二代測序技術診斷鸚鵡熱衣原體肺炎1 例并文獻復習

童衛泉，李 寧，方秋雁（通訊作者）

（浙江大學醫學院附屬第四醫院呼吸與危重癥醫學科 浙江 義烏 322000）

1.病例資料

患者，男性，72 歲，農民，因“發熱3 d，咳嗽、胸悶氣急1 d”。于2020 年10 月21 日就診于浙江大學醫學院附屬第四醫院急診科。3 d 前患者無明顯誘因下出現發熱，乏力，程度輕未就醫。2 d 前患者自覺發熱程度加重，于當地衛生院就診，查血常規：白細胞9.28×109/L,CRP 30.3 mg/L，予頭孢西丁靜滴2 d，同時予中藥口服治療，具體藥物不詳。治療后病情無好轉，患者出現高熱，遂來我院急診就醫。當時測體溫39.0 ℃，白細胞計數6.4×10-9/L，中性粒細胞百分比81.1%，C 反應蛋白144.6 mg/L，降鈣素原定量3.157 ng/mL，肺部CT 示：右肺上葉感染考慮，左肺下葉小結節；右側少量胸腔積液。予對乙酰氨基酚片口服退熱后自覺癥狀稍好轉，轉入呼吸與危重癥醫學科病房繼續治療。

入院查體：體溫38.7 ℃，心率110 次/分，呼吸25 次/分，血壓141/87 mmHg，神志清，精神差，體型消瘦，皮膚鞏膜未見黃染，淺表淋巴結未及腫大，鼻導管吸氧，呼吸稍急促，右中上肺呼吸減低，余肺呼吸音粗，未聞及干濕性音，心界正常，心律齊，未聞及病理性雜音，腹平軟，無壓痛、反跳痛，肝脾肋下未及，腎區無叩擊痛，雙下肢無水腫，神經系統病理征陰性。自述近幾日有厭油膩癥狀。既往體健，無結核、乙肝及過敏史、無吸煙酗酒等不良嗜好。轉入呼吸與危重癥醫學科后，考慮患者發熱為肺部炎癥所致，予經驗性使用哌拉西林鈉他唑巴坦鈉4.5 g 靜脈滴注8 h 一次抗感染，輔以化痰護胃等對癥治療。次日，患者炎癥指標CRP、PCT 繼續升高，仍出現39.5 ℃的高熱。患者肺部感染明確，且病情較重，因病原學不詳，予留取痰及血標本后，并于當日行支氣管鏡檢查提示右上葉尖段開口稍狹窄，余支氣管均通暢，未見新生物。留取肺泡灌洗液送華大基因病原體基因二代測序（next generation sequencing, NGS）檢測。調整為莫西沙星氯化鈉注射液0.4 g 靜脈滴注1 次/d 聯合亞胺培南西司他丁鈉0.5 g 靜脈滴注6 h 一次抗感染。期間檢測呼吸道病原體IgM 抗體、血清抗核抗體、血管炎系列、G 試驗、GM 試驗均陰性。痰培養及血培養均陰性。10 月26 日肺泡灌洗液病原微生物高通量基因檢測測序結果提示：鸚鵡熱衣原體（序列數：1295）和白色念珠菌（序列數：288），進一步詢問病史，患者表示發病前3 d 有死雞接觸史，結合患者肺泡灌洗液測序結果，考慮為鸚鵡熱衣原體所致的較嚴重肺炎，予加用鹽酸多西環素膠囊0.1 g 口服每日二次聯合亞胺培南西司他丁鈉0.5 g 靜脈滴注6 h 一次抗感染，患者體溫恢復正常，炎癥指標下降。2020 年11 月2 日復查胸部CT 提示：肺部病灶部分吸收，病情好轉，予抗生素降階梯為莫西沙星片0.4 g 口服1 次/d 聯合多西環素膠囊0.1 g 口服每日二次抗感染治療，患者生命體征平穩，一般情況可，炎癥指標降至正常范圍予帶藥出院。2021 年1 月11 日患者復查肺部CT：右肺上葉少許炎癥，對照前片（2020 年11 月2 日）明顯吸收。

2.討論

鸚鵡熱衣原體是一種革蘭陰性需氧細胞內寄生的人畜共患病原體[1]。主要宿主為鳥類，受感染的鳥類通常無癥狀，少數可能出現發冷，厭食和腹瀉等癥狀，其糞便、鼻腔分泌物可攜帶及傳播病原體，人類常因接觸帶病原體的分泌物或吸入受污染的氣溶膠而患病[2]。鸚鵡熱衣原體的宿主不僅限于鸚鵡，其他鳥類也可以傳播，因此也常被稱為鳥病。該病患者與人之間的傳播少見，不需要隔離和藥物預防，但疾病癥狀表現多種多樣以及低特異性使該病診斷困難。鸚鵡熱衣原體致病通常潛伏期一般在5 ～15 d 左右，隱匿起病，并突然導致多種臨床綜合征，早期診斷和早期治療可明顯降低該病的病死率。據統計，鸚鵡熱衣原體感染大多以不明原因的發熱，肺部炎癥常為首發表現，發展至重癥肺炎時，病死率較高。

