番木瓜抗倒伏優勢微生物及候選基因篩選

陳仕淼 鄭劍 陸覃昱 張繼 石蘭蓉 馬松瓊 范兢升 甘衛堂

摘要：【目的】篩選抗倒伏性強的番木瓜根際優勢微生物，挖掘番木瓜抗倒伏差異表達的關鍵基因，為揭示番木瓜抗倒伏機制及相關品種選育提供參考。【方法】試驗設常規施肥量處理（每株施用2.5 kg有機肥，CK）、缺肥處理（不施有機肥，WLR）和高有機肥處理（每株施用10 kg有機肥，SLR）3個處理，根據其轉錄組數據和根際微生物數據，利用加權基因共表達網絡（WGCNA）關聯分析番木瓜抗倒伏相關的關鍵基因，并分析根際微生物變化情況。【結果】SLR處理的植株抗倒伏性最強，其次是CK，WLR處理植株的抗倒伏性最差。WLR處理植株的株高、節間長度和莖粗均顯著低于CK和SLR處理的植株（P<0.05）。通過微生物組數據分析得到影響抗倒伏性狀優勢微生物為鏈絲菌屬（Streptomyces）、慢生根瘤菌屬（Bradyrhizobium）、RB41菌屬及噬幾丁質菌屬（Chitinophaga）。通過WGCNA分析得到2個與番木瓜抗倒伏性能相關的品藍模塊和淡黃模塊，進而對這2個模塊構建基因共表達網絡，篩選出可能與番木瓜抗倒伏性能密切相關的乙酰輔酶A乙酰轉移酶基因（AACT）、聚腺苷酸結合蛋白基因（RBP47）、線粒體輸入內膜轉位酶亞基基因（TIM9）、鈣依賴通道7TM區域基因（HYP1）、韌皮部蛋白質絲網絡蛋白基因（SEO）和半胱氨酸蛋白酶抑制劑a基因（CPI）等6個核心基因。核心基因功能分析結果顯示，品藍模塊涉及番木瓜萜類代謝調控，而淡黃色模塊涉及番木瓜韌皮部生長代謝調控。【結論】根際優勢微生物與番木瓜抗倒伏性密切相關，其可通過調控番木瓜莖的生長從而提高抗倒伏性，可作為抗倒伏性強番木瓜品種選育的微生物篩選標記之一。

關鍵詞：番木瓜；加權基因共表達網絡（WGCNA）；優勢微生物；抗倒伏；基因挖掘

中圖分類號：S667.9? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 文獻標志碼：A 文章編號：2095-1191（2023）02-0336-11

Abstract：【Objective】To screen dominant microorganisms in root of papaya with strong lodging resistance， and to mine key genes of differential expression of papaya lodging resistance， so as to provide reference for revealing mechanism of papaya lodging resistance and related variety breeding selection. 【Method】In the experiment， three treatments were set up， conventional fertilizer application （2.5 kg organic fertilizer per plant， CK）， fertilizer deficiency treatment （no organic fertilizer，WLR） and high organic fertilizer treatment （10 kg organic fertilizer per plant， SLR）. Based on transcriptome and rhizosphere microorganism data， association analyses of weighted gene co-expression network analysis （WGCNA） were conducted to analyze key genes related to papaya lodging resistance and changes of rhizosphere microorganisms. 【Result】The plants treated with SLR had the strongest lodging resistance， followed by CK， and the plants treated with WLR had the worst lodging resistance. The plant height， internode length， and stem diameter of WLR treated plants were significantly lower than those of CK and SLR treated plants（P<0.05）. Through microbiome data analysis， dominant microorganisms that affected the trait of lodging resistance were identified： Streptomyces， Bradyrhizobium， RB41 and Chitinophaga. Two modules related to papaya lodging resistance（royal blue module and light yellow module） were obtained through WGCNA analysis. Weighted gene co-expression networks based on these two modules were established and then 6 core genes possibly related to papaya lodging resistance were screened：acetyl-CoA acetyltransferase （AACT）， polyadenylate-binding protein RBP47-like gene （RBP47）， mitochondrial import inner membrane translocase subunit gene （TIM9）， Calcium dependent channel 7TM region gene （HYP1）， phloem protein filament network protein gene （SEO）， and cysteine proteinase inhibitor a-like gene（CPI）. Functional analysis of the core genes showed that the royal blue module was involved in papaya terpenoid metabolism regulation， while the light yellow module was involved in papaya phloem growth regulation. 【Conclusion】Dominant rhizosphere microorganisms are closely related to papaya lod-ging resistance， and as they can strengthen lodging resistance through regulating papaya stem growth， they can be taken as one of the microorganism screening markers for highly lodging-resistant papaya breeding.

