基于RNA-Seq技術(shù)挖掘貴州白山羊公羊背最長(zhǎng)肌生長(zhǎng)發(fā)育下調(diào)基因

安清明，王 星，吳震洋，孟金柱，趙園園 (．銅仁學(xué)院 農(nóng)林工程與規(guī)劃學(xué)院 貴州省梵凈山地區(qū)生物多樣性保護(hù)與利用重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室，貴州 銅仁 554300；2．甘肅農(nóng)業(yè)大學(xué) 草食動(dòng)物生物技術(shù)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室，甘肅 蘭州 730070)

目前雖然已有研究對(duì)家畜動(dòng)物的肌肉生長(zhǎng)進(jìn)行了篩選，獲得了部分相關(guān)的候選基因，但關(guān)于地方山羊品種肌肉生長(zhǎng)發(fā)育的研究較少，尤其對(duì)不同性別的山羊肌肉生長(zhǎng)發(fā)育還有待深入研究。因此通過研究不同性別貴州白山羊背最長(zhǎng)肌組織中差異表達(dá)基因，挖掘和鑒定控制白山羊肌肉組織生長(zhǎng)發(fā)育的相關(guān)基因，對(duì)改良貴州白山羊胴體肌肉生長(zhǎng)發(fā)育具有重要意義。本研究采用RNA-Seq技術(shù)對(duì)不同性別貴州白山羊背最長(zhǎng)肌進(jìn)行分析，篩選與公羊肌肉生長(zhǎng)相關(guān)的下調(diào)基因，并對(duì)篩選的下調(diào)基因進(jìn)行GO、KEGG等分析，并通過RT-PCR進(jìn)行驗(yàn)證，挖掘出可調(diào)節(jié)貴州白山羊肌肉生長(zhǎng)發(fā)育的關(guān)鍵候選基因，以期為貴州白山羊在肉質(zhì)和肌肉生長(zhǎng)性狀方面的分子機(jī)理研究提供理論依據(jù)。

1 材料與方法

1.1 樣品采集樣品采自貴州省銅仁市沿河土家族自治縣華珍牧業(yè)有限責(zé)任公司，選取同等飼養(yǎng)條件下2周歲齡、健康的白山羊6只(公、母羊各3只)，屠宰后采集背最長(zhǎng)肌置于液氮中迅速冷凍，帶回實(shí)驗(yàn)室后置于-80℃保存?zhèn)溆谩?/p>

1.2 背最長(zhǎng)肌RNA提取、文庫(kù)構(gòu)建及轉(zhuǎn)錄組測(cè)序按照TRIzol法提取每只白山羊總RNA，用RNAprep pure Tissue Kit(TianGen，天根生化科技(北京)有限公司)純化，采用Agilent Bioanalyzer 2100檢測(cè)完整性，Qubit 2.0 Flurometer測(cè)量濃度，待樣品合格后送北京諾和致源生物信息科技有限公司構(gòu)建文庫(kù)，應(yīng)用Illumina Hiseq 2500平臺(tái)進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序。……