NGS檢出微小微單胞菌肺炎1例及文獻復習

肖 華，周 晨，蔡 峰，戈霞暉

(上海市第七人民醫院，上海200137)

微小微單胞菌(Parvimonas micra,P.micra)是一種存在于口腔、胃腸道、呼吸系統和女性生殖系統黏膜上的革蘭陽性厭氧球菌。P.micra最初也稱為微小消化鏈球菌(Peptostreptococcus micros)，直到2006年被重新分類為小單胞菌屬[1]，即微小微單胞菌(Parvimonas micra)。微小微單胞菌是慢性根尖性牙周炎最常見的致病菌之一[2]。此外，該細菌還與腦膜炎[3]，宮頸和腦膿腫[4-5]，感染性心內膜炎[6]，椎間盤感染[7]，肝膿腫[8]，背癰[9]等疾病有關。然而，由于微小微單胞菌實驗室鑒定困難，很少有關于微小小單胞菌引起口腔以外感染的文獻報道。現就上海市第七人民醫院2020年7月21日收治的1例通過高通量測序(next generation sequencing,NGS)方法確診微小微單胞菌性肺炎的病例進行報道，對其臨床特征、診斷及治療進行分析總結，并通過復習相關文獻提高對于微小微單胞菌引起的口腔以外感染的警惕性，提高臨床診斷水平，制定安全、有效的診療方案。

1 臨床資料

患者女性，35歲，因“咳嗽、咳痰伴左側胸痛4天”于2020-07-21入院；緣于入院前4天出現咳嗽，咳痰，痰色黃，可咯出，伴左側胸痛，胸痛呈持續性，可忍受，于深呼吸時加重，無畏寒發熱，無胸悶，無咯血、紫紺，無夜間盜汗、午后潮熱，無乏力，無反酸、噯氣、惡心、嘔吐，無腹痛、腹瀉，無尿頻、尿急、尿痛，患者胃納欠佳、睡眠一般，無明顯消瘦，7月17日就診于我院急診，查血常規：白細胞數12.69×10^9/L，中性粒細胞75.4%，淋巴細胞17.0%，C-反應蛋白37.65 mg/L；凝血功能：D-二聚體1.45 mg/L↑；肌鈣蛋白I 0.002 ng/ml，胸部CT示“左肺下葉肺炎；右肺中葉、左肺支氣管擴張伴感染，右肺下葉支氣管炎；左側胸腔少量積液”，靜滴3天“頭孢呋辛、莫西沙星”后左側胸痛稍有好轉，仍咳嗽咳痰，遂擬肺炎收入院。患者18歲時發現有支氣管擴張癥，間斷咳嗽咳痰加重，經抗感染治療后好轉。入院查體：T 37℃，P 82次/分，R 20次/分，BP 110/82 mmHg。神志清晰，精神一般，步入病房，呼吸平穩，胸廓無畸形，兩側呼吸運動度基本對稱，語顫一致，叩診呈清音，雙肺呼吸音粗，兩肺可聞及濕啰音。心律齊，各瓣膜區未聞及病理性雜音。入院指末血氧飽和度為96%(未吸氧)。

入院后予哌拉西林他唑巴坦鈉、莫西沙星靜滴抗感染。肺動脈CT血管增強(CTPA)：肺動脈未見明顯異常，左下肺炎癥較前進展；患者胸痛癥狀加重，咳嗽、咳痰改善不明顯，更改為抗生素為比阿培南、莫西沙星靜滴。患者胸痛緩解，仍咳較多黃膿痰。完善支氣管鏡檢查見：左支氣管炎性改變；行支氣管肺泡灌洗術，灌洗液送檢。7月28日肺泡灌洗液：一般細菌涂片找到革蘭陽性桿菌、革蘭陰性桿菌；送檢高通量測序(next generation sequencing,NGS)提示微單胞菌屬(微小微單胞菌，Parvimonas micra)，序列數699，相對豐度73.5%；痰培養：銅綠假單胞菌(+++),左氧氟沙星、環丙沙星耐藥。7月29日患者左側胸痛癥狀部分緩解，咳嗽、咳痰減少，出現痰中帶暗紅色血絲，反復問診患者回憶起發病前1周有嗆咳史，查體見齲齒，復查胸部CT左下肺肺炎進展，查胸部B超見左側中量胸腔積液，考慮微小微單胞菌感染，加用左奧硝唑抗感染；患者有支氣管擴張癥，痰培養銅綠假單胞菌(+++)，結合藥敏更改莫西沙星為異帕米星；比阿陪南繼續使用。行超聲引導下左側胸腔積液穿刺置管閉式引流術引流胸水。患者胸痛緩解，咳嗽咳痰逐漸減少，精神狀況好轉，胃納睡眠改善，白細胞、中性粒細胞百分比、C反應蛋白、降鈣素原等炎癥指標恢復正常，復查胸部CT左下肺炎癥明顯吸收，好轉出院。