Key words： Carica papaya； weighted gene co-expression network analysis （WGCNA）； dominant microorgani-sms； lodging resistance； gene mining

Foundation items： Guangxi Key Research and Development Project （Guike AB19245027）； Characteristic Fruit Industry Pioneer Special Project （Guinongkemeng 202204）

0 引言

【研究意義】廣西是全國加工型番木瓜（Carica papaya）種植面積和產量最高的省份，但倒伏和花葉病嚴重影響番木瓜產業的發展。由于加工型番木瓜根系較淺，果實較重，受臺風影響易造成倒伏，嚴重影響番木瓜產量。根際微生物通過改變植物根際生境影響植物內源激素含量變化（鮑根生等，2020），在不同程度上影響著莖的縱向生長（杜加銀等，2016）和橫向生長（黃文等，2022），進一步影響著抗倒伏性能的強弱。因此，挖掘影響番木瓜抗倒伏能力的優勢微生物及相關基因，對提高番木瓜抗倒伏能力具有重要意義。【前人研究進展】已有較多微生物對植物抗倒伏性發揮促進作用的研究報道（Lata et al.，2018；Rana et al.，2020；Devi et al.，2022）。微生物不僅能通過分泌激素促進植物莖部的橫向生長（Zhu et al.，2018），同時增強植株的防御能力（Liu et al.，2021），從而增強抗倒伏性能。Patel等（2019）對甘蔗根際微生物進行篩選，結果發現Escherichia sp.VRE34菌株能促進甘蔗株高和莖粗的增加。肖明綱等（2020）研究發現，微生物菌劑能降低水稻株高，提高其抗倒伏能力。白建飛等（2022）研究發現，莫拉維假單胞菌GF-55具有促進玉米苗期生長及增強玉米吐絲抗倒伏性的功能。植物抗倒伏性能的研究主要集中在水稻（Doraira and Ismail，2017；Li et al.，2017）、玉米（Ahmad et al.，2018；Kamran et al.，2018；Zhang et al.，2018）等作物上。但微生物與番木瓜生理性狀相互作用的研究（王麗霞等，2017，2022）較少，尚未見有番木瓜根際微生物與抗倒伏性相關的研究。Meng等（2021）研究表明，影響水稻莖稈強度的TUT1、OsCCC1、CFL1和ACL-D等基因在水稻抗倒伏育種中發揮關鍵作用。Zhao等（2021）研究表明，矮稈基因Rht15基因上調表達可顯著降低小麥株高，提高了小麥抗倒伏能力及部分品質性狀，但對調控小麥產量相關性狀有負面影響。綜上所述，糧食作物抗倒伏能力的研究較為深入，而番木瓜抗倒伏能力的機制有待進一步揭示。加權基因共表達網絡分析（WGCNA）作為一種聯系生理指標與轉錄組數據的方法，已成為分子生物學研究的有利手段之一。Zaidi等（2020）通過將抗棉花卷葉病的外源基因Mac7轉入栽培棉中，經WGCNA分析在共表達網絡中發現了9個模塊52個核心（Hub）基因，這些基因通過生長素通路及細胞區隔化參與到棉花卷葉病的調控，該結果對了解棉花的抗卷葉病機制及培育耐性植株有重要意義。Wang等（2022）基于獼猴桃果實不同發育成熟段的性狀測定結果和轉錄組數據，通過WGCNA分析鑒定出調控獼猴桃風味代謝的關鍵轉錄因子，為風味物質合成途徑研究提供了新的解決思路。【本研究切入點】目前鮮見篩選抗倒伏性強的番木瓜根基優勢微生物并挖掘番木瓜抗倒伏差異表達基因的研究報道。【擬解決的關鍵問題】試驗設不同施肥量處理，根據其轉錄組數據和根際微生物數據，利用WGCNA分析挖掘與番木瓜抗倒伏性狀相關的關鍵基因，篩選出影響番木瓜抗倒伏性能的優勢微生物，為揭示番木瓜主要抗倒伏性狀的分子機制及相關育種提供數據支持。