鸚鵡熱衣原體肺炎多發于中老年人群，大多有鳥類接觸史，常見的臨床表現有：高熱、咳嗽、咳痰、厭食油膩食物，部分患者伴有頭痛肌肉酸痛。發展為重癥肺炎時可出現缺氧表現如發紺、呼吸困難、煩躁甚至昏迷等情況。其影像學表現缺乏特異性，X 線胸片表現為：斑片狀磨玻璃影或大片融合實變影，沿肺段分布，以下葉受累為主，右肺上葉感染灶相對少見，少數可見淋巴結腫大及胸腔積液。肺部CT 多表現為實變，磨玻璃影或沿胸膜分布的單發結節[3]。本例患者主要表現為右肺上葉病灶，為少見病灶部位，且陰影沿支氣管血管束分布，分析可能與病原菌血行播散有關。

鸚鵡熱衣原體肺炎的確診目前主要依靠實驗室檢查，常用的檢查方法有血清學抗體檢測和病原學培養，一般醫院的實驗室很少開展鸚鵡熱衣原體血清抗體的檢測；至于病原學細胞培養，常用于實驗研究，耗時長，不利于疾病的早診斷與治療。基因測序技術是近年來飛速發展病原微生物精準檢測方法之一。下一代測序技術（next generation sequencing, NGS），也叫高通量測序技術，是一種能將大量DNA 片段同時和獨立測序，快速獲取患者的病變體液及組織中病原體的核酸序列，然后比對特定的微生物數據庫，從而獲取患者樣本中的微生物信息，具有速度快、測序病原微生物種類多的特點。與一般的實驗室檢測相比，NGS 直接提取樣本中全部微生物的核酸進行測序，具有敏感度高、檢測范圍廣等優勢。該方法可以進行多種病原微生物的檢測，是一種較為可靠的病原學補充診斷方法[4]。二代測序對少見感染、新型及復雜病原體感染的檢出具有明顯優勢，理論上基于特定的核酸序列，可實現大多數微生物的鑒定[5]。但需注意目前病原微生物二代測序技術仍存在一定的局限性，比如檢測報告中常包含一些其他定植病原微生物，給鑒別致病微生物帶來干擾，此外，在測序過程中尚無統一的質控標準與規范的測序流程。值得注意的是目前尚缺乏公認的測序結果分析和判讀標準。在臨床實踐中常出現測序結果與治療方法之間不符的情況，需結合患者的臨床特征以及其他傳統檢測方法加以驗證。因此二代測序陽性結果的病例需結合PCR，細菌學，血清學，免疫組織化學等方法加以驗證。此外，二代測序檢測費用高，未納入醫保完全自費，增加了患者就醫負擔，因而在臨床上需嚴格掌握使用的指針。但是另一方面，特殊病原體肺炎臨床表現特異性低，容易誤診，一般檢測方法難以明確病原體，常導致治療效果不佳，二代測序技術可快速檢測出鸚鵡熱衣原體等特殊病原體。在原因不明的肺炎診斷中具有重要的作用。依據二代測序結果可進行精準的抗感染治療，可減少不必要抗菌藥物的使用，改善患者預后。

本例入院后行多次血、痰標本以及肺泡灌洗液培養均未明確病原體，最終肺泡灌洗液的二代測序技術檢出高序列數的鸚鵡熱衣原體（序列數129）和白色念珠菌（序列數288）。白色念珠菌為真菌，考慮為呼吸道定植菌，其感染的臨床表現為咳白色粘痰，口腔，咽部及支氣管黏膜可見散在點狀白膜，部分患者可出現發熱，畏寒，咳膿痰，并帶有血絲，甚至有咯血，呼吸困難，肺部聞及干濕性的啰音與本病例不符，并且該患者未使用抗真菌藥物體溫及炎癥指標下降，肺部病變吸收，故不考慮白色念珠菌感染引起的肺炎。

本例臨床癥狀和影像學表現為較嚴重的肺炎，二代測序檢出高序列數鸚鵡熱衣原體，支持較重的鸚鵡熱衣原體肺炎的診斷。目前，鸚鵡熱衣原體肺炎抗菌治療首選四環素類藥物，但是近年來研究發現部分衣原體菌屬已對四環素類藥物耐藥。因此，我們最初經驗性抗感染治療效果不佳的情況下，給予亞胺培南西司他丁聯合莫西沙星抗感染治療。待患者病情穩定后炎癥指標好轉逐步將抗生素降階梯，調整為莫西沙星片聯合多西環素片口服治療。與一般的非典型肺炎表現不同，本病病變部位吸收慢，病灶吸收時間約需6 周左右，甚至最長者需20 周左右。本例明確病原體后經積極抗感染治療體溫迅速恢復正常，肺部陰影在治療60 d 后復查肺部CT 明顯吸收，也表明了本病較長的病程。鸚鵡熱衣原體肺炎常規病原學方法檢測困難，二代測序技術在該病例的診治中顯示出了特有的優勢，相信在不久的將來二代測序技術在臨床少見病原體感染的診斷方面會有很好的應用前景。