《深圳市社會醫療保險定點醫藥機構費用結算辦法》規定,年終清算時,定點醫療機構住院次均醫保總費用標準和醫療保險二檔少兒參保人住院次均醫保費用標準,因醫院級別提高、新開展危急重癥診治以及收治長期壓床病人等因素造成超標的,其合理部分按以下辦法補償:超標5%(含5%)以內的部分,基金補償60%;超標5%-10%(含10%)的部分,基金補償50%;超標10%以上的部分,基金不補償。根據《辦法》,深圳市社保機構根據醫保基金支出預算總額,參考近三年各定點醫藥機構服務提供情況和實際醫療費用發生情況,確定各定點醫藥機構的醫療保險基金支付協議指標。市社保機構每月下旬將上月核準總費用的97%支付定點醫藥機構,3%在年終清算時按規定支付。定點醫藥機構有違規情形的,違規的醫療費用市社保機構不予支付。