1 材料與方法

1. 1 試驗材料

供試番木瓜品種穗中紅，種植于農業農村部番木瓜種質資源圃。主要試劑：NEBNext? UltraTM RNA建庫試劑盒、USER Enzyme cDNA合成試劑盒購自新英格蘭生物實驗室（美國）有限公司；Qubit? RNA 檢測試劑盒購自生命技術（美國）有限公司；AMPure XP核酸純化試劑盒購自貝克曼庫爾特（美國）有限公司。主要儀器設備：NanoPhotometer?分光光度計（IMPLEN，美國）、Qubit? 2.0熒光計（Life Technologies，美國）、Bioanalyzer 2100生物分析儀 （Agilent Technologies，美國）和Illumina HiSeq測序儀（Illumina，美國）。

1. 2 抗倒伏生理性狀測定

試驗設常規施肥量處理（每株施用2.5 kg有機肥，CK）、缺肥處理（不施有機肥，WLR）和高有機肥處理（每株施用10 kg有機肥，SLR）共3個處理。每個處理設3次重復，小區面積20 m2。在種植前將有機肥撒施于小區，翻耕使其混合均勻，之后開始種植番木瓜。待果實膨大期進行采樣，每個處理各選3株，測定其抗倒伏生理性狀如株高、莖粗等。生理指標按照NY/T 3089—2020《熱帶作物種質資源描述規范 番木瓜》進行測定。

1. 3 轉錄組測序及分析

取中間莖稈部分0.1 g左右，液氮冷凍后送武漢邁特維爾生物科技有限公司，采用Illumina HiSeq平臺進行轉錄組測序，共獲得9個轉錄組測序原始數據。各樣品Clean data均達7 Gb，Q30堿基百分比在93%及以上。從NCBI數據庫（https：//www.ncbi.nlm.nih.gov/data-hub/taxonomy/3649/）上下載番木瓜參考基因組及其注釋文件，使用 HISAT v2.1.0構建索引，并將Clean reads比對到參考基因組。基于比對結果，使用FPKM（Fragments per kilobase of exon per million fragments mapped）值衡量基因的表達水平，通過P<0.05且|Log2FPKM|≥1為閾值篩選差異表達基因（周陳平等，2022）。

1. 4 微生物組數據收集及分析

取附著在根系表面約1 mm厚的根際土壤1.0 g左右，液氮冷凍，采用CTAB法對其基因組DNA進行提取，使用TruSeq? DNA PCR-Free Sample Preparation Kit進行文庫構建，并使用Phusion? High-Fidelity PCR MasterMix（New England Biolabs）實時熒光定量PCR檢測構建好的文庫，引物序列采用宏基因組測序通用引物，即16S V4引物515F/806R，18S V4引物528F/706R，18S V9引物1380F/1510R（表1）。反應總體系30.0 μL：Phusion? High-Fidelity PCR Master Mix 15.0 μL，0.2 μmol/L上、下游引物各1.0 μL，10 ng/μL模板DNA 1.0 μL。擴增程序：98 ℃預變性1 min；98 ℃ 10 s，50 ℃ 30 s，72 ℃ 5 min，進行30個循環；72 ℃延伸5 min。

利用Qubit? 2.0熒光計和Bioanalyzer 2100系統對文庫質量進行評估，參數按照默認設置，篩選文庫合格（文庫有效濃度高于2 nmol/L）后，使用NovaSeq 6000進行上機測序，共獲得9個微生物組測序原始數據。使用R軟件（Version 2.15.3）繪制主成分分析（PCA）、主坐標分析（PCoA）和無度量多維標定（NMDS）圖。基于已發表文獻證據（Louca et al.，2016），將細菌及古菌在環境中的生態作用進行歸類，匯總整理為FAPROTAX數據庫。基于擴增基因的物種注釋結果，對FAPROTAX數據庫進行查詢，從而獲得已有文獻支持的物種環境功能信息。

