喉鱗狀細胞癌的轉錄組數據分析及生物標志物篩選

王娜娜，楊川

1延安大學附屬醫院耳鼻咽喉科，陜西延安716000

2河北醫科大學第二醫院耳鼻咽喉科，石家莊050000

3平昌縣人民醫院耳鼻咽喉科，四川巴中636040

喉癌是耳鼻咽喉-頭頸外科第二高發腫瘤，其中喉鱗狀細胞癌占全部病理分型的95%。喉鱗狀細胞癌的病因復雜，近年來其發病率不斷增加，患者的晚期生存率仍較低。隨著機器人輔助手術在頭頸部腫瘤治療中的開展及食管、氣管一期重建技術的不斷成熟，中國臨床腫瘤學會（Chinese Society of Clinical Oncology，CSCO）頭頸部腫瘤診療指南也強調手術治療對提高生存率的重要性，但仍面臨術后功能障礙、生活質量下降等嚴峻挑戰。另一方面，頭頸部腫瘤手術仍被認為是外科“皇冠”，手術水平直接關系到患者的生存預后。因此，進一步闡明喉鱗狀細胞癌的分子機制，尋找潛在的生物學靶點，對喉鱗狀細胞癌進行早期診斷和治療仍十分必要。信使RNA（messenger RNA，mRNA）、微小RNA（microRNA，miRNA）、長鏈非編碼RNA（long noncoding RNA，lncRNA）在喉鱗狀細胞癌的發生、發展中發揮重要作用。本研究通過腫瘤基因圖譜（The Cancer Genome Atlas，TCGA）轉錄組數據挖掘，分別闡明lncRNA、miRNA和mRNA在喉鱗狀細胞癌中的作用機制及其潛在聯系，現報道如下。

1 資料與方法

1.1 數據獲取及差異分析

在TCGA中下載喉鱗狀細胞癌轉錄組數據和相關臨床信息，其中腫瘤樣本111例，正常樣本12例。采用“edgR”包進行差異分析，設|logFC|﹥2，錯誤發現率（false discovery rate，FDR）﹤0.01，分別得到差異lncRNA、差異mRNA和差異miRNA，采用R軟件繪制可視化圖形并進行統計分析。

1.2 蛋白相互作用網絡分析

采用STRING11.0（https://string-db.org/cgi/input.pl）在線工具將喉鱗狀細胞癌Top500差異mRNA構建蛋白相互作用（protein-protein interaction，PPI）網絡，相互作用值=0.7；……