Reaxys的檢索及特點

〔摘要〕Reaxys是2009年1月Elsevier公司新推出的基于Web的數(shù)據(jù)庫。該數(shù)據(jù)庫將著名的CrossFire Beilstein/Gmelin、Patent Chemistry 數(shù)據(jù)庫整合在一個平臺下。Reaxys為無機、有機金屬化學和有機化學的研究提供了一個有效地設計化合物合成路線的工具，無論是界面還是功能均針對化學家們的使用習慣進行了全新的設計。本文詳細介紹了該數(shù)據(jù)庫的檢索界面、檢索方法及檢索特點。

〔關鍵詞〕Reaxys；數(shù)據(jù)庫；檢索

收稿日期：2011－08－05

作者簡介：宋玉梅（1980－），女，館員，研究方向：信息檢索及科學計量，發(fā)表論文20余篇。

DOI：10.3969／j.issn.1008－0821.2011.10.037

〔中圖分類號〕G250.74 〔文獻標識碼〕B 〔文章編號〕1008－0821（2011）10－0151－06

The Retrieval and Characteristic of Reaxys

Song Yumei（Library，Nanjing University，Nanjing 210093，China）

〔Abstract〕Reaxys was launched in January 2009 as a new web database by Elsevier.The famous CrossFire Beilstein/Gmelin and Patent Chemistry Database were all integrated in this platform.Reaxys provides an efficient synthetic route designing tool for inorganic，organometallic chemistry and organic chemistry research.Both interface and functionality are designed for the use habits of chemists.The Search interface，the retrieval method and characters of the database were introduced in this paper.

〔Key words〕Reaxys;database;retrieve

Reaxys是愛思維爾公司于2009年1月新推出的基于Web的數(shù)據(jù)庫。它將著名的CrossFire Beilstein/Gmelin、Patent Chemistry 數(shù)據(jù)庫整合在一個平臺下，無論是界面還是功能均針對化學家們的使用習慣進行了全新的設計，為無機、有機金屬化學和有機化學的研究提供了一個有效地設計化合物合成路線的工具。與原有的CrossFire事實數(shù)據(jù)庫相比，Reaxys使用和管理更加方便，不需要用戶另外安裝客戶端軟件，基于IP進行訪問，用戶只要在有效IP范圍內(nèi)，均可以登錄系統(tǒng)，且無并發(fā)用戶限制。

1 Reaxys的數(shù)據(jù)資源

Reaxys平臺整合了超過2 800萬反應、1 800萬物質(zhì)及400萬文獻的數(shù)據(jù)，且每年都在不斷更新增加中。其數(shù)據(jù)來源于著名的CrossFire Beilstein 數(shù)據(jù)庫、CrossFire Gmelin 數(shù)據(jù)庫及Patent Chemsitry數(shù)據(jù)庫。CrossFire Beilstein數(shù)據(jù)庫來源于著名的《貝爾斯坦有機化學手冊》，為世界上最大的有機化學數(shù)值和事實型數(shù)據(jù)庫，覆蓋的文獻最早可回溯到1771年，所有的文檔都經(jīng)過了嚴格的評估和同行評審。其主要原始數(shù)據(jù)的索引分為3部分內(nèi)容：化學物質(zhì)部分包含有機化合物的結(jié)構(gòu)式信息及其所有相關科學事實和數(shù)據(jù)，包括所有相關化學屬性數(shù)據(jù)、物理屬性數(shù)據(jù)、生物活性數(shù)據(jù)（詳細的藥理學、環(huán)境病毒學、生態(tài)學等含信息資源）；反應信息部分收錄超過1 000萬條有機反應式，詳細記載了化合物的制備，包括反應物及中間產(chǎn)物的合成路線、反應條件；文獻部分包括近200萬篇引文、題錄及文摘。CrossFire Gmelin數(shù)據(jù)庫來源于《蓋墨林無機與有機金屬化學手冊》，為世界上最全面的有機金屬和無機化學數(shù)據(jù)庫，包括可完全檢索的化學結(jié)構(gòu)和反應、相應的化學和物理性質(zhì)及文獻，是這一領域惟一的大型數(shù)據(jù)庫，覆蓋了1772年至今的文獻。其數(shù)據(jù)來源于Gmelin Handbook of Inorganic and Organometallic Chemistry（1772-1975），以及1975年以后的主要材料科學期刊。Cross Fire Gmelin目前收集有140萬個化合物，包括如下各種類型：配位化合物、合金、固溶體、玻璃與陶瓷、高分子、礦物。Patent Chemistry數(shù)據(jù)庫選自1869-1980年的有機化學專利及1976年以來的約340 000篇有機化學和生命科學專利（國際、美國和歐洲）。涵蓋的專利類別有：C07（有機化學），A61K（藥物，醫(yī)藥，牙醫(yī)，化妝品制備），A01N生物殺滅劑（農(nóng)用化學品，消毒劑等）C09B（染料，可能具有藥理學活性）。數(shù)據(jù)庫包含了超過150萬個化學反應，160多萬個有機、無機、金屬有機化合物和聚合物及相關的數(shù)據(jù)。