1. 5 共表達網絡構建

利用R程序中的WGCNA軟件（https：//horvath.genetics.ucla.edu/html/CoexpressionNetwork/Rpac-kages/WGCNA/Tutorials/）分別對不同抗倒伏性的番木瓜材料進行共表達網絡構建（Zhang and Horvath，2005）。對FPKM進行標準化后將基因表達矩陣輸入，使用WGCNA軟件中的pickSoftThreashold計算權重值，power值選取為8，使用blockwiseModules構建無尺度網絡，混合動態剪切的標準劃分模塊，參數按照默認設置。利用田間表型數據與無尺度網絡構建好的模塊進行關聯分析，計算相關系數。

1. 6 互作網絡構建及分析

利用Cytoscape 3.9.1進行互作網絡構建，通過NetworkAnnlyze（undirected）計算網絡相關拓撲屬性，利用cytoHubba插件（版本0.1）篩選模塊核心基因。采用cytoHubba的MCC算法，篩選前5個核心基因，去除無注釋的核心基因。

2 結果與分析

2. 1 不同施肥處理對番木瓜抗倒伏及相關性狀的影響

由圖1可知，SLR處理的植株抗倒伏性最強，其次是CK，WLR處理植株的抗倒伏性最差，表明抗倒伏性與施肥量有關，施肥量量越多，抗倒伏性越強。由表2可知，WLR處理植株的株高、節間長度和莖粗均顯著低于CK和SLR處理的植株（P<0.05，下同），而在莖粗方面，3個處理間均存在顯著差異；SLR處理的植株除莖粗顯著高于CK外，其余2個性狀與CK無顯著差異（P>0.05）。

2. 2 影響番木瓜抗倒伏性能的差異根際微生物

由PCA分析結果（圖2）可知，3個處理之間的菌落豐度存在明顯差異，SLR處理單獨分為一組，而CK和WLR處理具有相似的結果，無法完全分開。從物種豐度（圖3）上看，WLR處理優勢微生物屬水平主要集中在羅達菌屬（Rhodaobacter）、雙歧桿菌屬（Bifidabacterium）、假黃單胞菌屬（Pseudoxanthomo-nas）、Castellabuella、霉菌屬（Mycobacterium）、腐植酸桿菌屬（Humibacter）、Acidipila及戴氏菌屬（Dyella），而SLR處理的微生物優勢屬水平主要集中于鏈絲菌屬（Streptomyces）、慢生根瘤菌屬（Bradyrhizobium）、RB41和噬幾丁質菌屬（Chitinophaga）等；CK處理的微生物優勢屬水平主要集中于念珠菌屬（Candidatus_Koribacter）、帕尼巴氏菌屬（Paenibacillus）、炭疽菌屬（Bacillus）、布氏菌屬（Bryobacter）和Jatrophihabitans等。綜上所述，影響抗倒伏性狀優勢微生物為鏈絲菌屬（Streptomyces）、慢生根瘤菌屬（Bradyrhizobium）、RB41及噬幾丁質菌屬（Chitinophaga）。

根據樣品在FAPROTAX數據庫中的功能注釋及豐度信息，選取豐度排名前25的功能及其在每個樣品中的豐度信息繪制熱圖，并從功能差異層面進行聚類分析，結果如圖4所示。從功能差異層面的聚類分析結果與PCA分析結果相似。CK處理根際微生物的主要功能為硝酸鹽代謝、氮代謝和亞硝酸鹽代謝；WLR處理根際微生物的主要功能為光合作用、尿素代謝和木聚糖分解；SLR處理根際微生物的主要功能為氨的有氧代謝。植物對銨態氮的吸收利用效率強于硝態氮，CK處理和WLR處理根際微生物的主要功能集中在硝酸鹽代謝及光合作用，而SLR處理根際微生物的主要功能為氨代謝，表明SLR處理改變了微生物菌落結構，增加了土壤細菌對銨態氮的吸收。

2. 3 模塊構建及表型關聯分析

為了解微生物對番木瓜抗倒伏性的影響，采用WGNCA共構建了33個模塊（圖5），每一個分支表示一個共表達模塊。灰色（grey60）模塊包含的是未分配的“游離”基因。將抗倒伏性狀與模塊進行關聯分析，并繪制相關熱圖，結果（圖6）顯示品藍模塊基因表達量與莖的橫向生長和縱向生長指標均成正相關，且與莖粗相關關系最強（0.75，0.02）；同時淡黃模塊基因表達量與番木瓜的莖生長負相關，且與節間長度顯著負相關（0.75，0.02）。因此，基于品藍模塊和淡黃模塊開展深入研究。

