高效檢測板栗群體基因頻率方法的建立

摘要：以17個板栗群體為試材，采用ABI全自動遺傳分析儀，利用5’端熒光標記的SSR引物，通過混合樣本中PCR產物檢測峰高與豐度對應，分析基因頻率，建立板栗群體混合樣本等位基因及其頻率的分析方法。與聚丙烯酰胺凝膠電泳銀染法相比，ABI全自動遺傳分析儀的檢測靈敏度高，熒光引物CmTCR10(NED)共檢測到78個等位基因，平均每個群體4.6個；引物CmTCR24(6-FAM)檢測到41個等位基因，平均每個群體2.4個。多重PCR熒光SSR檢測結果顯示。可以明確區分不同的等位基因。熒光SSR能準確地讀出片段大小，定量PCR擴增產物的豐度。用GeneScan獲取數據，用Genotyper軟件對數據進行設置與輸出，使用R軟件的FREQS-R模塊，初步探討利用熒光SSR定量化數據，計算供試群體混合樣本的等位基因頻率，可通過熒光SSR產物的豐度來確定混合取樣群體的基因頻率。

關鍵詞：板栗群體：SSR；多重PCR；混和樣本；基因頻率

中圖分類號：S664.2 文獻標識碼：A 文章編號：1009-9980(2011)01-176-06

中國板栗(Castanea mollissima)是我國特有的殼斗科栗屬植物。由于具有堅果品質好、抗逆性強等優點。中國板栗是世界食用栗品種改良的重要基因來源。板栗群體中含有生態適應性的基因資源，是豐富的基因庫，對群體的遺傳多樣性和基因頻率分析將為這些材料的利用、進化及其野生近緣種的關系等研究奠定基礎。每個板栗群體單株混和取樣可以較全面地分析群體內的等位基因數、等位基因頻率、遺傳結構與稀有基因；群體遺傳多樣性分析的群體數目往往較多，群體中單株再分別進行基因頻率鑒定，工作量大；……