預先打印“夢想成真”

王大鵬/編譯

●一個致力于在同行評議之前分享生物學論文的網站促進了期刊的變革。

生物學家們在害怕什么？物理學家、數學家和社會科學家們通常會在他們的論文正式發表之前，把它們粘貼到預印本伺服器上，比如arXiv.org，而幾乎沒有生命科學家會這樣做。剛剛上線的一個網站則期望改變這種狀況。這個網站—bioRχiv.org—是由位于紐約的冷泉港實驗室出版社開發的，并把自己標榜為“生物學預印本伺服器”。其運營模式類似于arXiv,科學家們一旦準備好與同行分享其研究論文，他們就可以粘貼到這個網站上，這要比正式發表早數周或者數月。

這個網站的上線預示著生物學家們開始擁抱預先打印了，arXiv的定量生物學分站上線于2003年，并且在過去的兩年里其獲得的收益呈指數增加。2013年的目標是吸引超過1 500篇手稿，保羅·金斯伯格（Paul Ginsparg）說。他是位于紐約伊薩卡的康奈爾大學的物理學家，并且與1991年創辦了arXiv，同時也是bioRχiv的咨詢委員會成員。同時，開源期刊PeerJ在2013年四月份上線了它自己的生物學預印本伺服器，并且迄今為止已經登載了大約90篇文章。

特別是遺傳學家們成群結隊地涌向arXiv的定量生物學儲備庫，其網站上發布的一些主題的研究論文，比如南非人和歐洲人的遺傳血統，已經在重要的期刊中發表了，比如《自然通訊》和《PloS生物學》。研究傳染病的科學家們還利用這個網站來對持續爆發的傳染病進行快速地報告，比如2013年早些時候發生在中國的H7N9流感。

但是arXiv并不打算把其業務擴展到生命科學的其他領域中去，比如細胞生物學和分子生物學，這個網站在設計之初就沒有把生物學家納入進來。和其位于冷泉港實驗室出版社的同事約翰·英格利斯（John Inglis）一起創辦了 bioRχiv的理查德·賽沃（Richard Sever）說，“這個網站和arXiv之間的關系不是競爭性的。它應該是補充了arXiv的不足?！?/p>

與位于加州斯坦福的HighWire出版社共同運營的BioRχiv有意地追求極簡主義。賽沃說，“其設計本著基礎性和功能性的原則，因為這是一個共享手稿的機制?！?/p>

論文——已經有9篇了，其中大多數都曾經在arXiv上發表過——將會被整合到20多個分支學科中，包括腫瘤生物學和免疫學。具有獨特的數字對象標識符（DOIs）的個人論文使得它們容易被引用，且被描述為新的研究結果，驗證結果和相反的結果。研究人員可以對這些論文進行討論，并出現在論文的旁邊；同時這些評論將被審核。

目前，冷泉港實驗室負責該網站的運營經費，但是賽沃和英格利斯拒絕透漏該網站的運營成本及其年度預算。他們將會尋求持續的收入來源，包括基金會的贊助，并且他們計劃繼續讓這個網站對用戶免費開放。arXiv的年度預算達到75萬美元，其中大部分來自于西蒙斯基金會,這個位于紐約的非營利組織，同時大學和其他機構也提供了少部分的經費。

列昂尼德·克魯格利亞克 （Leonid Kruglyak）是位于洛杉磯的加利福尼亞大學的一名遺傳學家，同時還是bioRχiv咨詢委員會的成員，他期望有更多的同行會使用這個網站。以前阻止生物學家使用預印本伺服器的障礙似乎在逐步消失，他說。通過把自己論文的預印本放到arXiv上，很多開展量化研究的遺傳學家就不用再擔心他們的研究成果被別人搶先發表了，因為很多科學家現在把這個過程看作是為他們的成果建立優先權的一種方式。

很多期刊，諸如美國遺傳學會和美國生態學會出版的期刊，在近幾個月修改了他們的政策，允許了上述做法。自然出版集團允許發布預印本，《科學》在很多情況下也接受這些預印本。出版諸如《細胞》和《神經元》等分子生物學期刊的細胞出版社,則不鼓勵發布預印本。但是“你能容易地想到這樣一種情景，在不久的將來，如果你的期刊不是預印友好型的，那么它將會成為出版的一種阻礙”，克魯格利亞克如是說。

然而，作為德國漢諾威醫學院的一名血液病學家，馬丁·芬納（Martin Fenner）認為,很多生命科學家將會越來越適應開源的同行評議，現在這種做法在諸如F1000Research等期刊中已經實行了。在開源的同行評議中，出版社在接受作者提交給期刊的手稿之前會把它粘貼在其網站上。芬納認為，和粘貼在第三方網站上——諸如bioRχiv——的預印本相比而言，這個過程會縮短第一稿和最終出版版本之間的延遲時間，并且不同的版本存在著明確的關聯。

格雷厄姆·庫普（Graham Coop）是加利福尼亞大學戴維斯分校的一名進化遺傳學家，他把自己實驗室產生的研究論文粘貼在了arXiv上并且把其中一篇交叉粘貼在bioRχiv上。同行的壓力將促使其他領域的研究人員如法炮制這種做法，他說到?！叭绻藗兛吹剿麄兪煜さ娜说恼撐某霈F在諸如bioRχiv這樣的網站上，那么他們自然而然地會感到很舒服。”