2 Reaxys的界面及設定

連接網(wǎng)絡打開網(wǎng)址https://www.reaxys.com［1］，即進入Reaxys的檢索界面。Reaxys的檢索界面簡潔、友好，其導航欄包括以下幾部分：查詢（Query），結(jié)果（Results），合成路線設計（Synthesis Plans），檢索歷史（History），我的提示（My Alerts），我的賬戶設定（My Settings），幫助（Help），訊息（Info）以及最右側(cè)的注冊、登錄／退出。檢索界面最下方的紅字部分與一般網(wǎng)頁相同包含數(shù)據(jù)商的聯(lián)系方式、Reaxys的相關信息、條款及條件、隱私權政策、頁面性能測試等。

通常用戶第一次使用時先注冊自己的賬號，登錄后對賬戶進行設定。Reaxys本身默認的圖形編輯工具是ChemAxon MarvinSketch，同時還提供其他5種不同的繪圖工具，其中的Symyx ISIS Draw和Cambridgesoft ChemDraw兩種是國內(nèi)用戶經(jīng)常使用的化學繪圖軟件，用戶可通過紅色鏈接去Reaxys的相關網(wǎng)站下載安裝，并下載安裝相應的結(jié)構(gòu)編輯器插件（Reaxys Structure Editor PlugIn）。賬戶設定中用戶還可以對結(jié)構(gòu)顯示、反應檢索、物質(zhì)檢索及每頁的顯示條目進行不同情況的限定（筆者推薦使用默認值，因為在檢索界面中有相同的限定選擇，局時可以根據(jù)檢索結(jié)果具體情況限定）。另外，用戶還可以根據(jù)自身的喜好設定檢索結(jié)果中結(jié)構(gòu)（structure）及文本／數(shù)據(jù)（Text/Data）高亮顯示的顏色。當然，用戶設定中也提供對個人信息和登錄密碼的修改。

3 Reaxys的檢索（Query）

Reaxys提供反應檢索（Reactions）、物質(zhì)／性質(zhì)檢索（Substances and Properties）及文獻檢索（Text，Authors and More）三大檢索方式，對應于Reaxys導航欄下的3個按鈕（如圖1）。

