撫順市2014年腸道病毒71型VP1區基因特征分析

李冰潔

摘要：目的 探討撫順市2014年手足口?。℉FMD）相同來源腸道病毒71型分離株（EV71）的VP1區基因特征。方法 從2014年手足口患者20份咽拭標本中進行EV71病毒分離，隨機挑取2株分離株經RT-PCR擴增VP1區，并對擴增產物進行核苷酸序列分析，構建2株分離株與各代表株間的基因親緣性進化樹。結果 在對2株EV71進行VP1區基因測定顯示：與C4亞型代表株的核苷酸序列同源性較高，在親緣進化樹上，屬于C4基因亞型進化分支。結論 從HFMD患者中分離出的EV71為C4基因亞型進化分支，在親緣性進化樹中為緊密相連的一小簇，呈單源進化關系。

關鍵詞：腸道病毒EV71型；手足口病；基因特征

Analysis of Genotype of VP1 Region of Enterovirus 71 in Fushun City， 2014

LI Bing-jie

（Fushun City Health School，Fushun 113006，Liaoning，China）

Abstract：Objective To investigate the VP1 gene characteristics of enterovirus 71 isolate（EV71），the same source of HFMD in Fushun City，2014. Methods The EV71 virus was isolated from 20 swallow specimens of hand，foot and mouth in 2014.Two VP1 isolates were amplified by RT-PCR and the amplified products were analyzed by nucleotide sequence analysis.Two isolates were constructed Gene-related phylogenetic trees between the plant and the representative.Results The VP1 gene of two EV71 showed that the nucleotide sequence of C4 subtype was higher than that of C4 subtype，and belonged to C4 subtype evolutionary branch in kinship phylogenetic tree.Conclusion EV71 isolated from HFMD patients is an evolutionary branch of C4 gene subtype，and it is a small cluster closely connected in phylogenetic tree，showing a single evolutionary relationship.

Key words：Enterovirus EV71；Hand，foot and mouth disease；Genetic characteristics

腸道病毒71型（EV71）在分類上屬于小RNA病毒科腸道病毒屬，主要通過人群間的密切接觸傳播，也可經消化道傳播，引起手足口?。℉FMD）、類脊髓灰質炎腦炎等疾病。尤其是手足口病，由于其傳染性強、傳播速度快、兒童病死率較高等特征，因此備受重視[1]，被列為國家法定傳染病，并且近幾年也已引起社會廣泛的重視。據不完全統計，在丙類傳染病中，HFMD報告發病數和報告死亡數均已躍居前位。為了解撫順市手足口病基因特征，于2014年對HFMD患兒的咽拭子標本進行鑒定及EV71病毒進行了深入分析與探討。

1 材料與方法

1.1臨床標本 采集撫順市某醫院2014年6月～9月臨床診斷為HFMD的20例患兒的咽拭子標本，裝入特定采集管中，-70 ℃冰箱凍存備用。

1.2病毒分離鑒定 將發病3 d內的咽拭子標本分別接種于人橫紋肌肉瘤細胞和非洲綠猴腎細胞中，每份標本在兩種細胞中各接種3管，每天觀察細胞病變，連續培養7 d，并至少傳2代，當出現細胞病變后，則使用熒光定量PCR（Real time-PCR）方法進行鑒定。

1.3病毒RNA核酸提取 取收獲的病毒上清液，使用核酸提取儀，應用 Minibest Viral RNA Kit（TAKARA，Cat，No： DV818A）按照說明書進行提取病毒核酸。

1.4病毒核酸PCR熒光檢測 應用腸道病毒EV71核酸試劑盒說明書進行PCR擴增，采用Real time-PCR方法檢測，在PCR儀上進行熒光定量分析。

1.5 RT-PCR法擴增EV71病毒VP1區 VP1區引物序列設計參見文獻[2]，用全長VP1區基因片段EV71VP1F和EV71VP1R作為引物，在此擴增引物基礎上進行RT-PCR，其反應條件：50 ℃ 30 min、93 ℃ 3 min、95 ℃ 30 s、52 ℃ 30 s、68 ℃ 2 min，經35個循環，72 ℃延伸10 min，轉入4 ℃ 10min，預計產物大小為1015 bp，并對腸道病毒EV71的VP1區進行核酸序列測定。

