4種甘草屬植物EST-SSR引物開發(fā)及其親緣關(guān)系分析

*通信作者:陸嘉惠,博士,副教授,碩士生導(dǎo)師,主要從事藥用植物資源研究。E-mail:jiahuil@shzu.edu.cn

4種甘草屬植物EST-SSR引物開發(fā)及其親緣關(guān)系分析

李曉嵐1,陸嘉惠1,2,3*,謝良碧1,張愛(ài)霞1,陳曉翠1,李學(xué)禹3

(1 石河子大學(xué) 生命科學(xué)學(xué)院,新疆石河子 832003;2 新疆生產(chǎn)建設(shè)兵團(tuán)綠洲生態(tài)農(nóng)業(yè)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室,新疆石河子 832003;3 石河子大學(xué) 甘草研究所,新疆石河子 832003)

摘要:通過(guò)烏拉爾甘草表達(dá)序列標(biāo)簽(EST)數(shù)據(jù)庫(kù)查找甘草屬的SSR位點(diǎn),并利用Primer 3.0軟件在線設(shè)計(jì)EST-SSR引物,對(duì)來(lái)自甘草屬4個(gè)種22份材料的EST-SSR指紋圖譜特征和聚類結(jié)果進(jìn)行分析,為探討甘草屬種間親緣關(guān)系和疑難種的分類地位提供分子依據(jù)。結(jié)果顯示:(1)去掉冗余序列后共得到441條EST序列,獲得504個(gè)SSR位點(diǎn),其中二核苷酸為重復(fù)單元的序列最多為350個(gè),占69.44%,重復(fù)類型中以TC/AT、TA/AG形式的微衛(wèi)星最為豐富。(2)設(shè)計(jì)的40對(duì)EST-SSR引物,均能擴(kuò)增出清晰條帶,其中15對(duì)引物具有多態(tài)性,在22份甘草屬植物材料中共獲得等位基因59個(gè),平均每對(duì)引物檢測(cè)到3.93個(gè)等位基因位點(diǎn),擴(kuò)增產(chǎn)物多態(tài)性比率為89.44%,能很好地表征甘草屬種間的等位基因差異。(3)引物Primer 64對(duì)4種甘草屬植物均能擴(kuò)增出特異性條帶,黃甘草在180和220 bp 2個(gè)位點(diǎn)分別與光果甘草、脹果甘草基因共享,具有雜交種特征。(4)聚類分析表明,當(dāng)相似性系數(shù)為0.82時(shí),22份材料被劃分為四組(與經(jīng)典分類結(jié)果一致),第一組為內(nèi)蒙古杭錦旗分布的烏拉爾甘草;第二組為新疆巴楚分布的光果甘草、黃甘草;第三組為新疆石河子分布的脹果甘草、黃甘草;第四組為新疆石河子分布的烏拉爾甘草;不同居群的黃甘草遺傳分化較大,可能與同域分布親本種的差異及種間的漸滲雜交有關(guān)。……