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TREM1 在膠質(zhì)母細(xì)胞瘤中的表達(dá)及其預(yù)后意義

2021-05-13 14:03:02王遠(yuǎn)傳梁若飛
醫(yī)學(xué)信息 2021年9期
關(guān)鍵詞:數(shù)據(jù)庫分析研究

王 京,王遠(yuǎn)傳,梁若飛

(1.川北醫(yī)學(xué)院臨床醫(yī)學(xué)系,四川 南充 637000;2.川北醫(yī)學(xué)院附屬醫(yī)院神經(jīng)外科,四川 南充 637000)

膠質(zhì)母細(xì)胞瘤(glioblastoma,GBM)是世界衛(wèi)生組織(WHO)分類的Ⅳ級膠質(zhì)瘤,是死亡率最高,且最難治愈的惡性腦腫瘤。原發(fā)性中樞神經(jīng)系統(tǒng)惡性腫瘤中GBM 的最高發(fā)病率為3.20/10 萬[1]。根據(jù)美國中央腦腫瘤登記中心(CBTRUS)2011 年~2015 年統(tǒng)計(jì)報(bào)告,膠質(zhì)母細(xì)胞瘤約占所有神經(jīng)上皮腫瘤的年平均發(fā)病率的57%,約占所有惡性腦和中樞神經(jīng)系統(tǒng)腫瘤的48%[2]。目前標(biāo)準(zhǔn)治療(手術(shù)結(jié)合放療和化療)在提高GBM 患者的總生存期方面并不滿意,同時(shí)新的治療方式并未使患者生存率得到實(shí)質(zhì)性的改善[3]。因此,發(fā)現(xiàn)GBM 診斷和治療的新靶點(diǎn),尋找評估預(yù)后的新指標(biāo)已成為目前GBM 研究的熱點(diǎn)。髓樣細(xì)胞觸發(fā)受體1(triggering receptor expressed on myeloid cells-1,TREM1)是近年來發(fā)現(xiàn)的一種炎癥反應(yīng)因子[4]。而炎癥反應(yīng)在腫瘤的不同階段,包括發(fā)生、發(fā)展、惡性轉(zhuǎn)化、侵襲和轉(zhuǎn)移等過程中都發(fā)揮著重要的作用[5]。已有研究證實(shí)TREM1 基因在直腸癌、卵巢癌、肝細(xì)胞癌等[6-9]多種惡性腫瘤中顯著高表達(dá),并與患者的預(yù)后關(guān)系密切。本研究主要分析TREM1 基因在GBM 中的表達(dá)狀況,并探討其預(yù)后意義,儀器為研究TREM1 基因在GBM 發(fā)生、發(fā)展中的作用提供參考。

1 材料與方法

1.1 數(shù)據(jù)來源 Oncomine 數(shù)據(jù)庫[10](https://www.oncomine.org/);GEPIA 數(shù)據(jù)庫[11](http://gepia.cancerpku.cn/);String 數(shù)據(jù)庫[12](https://string-db.org)。

1.2 方法 運(yùn)用Oncomine 數(shù)據(jù)庫分析GBM 組織與正常對照組織TREM1 基因在mRNA 上的差異性表達(dá)情況,檢索條件:①Analysis type:Cancer vs Normal Analysis;②Gene:TREM1;③Data type:mRNA;④Cancer type:Glioblastoma;⑤臨界值設(shè)定條件:P value<1E-4;fold change>2.0,gene rank=top 10%。應(yīng)用GEPIA 數(shù)據(jù)庫檢索得到人體常見腫瘤及其相應(yīng)正常對照組織中TREM1 基因的表達(dá)情況,檢索方式:Quick search:TREM1;進(jìn)一步檢索TREM1 在GBM 組織與正常對照組織中的表達(dá)情況,檢索方式:①Expression on box plots;②Gene:TREM1;③Datasets:GBM;④Matched normal data:Match TCGA normal and GTEx data。利用GEPIA 數(shù)據(jù)庫分析獲得TREM1 基因表達(dá)對GBM 患者生存時(shí)間的影響,檢索條件:①Datasets election:GBM;②Methods:overall survival/disease free survival;③Gene:TREM1;④Group cutoff:Median。String 數(shù)據(jù)庫來分析TREM1中的蛋白相互作用網(wǎng)絡(luò),檢索條件:①Protein name:TREM1;②Organism:Homosapiens。

2 結(jié)果

2.1 TREM1 在GBM 中的表達(dá)情況 按照上述檢索條件,從Oncomine 數(shù)據(jù)庫中得到了2 個(gè)數(shù)據(jù)集用于研究TREM1 基因在GBM 中與在正常對照組織中的表達(dá)情況。薈萃這2 個(gè)數(shù)據(jù)集,結(jié)果分析顯示TREM1 基因在GBM 中呈高表達(dá)(P=3.52E-6),見圖1。在mRNA 水平上,兩組數(shù)據(jù)均顯示TREM1 基因在GBM 組織中的表達(dá)高于正常對照組織,差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P<0.05),見圖2。

圖1 TREM1 基因在GBM 中的表達(dá)

圖2 TREM1 在不同GBM 研究芯片中的表達(dá)情況

2.2 GEPIA 數(shù)據(jù)庫驗(yàn)證結(jié)果 GEPIA 數(shù)據(jù)庫分析307 個(gè)樣本,其中GBM 有163 例,正常對照組織有207 例,結(jié)果顯示TREM1 基因在GBM 組織中表達(dá)量高于正常對照組織(P<0.05),見圖3。

圖3 TREM1 在正常腦組織與GBM 組織中的表達(dá)