1.6 EV71VP1區核苷酸序列測定和分析 用QIAquick Gel Extraction Kit[3]試劑盒進行純化，并對測序的產物標記，在ABI-310型核苷酸自動測序分析儀上檢測，所得結果用MEGA4構建進化樹，采用NCBI的GenBank的數據庫對比分析。

2 結果

2.1標本的核酸檢測結果 對所采集的20份標本用 Real time-PCR檢測方法進行腸道病毒EV71型檢測，檢測結果是其中9份標本的CT值小于35，可以確定為EV71陽性標本。

2.2病毒的常規分離 我們采用人橫紋肌肉瘤細胞（RD）和非洲綠猴腎細胞（VERO）兩種細胞做病毒分離，將所采集的9份陽性標本分別加入細胞中，每份標本在三種細胞上至少傳三代，共觀察21 d。其中有8份標本在VERO細胞出現了明顯的CPE，出現細胞腫脹、變圓、聚集成葡萄串狀的病變；5份標本在RD細胞出現了明顯的CPE，出現細胞皺縮、變圓脫落的病變。通過用兩種細胞進行培養，我們共分離出了8份陽性病毒液，其中有5份標本在RD和VERO細胞上都有病變，3份標本只在VERO細胞上有病變，說明對腸道病毒EV71型，VERO細胞更為敏感。

2.3分離株的RT-PCR檢測 從8份陽性標本中提取病毒DNA，用EV71病毒VP1區引物進行PCR擴增。擴增條帶經瓊脂糖凝膠電泳顯示，片段大小在1056 bp左右，條帶清晰無雜帶[4]，PCR擴增片段經TA克隆并進行測序。將病毒序列在GenBank中用Blastn進行比對分析，發現與C4亞型代表株具有最高的核苷酸序列及氨基酸序列的同源性，因此8株病毒為腸道病毒EV71行C4亞型。

2.4腸道病毒EV71型的進化樹分析 分離株EV71型的VP1區核苷酸序列長度均為891個核苷酸，編碼297個氨基酸。VP1區核苷酸分為A、B、C三個基因型[3]，其中B又可分B1 B4基因亞型、C分為C1 C4四個亞型。在GenBank中檢索表明：隨機選取的2株EV71分離與C4亞型代表株的核苷酸序列同源性較高，在親緣進化樹上，屬于C4基因亞型進化分支，為2014年流行株的分子流行病學特征。其構建的2株分離株與各代表株間的基因親緣性進化樹（見圖1）。

3 討論

全球最早報道手足口病流行的國家為新西蘭，隨后陸續在其它國家和地區均有此病的報道。近年來，隨著疾病的流行，我國學者對腸道病毒EV71基因型的研究也逐漸深入，如呂莉琨等人對天津地區引起的HFMD已進行了分子流行病學的研究，尤其是2008年阜陽市引起HFMD爆發疫情后，引起了社會的廣泛關注，對EV71的分子流行病學研究也越來越多，而研究的重點集中在VP1區基因序列分析上，VP1基因具有與病毒血清型完全對應的遺傳多樣性[5]，可作為腸道病毒屬內血清型分類依據。根據VP1核苷酸序列的差異，將EV71分為A、B、C3個基因型，B型又細分為B1～B5[6]，C型細分為C1～C5，是我國主要流行株，也是2014年撫順市HFMD疫情的流行株。

通過構建種系進化樹模型，分離得到的2株分離株與C4亞型連接為一小簇，并且與A、B基因型在遺傳點位上相距較遠，說明2株分離株均為C4亞型，這與呂莉琨等人的研究相似[7]，并與中國大陸目前流行的EV71的優勢基因亞型一致[8]；其次，2個樣本在進化樹構建中密切相連，簇狀排列，屬于單源進化。

EV71感染是對兒童威脅性較大的病毒性疾病之一，每年都有兒童因感染EV71而死亡的報道，盡管臺灣及鄰近的國家均報道有多種基因型、亞型的流行，但中國大陸報道的流行株仍以C4亞型為主，病毒變異不大，由于EV71對VERO細胞敏感，VERO細胞是WHO推薦的可以用于疫苗生產的細胞，其安全性在疫苗生產中已經得到了充分的驗證，這就為EV71疫苗的研制提供了基礎，目前我國已經研制出了EV71疫苗，并在臨床上已經加以應用，這種對兒童威脅性較大的病毒性疾病今后一定會得到有效的控制。

參考文獻：

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編輯/錢洪飛