膠質瘤中TRP基因家族預后模型的開發和驗證

郭兆剛，欒 濤，鄧 超，岳 博，祖 靜，萬 研

膠質瘤是一種發病率最高的原發性腦腫瘤,根據WHO指南，可分為高級別膠質瘤(Ⅲ-Ⅳ)與低級別膠質瘤(Ⅰ-Ⅱ)。目前外科手術聯合放化療治療效果有限，患者中位生存期依然保持在15個月以下。尋找新的分型并預測患者預后對指導膠質瘤的臨床治療具有重大意義。瞬時受體電位(transient receptor potential, TRP)通道為位于細胞膜上的離子通道蛋白，通過形成四聚體結構行使非選擇性陽離子跨膜運輸功能。在哺乳動物中，有7個TRP亞家族，包括TRPC、TRPV、TRPM、TRPA、TRPP、TRPML和TRPN。除調節感覺及激素和信息素信號傳導的作用外，TRP基因家族也可通過影響細胞周期、細胞凋亡、氧化應激等促進腫瘤進展。本研究通過分析TCGA數據庫和CGGA數據庫中的膠質瘤測序數據，探討有影響的TRP家族蛋白對膠質瘤預后的影響。

1 資料與方法

1.1 數據來源 使用Perl語言從UCSC Xena網站中下載的TCGA target GTEx數據集中提取膠質瘤(低級別膠質瘤523例、高級別膠質瘤171例)和正常腦皮質(105例)的基因表達數據及膠質瘤患者的臨床信息，并從CGGA數據庫中提取了1018例膠質瘤患者的基因表達數據及臨床信息。

1.2 預后模型的構建與驗證 在R語言中，使用TCGA中數據進行單因素COX回歸分析以確定與預后相關的TRP家族基因，使用“glmnet”包建立LASSO-COX回歸和多因素COX回歸模型，在此基礎上進行風險評分計算以評估患者預后，并使用CGGA數據進行預后模型的效能驗證。

1.3 臨床特征的預后分析 采用R語言對患者年齡、病理分級、性別、復發類型及風險得分進行單因素和多因素COX分析以探究其對膠質瘤預后是否有影響。……