2.3 人體常見腫瘤中TREM1 的表達(dá)情況 TREM1在人類常見腫瘤中的表達(dá)通過GEPIA 數(shù)據(jù)庫分析,結(jié)果顯示與正常的對照組織比較,TREM1 基因在大部分腫瘤組織中呈高表達(dá),但在彌漫性大B 細(xì)胞淋巴瘤(lymphoid neoplasm diffuse large b-cell lymphoma,DLBC),肺腺癌(lung adenocarcinoma,LUAD),肺鱗狀細(xì)胞癌(lung squamous cell carcinoma,LUSA)及胸腺瘤(thymoma,THYM)中,TREM1 基因表達(dá)水平低于相應(yīng)正常組織(P<0.05),見圖4。

2.4 TREM1 表達(dá)水平與GBM 患者生存期的關(guān)系GEPIA 數(shù)據(jù)庫分析顯示,TREM1 基因的表達(dá)水平與GBM 患者無病生存期無關(guān)(HR=1.4,P=0.1),但TREM1 的基因高表達(dá)與GBM 患者總生存期呈負(fù)相關(guān)(HR=1.5,P=0.032),見圖5。

2.5 TREM1 的蛋白相互作用網(wǎng)絡(luò) String 數(shù)據(jù)庫結(jié)果顯示,以TREM1 蛋白為中心,有多個(gè)相互作用的蛋 白,如 TYROBP、TREM2、TREML2、TREML1、FPR1、TLR4 和TLR2,見圖6。

圖4 TREM1 基因在不同人類腫瘤組織及其相應(yīng)正常組織中的差異

圖5 TREM1 基因與GBM 患者生存期的關(guān)系

圖6 TREM1 基因表達(dá)蛋白相關(guān)蛋白網(wǎng)絡(luò)圖

3 討論

目前標(biāo)準(zhǔn)GBM 治療方式是多模式的,主要涉及外科手術(shù)、放射療法和化學(xué)療法[13]。但由于GBM的高度惡性且進(jìn)展迅速(中位生存期約為15 個(gè)月),GBM 預(yù)后仍然很差[14]。因此發(fā)現(xiàn)GBM 診斷、治療和評估預(yù)后的新指標(biāo)至關(guān)重要。近年來越來越多的證據(jù)表明TREM1 在腫瘤的發(fā)生、發(fā)展、惡性轉(zhuǎn)化和侵襲等過程中發(fā)揮著重要作用。Shen ZT 等[15]研究發(fā)現(xiàn),TREM1 抑制劑可有效抑制胰腺癌的生長,延長荷瘤小鼠的生存期,表明高密度脂蛋白與TREM1抑制劑形成的脂肽復(fù)合物可穿越血腦屏障,其可能是治療GBM 的一種潛在方法。Saurer L 等[16]研究發(fā)現(xiàn),TREM1 的遺傳缺失可以預(yù)防大腸癌,TREM-1的高表達(dá)具有促進(jìn)腸道腫瘤發(fā)生的作用,進(jìn)一步表明TREM1 表達(dá)的中性粒細(xì)胞是結(jié)直腸腫瘤發(fā)展的關(guān)鍵因素。Duan M 等[17]研究發(fā)現(xiàn),TREM1 的高表達(dá)可顯著促進(jìn)肝癌細(xì)胞的增殖、侵襲,并抑制其凋亡,進(jìn)一步指出TREM1 的高表達(dá)與肝癌患者的復(fù)發(fā)率升高、生存率降低有顯著相關(guān)性,并提示其是肝癌復(fù)發(fā)的獨(dú)立預(yù)后因素。

本研究通過Oncomine 數(shù)據(jù)庫分析發(fā)現(xiàn),TREM1 基因在GBM 組織中表達(dá)較正常對照組織升高(P<0.05);GEPIA 數(shù)據(jù)庫驗(yàn)證結(jié)果顯示,TREM1基因在GBM 中表達(dá)量高于正常對照組織(P<0.05),提示與Oncomine 芯片數(shù)據(jù)庫相符;然后在GEPIA數(shù)據(jù)庫進(jìn)一步分析TREM1 在人體常見腫瘤中的表達(dá)情況,結(jié)果顯示與正常對照組織比較,TREM1 基因在大部分腫瘤組織中呈現(xiàn)出高表達(dá)(P<0.05),但在彌漫性大B 細(xì)胞淋巴瘤、肺腺癌、肺鱗狀細(xì)胞癌及胸腺瘤中TREM1 基因的表達(dá)水平低于相應(yīng)的正常組織(P<0.05),且本研究通過GEPIA 數(shù)據(jù)庫進(jìn)行生存分析,結(jié)果發(fā)現(xiàn)TREM1 基因表達(dá)水平與GBM患者無病生存期無顯著關(guān)系,但TREM1 基因的高表達(dá)與GBM 患者總生存期呈負(fù)相關(guān)(P<0.05),提示在GBM 患者中TREM1 基因的高表達(dá)是一個(gè)不良的預(yù)后因素。本研究最后通過String 數(shù)據(jù)庫發(fā)現(xiàn),以TREM1 蛋白為中心的多個(gè)相互作用的蛋白,包括TYROBP、TREM2、TREML2、TREML1、FPR1、TLR4和TLR2,可為此后的研究提供基礎(chǔ)。

綜上所述,TREM1 在GBM 組織中高表達(dá),且關(guān)系到患者的預(yù)后,可作為診斷與治療GBM 的潛在靶點(diǎn),為進(jìn)一步分子機(jī)制研究和抗腫瘤靶向治療提供理論支持。

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