫響應元件,說明石榴OFP基因參與調控激素 及對逆境脅迫的響應。
開展OFP基因在石榴的不同組織、果實發育階段和非生物脅迫中的表達分析,可以更好地了解OFP基因在石榴生長發育、非生物脅迫中的功能。表達分析結果表明,4個基因( ?PgOFP7,PgOFP9,PgOFP8 和PgOFP14)在石榴的大多數組織中不表達,特別是PgOFP9和 PgOFPI4 的表達模式基本一致,這與MEME分析和進化樹分析結果一致。大量研究發現,OFP轉錄因子與植物的生長發育密切相關[3-4.8,15.27],如葉片的發育在多種植物中都有報道[4.8,15]。將 SLOFP20 基因在番茄中過表達,會造成番茄植物株型的改變,同時提高葉片的葉綠素含量,使葉片衰老延遲[27]。對茶樹的研究表明,OFP轉錄因子參與了茶樹葉片的發育[15]。對亮葉樺的研究發現,將BlOFP3BlOFP5在擬南芥中過表達,不僅造成轉基因擬南芥植物的生長速率減慢,而且使葉片呈鋸齒狀、扁平形和深綠色的蓮座葉8。關于草莓的研究表明,FvOFPI、FvOFPI1、FvOFPl2、FvOFP14在營養器官如葉片、莖和根中表達,表明它們有可能在植物的形態建成、生長發育中起到重要作用[14]。PgOFP4 和PgOFP6是FvOFP1 的同源基因, PgOFP5 是FvOFPl1的同源基因, PgOFPIO 是FuOFP12的同源基因, PgOFPI4 是FvOFPl4的同源基因,相對而言,PgOFP4、PgOFP6、PgOFP5、PgOFP10和 PgOFPI4 在營養器官中的相對表達量比在生殖器官中的相對表達量高,推測它們在植物的形態建成和生長發育中也起到重要作用。在擬南芥上的研究結果表明,過表達AtOFP7可造成腎形狀的子葉和卷曲的葉子[3]。PgOFP15是AtOFP7的同源基因,在葉片中的相對表達量最高。PgOFP15是VvOFP3的同源基因,VvOFP3在葡萄各組織中都有表達,但在根、葉和花中有較高的相對表達量[10]。PgOFP15在大多數組織中都高表達,在根、葉片中高表達,推測 PgOFPI5 在葉片、根發育中起重要作用。
此外,OFP作為轉錄因子能夠調控果實形狀和果實的成熟[11,4,1.18,26,2]。例如對番茄的研究發現,OFP決定番茄果實形狀,使果形由圓形變成梨形,而當它過量表達時,又可造成花器官、小葉變小[29]。香蕉上的 MaMADSI、MaOFPl互作調控糖和細胞壁代謝基因,進而調控糖的積累和果實的軟化,調控果實的成熟[26]。 PgOFPI 是VvOFP1的同源基因,VuOFP1在葡萄花和果實中的相對表達量最高[10]。對石榴的研究發現,PgOFP1在大多數組織中高表達,并且隨著果皮的發育,相對表達量呈逐漸升高的趨勢,推測PgOFP1有可能在石榴果皮發育中起重要作用。
本研究在石榴基因組中鑒定到17個 PgOFP 基因,17個 PgOFP 蛋白可分為GroupI、GroupⅡI和Group I3個亞家族。 PgOFP 的基因結構存在明顯差異,系統進化樹上相鄰分支的基因具有較相似的基因結構和表達模式。 PgOFP 基因在不同組織器官中的相對表達量存在明顯差異, PgOFPI5 在根、葉片中高表達,推測 PgOFPI5 在葉片、根的發育中起重要作用。 PgOFPI 在大多數組織中高表達,并且隨著果皮的發育,其相對表達量呈逐漸升高的趨勢,推測 PgOFPI 有可能在石榴果皮發育中起重要作用。 PgOFP 基因啟動子區域富含光、激素和脅迫等順式作用元件,推測其在石榴逆境響應和激素調控生長發育中具有重要的調控作用。本研究結果可為進一步明確OFP的功能奠定基礎,為石榴的抗性育種提供理論指導。
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