我國科學(xué)家建立起首個微藻拉曼組數(shù)據(jù)庫

微藻是地球上代謝功能最為多樣化的生物類群之一，在全球碳循環(huán)中發(fā)揮著關(guān)鍵性的作用，也是生物技術(shù)產(chǎn)業(yè)中重要的一類光合細(xì)胞工廠?！拔⒃寮?xì)胞工廠”有望成為服務(wù)“碳中和”和“碳達(dá)峰”的低碳制造解決方案之一。然而，微藻的種質(zhì)鑒定和代謝功能檢測通常十分繁瑣，目前，自然界大部分微藻難以培養(yǎng)。

近日，中科院青島生物能源與過程研究所單細(xì)胞中心發(fā)表了首個微藻拉曼組數(shù)據(jù)庫，并結(jié)合機器學(xué)習(xí)，示范了單細(xì)胞精度、快速的微藻種類鑒定和代謝功能表征。這一新技術(shù)為微藻細(xì)胞工廠的高效挖掘和篩選提供了1個免培養(yǎng)、高通量的強有力手段，相關(guān)工作發(fā)表于《分析化學(xué)》。

單細(xì)胞中心Mohammadhadi Heidari Baladehi等人開發(fā)了1種基于拉曼組的藻類細(xì)胞快速辨別與代謝功能快檢技術(shù)。拉曼組是1個細(xì)胞群體的單細(xì)胞拉曼光譜的總稱，代表著可以在單細(xì)胞精度快速、低成本、高通量獲取的細(xì)胞群體實時代謝狀態(tài)。

單細(xì)胞中心主任徐健告訴記者，首先，針對已獲純培養(yǎng)的藻種，研究人員采集了色素分子拉曼光譜(PS)和微藻細(xì)胞自身拉曼光譜(WS)這兩張譜圖，構(gòu)建了首個藻類拉曼組數(shù)據(jù)庫。該數(shù)據(jù)庫包含了在不同生長期(穩(wěn)定期和指數(shù)期)、分屬27個微藻種屬的超過9 000個單細(xì)胞的拉曼光譜。該團(tuán)隊開發(fā)的機器學(xué)習(xí)算法，通過PS和WS的聯(lián)用，來辨別待測單細(xì)胞的藻種和生長狀態(tài)，準(zhǔn)確率可達(dá)97%。

其次，針對環(huán)境中的尚難培養(yǎng)的藻類細(xì)胞，研究人員借助前期發(fā)明的單細(xì)胞拉曼分選技術(shù)來捕獲活性藻類單細(xì)胞，從而采集其PS和WS這兩張拉曼譜圖，進(jìn)而結(jié)合下游單細(xì)胞測序，建立了環(huán)境中微藻單細(xì)胞代謝表型組和基因型的關(guān)聯(lián)。這種方法不需分離培養(yǎng)，即可構(gòu)建環(huán)境中任何微藻細(xì)胞的拉曼光譜數(shù)據(jù)庫，進(jìn)而基于機器學(xué)習(xí)，支撐尚難培養(yǎng)藻種的快速鑒定和代謝功能檢測。

此外，除了種質(zhì)辨別，單細(xì)胞拉曼光譜還能揭示微藻利用二氧化碳后的碳源存儲形式，如油脂、淀粉、蛋白、色素等，以及它們的含量和油脂的不飽和度等化學(xué)性質(zhì)。

“這些代謝表型信息對于快速評估微藻種質(zhì)的培養(yǎng)工藝、經(jīng)濟價值和應(yīng)用潛力至關(guān)重要。”徐健表示，“與傳統(tǒng)上依賴于培養(yǎng)的‘先養(yǎng)后篩’的策略不同，這一基于拉曼組的種質(zhì)篩選策略無需培養(yǎng)與擴繁細(xì)胞，既節(jié)約了大量時間和人工，也能夠挖掘和篩選尚難培養(yǎng)的微藻細(xì)胞?！蓖瑫r，針對每個微藻細(xì)胞，拉曼光譜的采集通常僅需數(shù)秒的時間，且無需破壞細(xì)胞，故而步驟簡潔、分析通量高、易于實現(xiàn)自動化，還能在單細(xì)胞精度同時探測從代謝表型組到基因組的全面信息。因此，這一新技術(shù)可大大加速微藻細(xì)胞工廠及其代謝產(chǎn)物的挖掘與利用。

“此次首個微藻拉曼組數(shù)據(jù)庫及其機器學(xué)習(xí)手段的發(fā)表，將加速新一代微藻資源信息平臺的構(gòu)建和共享，我們希望促進(jìn)藻類為‘雙碳行動’做出特色貢獻(xiàn)?！毙旖”硎?。該工作由徐健主持完成，得到了單細(xì)胞中心研究員馬波、深圳大學(xué)教授胡強和上海師范大學(xué)教授王全喜的幫助，并獲得了中國科學(xué)技術(shù)部、國家自然科學(xué)基金委、中國科學(xué)院、山東能源研究院、青島海洋科學(xué)與技術(shù)試點國家實驗室等的支持。