1.自開票納稅人資格的認定問題。企業申請自開票納稅人要求具備“交通管理部門核發的道路運輸經營許可證”,還要求“具有自備運輸工具”。由此產生的問題有,一是許多大城市不允許貨運車輛進城,物流企業大多采取“客車”運貨,在用車輛無法取得“道路運輸經營許可證”。二是片面強調自備車輛,不符合當前物流企業普遍依靠社會車輛的實際,也不利于從整體上整合社會車輛資源,許多物流企業因此無法取得自開票納稅人資格。三是集團型物流企業自開票納稅人資格在所屬網點不能分享。像寶供這樣在全國網絡型經營的大型民營物流企業,在某些新開業的網點也無法取得自開票資格。
2.物流服務收入分別核算、稅率不同的問題。把運輸、倉儲、搬運、包裝、加工、配送等物流環節集成整合、一體化運作,是物流企業的基本模式和優勢所在,由此帶來物流效率的提高和社會資源的節約。但目前的稅務設計,對運輸和其他物流業務實行不同的稅率和增值稅抵扣政策。運輸收入按“交通運輸業”稅目征收3%的營業稅,并允許抵扣工商企業增值稅進項;其余的物流業務應稅收入按“服務業”稅目征收5%的營業稅,還不能納入工商企業增值稅進項抵扣范圍。這樣,不僅不利于物流企業的一體化運作,而且企業在實際操作中也會造成人為地調節運輸收入和其他物流服務的收入比例。
3.按照車輛運力核定最高收入額的問題。目前,稅務部門對取得運輸發票的企業每輛車核定運輸收入最高限額,超過限額的收入即認為不合理。這同當前物流企業市場細分、分段操作的運作模式不相適應。在實際操作中,往往是一家取貨企業收取全程運費,或完成其中一段運輸任務,再根據需要交給另外的企業中轉、分撥、配送,才能保證車輛滿載,降低運營成本。而目前的做法,非常不利于業務外包和資源整合,特別是加重了取貨企業的稅務負擔和風險。
4.倉庫租賃費的扣除問題。隨著物流市場的細分化、服務的細分化,出現了“物流地產”的概念,專營物流業的“物業”公司快速發展,更多的物流企業采取了租賃倉庫的做法。國稅發[2005]208號文雖然規定:“試點企業將承攬的倉儲業務分給其他單位并由其統一收取價款的,應以該企業取得的全部收入減去付給其他倉儲合作方的倉儲費后的余額為營業額計算征收營業稅。”但對租用倉庫的租金成本卻不能在營業額中扣除,這塊成本約占倉儲收入的30%。如果不能扣除,實際上并未從根本上減輕試點企業的負擔。
5.試點企業“所屬企業”的界定問題。國稅發[2005]208號文雖然提到試點企業的“所屬企業”,但沒有明確的界定,是“子公司”,還是“分公司”,在具體執行中不好把握。
6.缺乏適合物流企業運作特點的專用發票。我國缺乏與物流外包形式相對應的物流專用發票,外包業務發生的代墊費用無法在營業稅中抵扣,造成物流企業普遍性的不合理重復納稅現象。同時,為專門以開發票為生的“票務公司”有機可乘,不僅造成國家稅款的流失,也給民營物流企業的合法經營帶來很大風險。
7.物流企業所得稅不能統一繳納的問題。網絡化經營是物流企業的基本特征,發展比較好的民營物流企業都建立了覆蓋全國的經營網點,但這些網點經營狀況不盡相同。按照目前稅法的規定,盈利企業要繳納所得稅,而虧損企業只能由企業自身承擔。就集團型企業來說,無疑增加了稅務負擔。盡管國家稅總出臺國稅函[2006]270號文,規定“物流企業在同一省、自治區、直轄市范圍內設立的跨區域機構(包括場所、網點),凡在總部統一領導下統一經營、統一核算,不設銀行結算賬戶、不編制財務報表和賬簿,并與總部微機聯網、實行統一規范管理的企業,其企業所得稅由總部統一繳納,跨區域機構不就地繳納企業所得稅。”但與物流企業跨省區經營的實際情況,還有相當距離。部分大型國有物流企業已有專案解決。中外合資或外商獨資企業更有《外國企業和外商投資企業所得稅法》的規定,允許匯總繳納。民營物流企業在這方面,顯然沒有得到同等的待遇。
8.內外資企業所得稅方面的不平等問題。同其他行業一樣,外資企業享受著比內資企業低的所得稅稅率。