點擊“Reactions”或“Substances and Properties”按鈕即可進行反應或者是物質(zhì)／性質(zhì)檢索。Reaxys的反應檢索和物質(zhì)／性質(zhì)檢索均為圖形結(jié)構(gòu)檢索方式（檢索界面如圖1）。雙擊結(jié)構(gòu)檢索框進入圖形編輯界面繪制查詢結(jié)構(gòu)或反應。在進行反應檢索和物質(zhì)／性質(zhì)檢索的同時不但可以通過檢索框右側(cè)2個方框中的限定條件對檢索進行限定，而且還可以通過檢索框下對應的反應數(shù)據(jù)（Reaction Data）／物質(zhì)數(shù)據(jù)（Substances data）和書目數(shù)據(jù)（Bibliographic Data）對檢索結(jié)果進行限定。Reaxys反應檢索和物質(zhì)／性質(zhì)檢索的亮點在于兩者可以通過檢索框中的copy to substances tab或者是copy to reactions tab進行切換，另外在進行反應檢索或物質(zhì)／性質(zhì)檢索前可以通過結(jié)構(gòu)檢索框上的物質(zhì)名稱查詢結(jié)構(gòu)（Generate Structure from name）［2］按鈕直接輸入待查物質(zhì)的系統(tǒng)名或俗名、InChI-Key、CAS登記號及Smile號等相關信息得到查詢化合物的結(jié)構(gòu)后完成反應檢索或物質(zhì)／性質(zhì)檢索，這一功能對于結(jié)構(gòu)復雜的化合物（如天然產(chǎn)物、生物堿等）及其相關反應的檢索顯得尤為方便，不再需要繪制其復雜的結(jié)構(gòu)，只需輸入其簡單相關信息得到結(jié)構(gòu)即可查詢。

點擊“Text，Authors and More”按鈕即進入Reaxys的文獻檢索界面，其包含表格檢索和高級檢索。表格檢索提供快速查詢（支持布爾邏輯算符AND，OR，PROXIMITY，NEAR and NEXT等檢索命令），作者或發(fā)明人（Authors/Assignee）、期刊名（Journal Title）、專利號（Patent Number）、專利國（Patent Country）及出版年（Publication Year）等6個檢索點。

Reaxys的檢索界面最下方3個按鈕分別為清除查詢（Clear Query）、下載查詢（Load Query/Batch）、保存查詢（Save Query）。值得強調(diào)的是下載查詢Batch的使用，不管是圖形格式查詢還是文本格式查詢通過Save Query到本機任何位置，均可以隨時打開文件再次查詢，Reaxys可以瞬時識別保存文件中的查詢內(nèi)容。

4 Reaxys的結(jié)果顯示（Results）及輸出（Output）

“反應檢索及物質(zhì)／性質(zhì)檢索”的檢索結(jié)果以生物堿辛可寧定（cinchonidine）檢索為例，通過物質(zhì)名稱查詢結(jié)構(gòu)得到辛可寧定的結(jié)構(gòu)，進入到Reactions或Substances and Properties的檢索框，以系統(tǒng)限定默認值點擊“search”檢索。Reaxys統(tǒng)一采用表格形式顯示檢索結(jié)果，表格的最左側(cè)filter by中是對顯示結(jié)果的各種二次限定。每條顯示結(jié)果前的小方框用于勾選文獻，點擊上方的“l(fā)imit to”即顯示選定的結(jié)果。表格上方的放大鏡提供顯示結(jié)果放大縮小功能。Reaxys對于顯示結(jié)果還提供各種情況的排序，不同的檢索方式分別按顯示結(jié)果內(nèi)容提供不同的排序方式。Reaxys對檢索結(jié)果限定處理的每一步都在導航欄與結(jié)果顯示表格間以方框形式一步一步的表現(xiàn)出來，通過點擊方框可以回到任何一個結(jié)果顯示步驟，利于用戶對檢索結(jié)果限定后的數(shù)據(jù)再加工。

