《臺灣文獻匯刊》系“臺灣文獻史料出版工程”主體項目之一,由廈門大學與福建師范大學負責編纂。
《臺灣文獻匯刊》遴選匯編臺灣歷史文化研究領域最具權威性的珍稀文獻資料600余部。收錄的文獻資料,絕大部分是分藏于祖國大陸各地圖書館、檔案館以及散落于民間的孤本、珍本、抄本,也有一部分是近年在臺灣、日本等地新發現的珍貴文獻。這些文獻資料具有很高的史料價值和研究價值,為揭示臺灣歷史發展變遷,揭示兩岸不可分割的文化淵源關系,提供了最原始、最有力的證據。該項目出版之后,在海內外產生了積極的影響,受到了兩岸學術界、出版界的廣泛關注和熱烈反響。

《臺灣文獻匯刊》輯錄涉臺歷史文化珍貴文獻史料600多部,4萬多頁,總計100冊,定價6萬元人民幣,已由九州出版社與廈門大學出版社于2004年正式出版。
《明清宮藏臺灣檔案匯編》系“臺灣文獻史料出版工程”主體項目之一,由海峽兩岸出版交流中心與中國第一歷史檔案館參與共同編纂。該書全面整理、解密了中國第一歷史檔案館所藏明清時期有關臺灣檔案,系統反映了臺灣地方與明清兩朝中央政府的關系,如實追記了明清政府對臺灣的有效管理,具有極其重要的研究價值。
《明清宮藏臺灣檔案匯編》所輯明清宮藏臺灣檔案自明朝天啟年間至晚清光緒時期,其內容豐富翔實。舉凡鄭氏收復、康熙統一、乾隆平定、光緒設省等重大事件及官員任免、移民開發、海疆防務、甲午割讓等諸多臺地大小政事均有記載。有許多檔案是在這次編纂過程中第一次發現,直接生動地反映了明清兩朝寶島臺灣的滄桑歷史。
《明清宮藏臺灣檔案匯編》已被列為“十一五”國家重點出版規劃項目,輯錄明清時期涉臺珍貴檔案18000多件,全書230冊,定價19.8萬元人民幣,由海峽兩岸出版交流中心策劃,九州出版社2008年12月正式出版。
《館藏民國臺灣檔案匯編》系“臺灣文獻史料出版工程”主體項目之一,由海峽兩岸出版交流中心與中國第二歷史檔案館共同編纂。該書全面整理、解密了中國第二歷史檔案館所藏民國時期有關臺灣問題檔案,系統反映了民國時期中國政府與臺灣的關系。
《館藏民國臺灣檔案匯編》所選檔案史料揭露日本對臺灣的殖民統治,記錄臺灣同胞在日據時期心向祖國,與日本殖民統治當局進行的不屈抗爭;反映了抗戰勝利前后中國政府對臺灣地區的接收、管理及全面安排臺灣光復后經濟、文化、教育等重建工作,是研究臺灣與祖國關系不可多得的第一手史料,具有極高的研究、參考與收藏價值。
《館藏民國臺灣檔案匯編》已被列為“十一五”國家重點出版規劃項目,輯錄民國涉臺珍貴檔案6000多件,13萬頁,總計300冊,定價28萬元人民幣,由海峽兩岸出版交流中心策劃,2007年由九州出版社出版。
“臺灣研究文庫出版工程”規劃出版的圖書由海峽兩岸出版交流中心策劃,九州出版社出版,通過對建國以來已出涉臺專著精選再版及對今后涉臺圖書規劃資助,把深入研究臺灣歷史、社會、政治、經濟、文化,探討臺灣問題及兩岸關系的優秀學術成果系統編纂出版。工程規劃出版圖書150種,約6000萬字,主要為大陸研究成果,其中,再版圖書約占40%,新版圖書約占60%;內容分為四大部分:一是再版1949年以來大陸部分臺灣研究專著;二是國家社科基金資助項目中已完成暫未出版及正在進行的優秀涉臺研究成果;三是全國各大院校涉臺優秀博士論文(約有60余種);四是公開征集國內各臺灣研究機構已經完成暫未出版及正在進行的涉臺優秀研究成果。目前已出版的文庫規劃精品圖書《清代渡海巡臺制度研究》、《臺灣經濟增長理論》、《清代臺灣市鎮研究》等專著受到兩岸學術界的極大關注,在一定程度上促進和豐富臺灣研究。