1951年春,曾德超任國營農場管理局機務處副處長。他一頭扎入蘆臺農場的工作中,改裝設計和修理農機具,開展系列技術工作,終于與農機技術人員一起,解決了用谷物條播機旱直播水稻的技術難題。而與此同時,一個更大的機遇與挑戰也悄然向他走來。
1952年,根據教育部確定的全國高校院系調整原則,國家決定參照莫斯科莫洛托夫農業機械化電氣化學院模式,在北京籌辦農業機械化高等院校,即新建學院路八大院校之一。曾德超成為建院規劃小組和籌備委員會成員。在北農機建院籌備過程中,曾德超主管教學籌備組。為了建院工作的順利進行,他需要緊鑼密鼓地制定教學計劃工作草案,提出所需教師計劃、急需教學設備清單,訂立必要的規章制度,并組織翻譯蘇聯教材。北京農業機械化學院成立后,曾德超又擔任農業機械化系的系主任,負責全校基礎課、技術基礎課、專業課的教學管理。他最先編寫了《農業機械使用學》講義等,在教學建設和學風建設上做了大量的扎實工作,培養出一批能吃苦、能解決實際問題的技術人才。
從北京農業機械化學院到北京農業工程大學這30余年的發展,既是一個院系增擴過程,也是一個學科發展過程。北京農機化學院一直著力進行增設農業工程專業的準備,而曾德超自始至終是這一目標的積極倡導者和推動者。自1956年起,曾德超就在學院發展的5年規劃起草中提出要增擴專業,直到1959年才得到農業部的批復。
“文革”期間,曾德超曾罹患重病,幾欲不治。然而憑著體育鍛煉和內在精神支撐,他終于迎來了撥亂反正,也奇跡般地康復起來。雖已年逾花甲,曾德超卻勇挑重擔,任學院副院長,擔任了繁重的教學、科研、外事管理任務。
1985年9月,在諸多農業工程專家的推動下,全國第一次農業工程研究生教育研討會在北京農業機械化學院召開,農業工程被建議為新的一級學科名稱。次月,北京農業機械化學院經教育部和農牧漁業部批準,更名為北京農業工程大學,這既實現了曾德超的夙愿,更有利于促進農業工程學科又好又快地發展。