反應檢索顯示結(jié)果提供Reactions、Citations兩種顯示頁面切換形式。顯示結(jié)果表格最上方的黑體字“184 reactions out of 141 citations”顯示184個反應來自于141篇文獻。Reactions的顯示結(jié)果表格中每篇文獻中的反應式顯示在最上方，其中對應的反應產(chǎn)率，反應發(fā)生的條件及反應的具體文獻出處3個欄目列于反應式下方。每個物質(zhì)結(jié)構(gòu)的下方均有一個灰色的表格圖標（點擊顯示化合物的相關信息以及進一步操作）、放大鏡圖標（點擊放大顯示該化合物三維結(jié)構(gòu)）以及可鏈接的synthesis（點擊顯示該物質(zhì)合成相關文獻），部分化合物結(jié)構(gòu)式下方還有emolecules及discoverygate的鏈接，從emolecules可了解化合物的價格及供貨商信息，從DiscoveryGate鏈接到化合物的各類信息（DiscoveryGate是一個強大的基于Web的化學信息平臺，它對各類信息進行整合、索引并相互鏈接，使研究人員可以從一個單一的入口迅速訪問到化合物及相關的數(shù)據(jù)、反應、原始文獻和專利、以及合成方法學的權威參考著作）。Reations結(jié)果顯示切換至Citations結(jié)果顯示，顯示結(jié)果表格中包括文獻題名（Title of the Document）、作者（Authors）、出版年（Year）、期刊卷期頁碼（Source）、被引用情況（Times cited）等欄目。

物質(zhì)／性質(zhì)結(jié)果顯示提供substances（Grid）、Substances（table）及Citations 3種顯示頁面切換形式。顯示結(jié)果表格的最上方黑體字“625 substances out of 1157 citations”顯示625個物質(zhì)來自于1157篇文獻。Sustances（Grid）中每個格子中顯示一個物質(zhì)，每個物質(zhì)結(jié)構(gòu)下方圖標均與Reactions顯示結(jié)果中的一致。化合物結(jié)構(gòu)式右邊提供化學物質(zhì)相關信息的鏈接，點擊每個鏈接均切換至Substances（table）頁面。Substances（table）顯示結(jié)果表格包括化合物的結(jié)構(gòu)（Structure）、化學名稱（Chemical Name）、合成該化合物的文獻數(shù)及反應總數(shù)（N° of preparations All Preps|All Reactions）、化合物相關數(shù)據(jù)（Available Data）、所有該化合物相關文獻數(shù)（N°of ref.）、物質(zhì)沸點（Boiling Point）等欄目。Citations結(jié)果顯示表格與反應檢索中的顯示界面一致。

文獻檢索結(jié)果顯示提供Citations、Reactions、Substances（Grid）及Substances（Table）4種頁面切換形式。顯示內(nèi)容與反應檢索和物質(zhì)／性質(zhì)檢索給出的結(jié)果顯示一致。Reaxys結(jié)果顯示的優(yōu)點在于提供大量的高亮超鏈接。例如：每篇文獻的文摘，文獻被引用情況均與Elsevier公司的Scopus數(shù)據(jù)庫實現(xiàn)無縫連接；與emolecules及discoverygate信息平臺實現(xiàn)鏈接。Reaxys結(jié)果顯示的優(yōu)點還在于通過各種檢索方式檢索出的反應、物質(zhì)／性質(zhì)及文獻在顯示結(jié)果界面可以互相切換，便于用戶有選擇的流閱。例如：點擊物質(zhì)檢索顯示結(jié)果中該物質(zhì)合成反應文獻數(shù)即可顯示該物質(zhì)的合成反應及文獻信息。Reaxys的結(jié)果輸出，點擊結(jié)果顯示表格上方的“output”或“print”，可輸出選擇限定部分及所有命中文獻。輸出格式中有PDF、XML、WORD、EXCEL、Literature Management Systems（支持Reference Maneger，Endnote等文獻管理軟件）及RD File 6種選項。