2 討論

微小微單胞菌是一種主要存在于口腔黏膜的條件致病菌，其直徑約0.3-0.7 μm，成對或鏈狀排列。在體外實驗中，其可以與牙齦卟啉單胞菌形成網狀結構，與梭桿菌結合形成玉米棒狀結構[10]。其主要引起口腔感染，但特定條件下也會導致全身其他系統的感染。微小微單胞菌具有廣泛的肽酶活性，可以代謝血清糖蛋白，產生氨基酸和多肽。其細胞壁成分可以刺激人類巨噬細胞釋放一系列細胞因子，包括TNF-α、IL-1β、IL-6等。Yoshioka等研究發現[11]，當微小微單胞菌與伴放線嗜血桿菌內毒素結合以后，巨噬細胞釋放的TNF-α可以增加48倍；因此，微小微單胞菌可以通過刺激巨噬細胞釋放炎癥介質或參與炎癥反應。微小微單胞菌藥敏試驗提示[12]，其對青霉素，阿莫西林克拉維酸，碳青霉烯類，左氧氟沙星，克林霉素，強力霉素，萬古霉素和甲硝唑敏感。同時，Ozok等研究發現[13]，微小微單胞菌可與具核梭桿菌組成雙菌種生物膜，從而具有更強的抗藥性。

微小微單胞菌通過常規的檢測方法難于鑒別，但是隨著MALDI-TOF MS和16S rRNA基因測序的應用，其檢出率逐漸增加[14]。NGS檢測方法不依賴于傳統的微生物培養技術，通過被檢測臨床樣本的DNA(RNA)與數據庫進行比對分析，獲得疑似致病菌和共生細菌的種屬信息以及所攜帶的耐藥和毒力基因信息，能夠客觀、快速地檢測出臨床樣本中的疑似致病微生物。在我們分享的病例中，我們通過常規的細菌涂片和培養均未發現微小微單胞菌感染，經驗性用藥治療對患者效果不佳，后通過支氣管鏡行支氣管肺泡灌洗，直接從病灶中灌洗出標本送檢，NGS檢測到患者肺泡灌洗液中微小微單胞菌相對豐度約73.5%，明確是患者肺炎致病菌，及時調整抗生素，行胸腔置管引流，患者好轉。Tsuyoshi等[14]的一項單臂研究發現，微小微單胞菌感染的患者大多是老年患者，合并有惡性腫瘤和糖尿病等疾病，感染多是在社區獲得(23/25，92%)，大部分有發熱癥狀(23/25，92%)，在其研究中咽喉部和胃腸道是微小小單胞菌最可能的細菌來源。在我們分享的病例中，患者入院前曾有齲齒和嗆咳史，考慮患者微小微單胞菌肺炎感染與其牙周炎密切相關。

由于微小微單胞菌引起的感染性疾病的報道較少，我們通過文獻檢索，英文使用“Parvimonas micra”、“Peptostreptococcus micros”和“bacteremia”or “Infection”在pubmed數據庫中檢索了1980年1月1日至2020年12月1日發表的文章。中文使用“微小小單胞菌”、“微小微單胞菌”、“微小消化鏈球菌”等在中國知網、萬方數據庫中檢索了1980年1月1日至2020年12月1日發表的文章。通過閱讀標題、摘要或者全文方法，對文獻中患者是否由微小微單胞菌引起感染進行甄別，并對所有文獻進行全文閱讀，以確保無重復文獻。最終篩選出英文文獻27篇[3-7,15-36]，中文文獻4篇[8-9,37-38]，納入文獻患者的臨床特征見表1。在納入文獻中，微小小單胞菌常導致椎間盤感染、口咽部感染、心內膜炎、腹腔內感染、肺部感染、胃腸道感染。其中8名患者有多重細菌感染，多重感染細菌包括：梭形桿菌、普雷沃氏菌、脆弱擬桿菌、吉氏擬桿菌、痤瘡丙酸桿菌、化膿隱秘桿菌、核梭桿菌。同時文獻報道病例中，微小微單胞菌感染具有良好的預后(30天死亡率，1/31，3.2%)。微小微單胞菌主要是口腔相關感染性疾病的致病菌，其引起的全身其他系統感染的報道較少，同時由于常規細菌檢測難以鑒別微小微單胞菌，容易耽誤微小微單胞菌相關感染性疾病的診治。肺炎患者支氣管肺泡灌洗液進行NGS檢測是判別感染病原體的一項有效措施，對于懷疑厭氧菌感染接診病人時應了解其口腔相關疾病，警惕微小小單胞菌相關感染，在常規細菌檢測陰性時，經驗性抗感染病情進展時可以考慮使用NGS進行檢測，以便盡早做出正確的診療方案。

表1 文獻中微小小單胞菌感染患者的臨床特征