5 Reaxys的合成設計（Synthesis Plans）

點擊Synthesis Plans進入合成設計界面，可通過點擊檢索顯示結(jié)果中任何化合物下的synthesis超鏈接、下載已經(jīng)保存的合成設計文件及建立新任務項3種方式建立化合物的合成設計。點擊物質(zhì)結(jié)構(gòu)下的Synthesis超鏈接進入Synthesis plans界面顯示的是點擊的該篇文獻中的化合物的路線圖。若該路線圖不符合用戶的合成要求，可通過點擊Remove鍵確定后去除不符合要求的步驟。在Synthesis Plans界面也可以Remove頁面中的所有合成步驟，點擊需合成目標產(chǎn)物下的synthesis鏈接后顯示所有目標產(chǎn)物的相關合成文獻。顯示結(jié)果與新任務中反應檢索檢出一致，每篇文獻前的小方框下有一個add按鈕，根據(jù)文獻中不同的合成路線點擊add選取用戶感興趣的合成路線，通過結(jié)果顯示表格上方的“add selection”限定選擇文獻。圖5中為選擇限定后的部分文獻中合成辛可寧定的樹狀合成路線圖，不同的合成路線來之與不同文獻，其中起始原料的合成也可進一步通過點擊結(jié)構(gòu)下Synthesis獲得合成路線或者是點擊藍色“e”圖標看價格及供貨商信息，樹狀合成圖下方為合成路線的反應條件、文獻出處。Synthesis Plans中的樹狀圖可根據(jù)用戶習慣調(diào)整方向。Reaxys中Synthesis Plans的優(yōu)點在于用戶可根據(jù)不同文獻中給出的合成路線整合出新的可行性的合成設計。

6 Reaxys檢索系統(tǒng)的主要特點

綜合以上介紹，總結(jié)Reaxys有以下特點：

（1）將傳統(tǒng)客戶端數(shù)據(jù)庫升級為基于Web的數(shù)據(jù)庫，檢索界面簡潔、使用方便。集合了傳統(tǒng)數(shù)據(jù)庫檢索及網(wǎng)頁檢索的優(yōu)點，界面中的導航欄將數(shù)據(jù)庫的各種使用功能直接呈現(xiàn)于用戶面前，符合當前網(wǎng)絡用戶的需求，更加的人性化。

（2）檢索界面中的Generate Structure from name、copy to substances tab及copy to reactions tab提供檢索界面的切換均為檢索者省去檢索上不必要的時間浪費，符合檢索者的檢索習慣。檢索界面中Load Query/Bath按鈕將化學類數(shù)據(jù)庫檢索中的圖形及反應式檢索通過編碼的方式保存，便于再次檢索時Reaxys的瞬時讀取。

（3）Reaxys結(jié)果顯示中的大量超鏈接、檢索過程的可視化及無處不在的限定條件均為用戶索取物質(zhì)及反應相關信息提供了方便。超鏈接對于IP范圍內(nèi)可用相關資源均可鏈接、同時可實現(xiàn)與Scoups數(shù)據(jù)庫的無縫鏈接，不管該IP有無Scopus的使用權。

（4）Reaxys的Synthesis Plans功能為化合物的合成提供更多可操作路線，為用戶的研究創(chuàng)新提供有效途徑。從檢索結(jié)果到?jīng)Q策輔助，從多步反應研究、反向合成分析到合成路線設計，均可實現(xiàn)無縫對接。

（5）Reaxys的繪圖編輯軟件及顯示結(jié)果輸出均提供多樣化的選擇，既適應于用戶的圖形檢索習慣，同時也方便了用戶對于最終數(shù)據(jù)的索取。Reaxys數(shù)據(jù)庫依據(jù)化學家的思考和工作方式而設計，可以在最大程度上節(jié)省化學研究者收集信息方面所耗費的時間與精力，把主要的精力投入到科研工作中去。其特色和功能代表了當前化學文摘型數(shù)據(jù)庫在網(wǎng)絡環(huán)境下的發(fā)展趨勢，對化學文摘型數(shù)據(jù)庫以及整個科技文獻信息工作均有很好的借鑒意義。

參考文獻

［1］www.reaxys.com［EB］.

［2］Goodman J.Reaxys［J］.Journal of Chemical Information and Modeling，2009，（12）:2897-2898.