2. 4 核心基因的挖掘及共表達網絡的構建

篩選連通性>0.1的關聯節點構建共表達網絡和挖掘核心基因。數據導入cytoscape 3.9.1后對共表達網絡進行分析，共表達網絡的核心基因利用cytoHubba插件篩選MCC值前5的節點（圖7、圖8和表3）。通過功能查詢發現品藍模塊共表達網絡核心基因為乙酰輔酶A乙酰轉移酶基因（AACT）和聚腺苷酸結合蛋白基因（RBP47），其功能可能與能量代謝相關，而淡黃模塊共表達網絡核心基因為韌皮部蛋白質絲網絡蛋白基因（SEO）和鈣依賴通道7TM區域基因（HYP1），其功能可能與韌皮部合成相關。

3 討論

土壤生境差異會影響微生物群落的機構（Li et al.，2021）。Yang等（2019）研究表明，生物碳差異會影響植物根際微生物群落差異。根際微生物能通過分泌一些激素類物質促進植物的生長發育。本研究表明，不同施肥處理的番木瓜抗倒伏性存在明顯差異，其根際微生物組成也存在明顯差異，可能是造成番木瓜抗倒伏性能差異的原因之一。Suárez-Moreno等（2019）研究表明，鏈絲菌屬（Streptomyces）細菌不僅能產生鐵載體、吲哚乙酸（IAA）及胞外酶，促進植株的生長，還能通過刺激植物產生激素如赤霉素等影響植物生長，提高其生長力（Amaresan et al.，2018）。慢生根瘤菌屬（Bradyrhizobium）細菌能促進宿主植物的固氮及養分吸收，從而促進宿主的生長 （Htwe et al.，2019）。本研究通過田間觀察發現，SLR處理能夠增強番木瓜的抗倒伏性，其根際優勢微生物為鏈絲菌屬（Streptomyces）、慢生根瘤菌屬 （Bradyrhizobium）、RB41及噬幾丁質菌屬（Chitino-phaga），且其主要功能注釋為氨的有氧代謝，說明這些優勢細菌有可能通過分泌促生物質提高番木瓜抗倒伏性能。但由于對番木瓜根際微生物的研究較少，根際微生物與番木瓜根系的關系上不明確，故要探明微生物影響番木瓜抗倒伏性能的機制，還需找出微生物對番木瓜根系的影響機制。

RBP47基因不僅在植物生長及促進細胞增殖中有重要調控作用（Chen et al.，2018），還參與了轉譯等細胞過程，促進了種子的萌發及莖的快速增長 （Ferraz Dos Santos，2022）。AACT能激活植物抗逆性反應（姚元枝等，2015；陳雷等，2021），促進脫落酸（ABA）合成水平的升高（Jozwiak et al.，2020）。也有研究表明，AACT對細胞壁多糖乙酰化至關重要（Chen，2017；Zhong et al.，2020）。本研究發現，與莖粗顯著相關的品藍模塊中注釋到的核心基因為AACT基因和RBP47基因，且根際優勢微生物的功能注釋到固氮作用，說明番木瓜莖部橫向發育的基因可能與番木瓜RBP47蛋白的表達調控及萜類化合物代謝途徑相關，微生物可能通過提高光合作用激活番木瓜細胞壁乙酰化機制，從而促進莖的橫向生長。

SEO為定位在篩管中的表達蛋白，當植物受損傷后其能在篩管中表達堆積并阻斷光合產物的轉運（Rüping et al.，2010），且能增強受損部位的機械強度（Knoblauch et al.，2014）。Walker（2022）研究認為，在豆科植物中SEO蛋白受Ca2+調節，通過阻斷篩管來阻止蚜蟲攝取汁液，且能通過增強篩管的強度及栓塞化來增強莖的機械強度。本研究結果表明，淡黃模塊中的核心基因出現了SEO基因，與其表達相關的HYP1基因也是淡黃模塊的核心基因，且與其相關的根際微生物功能注釋到光合作用和固氮作用，說明韌皮部蛋白質絲網絡蛋白的表達可能是影響番木瓜抗倒伏性能的重要因素之一，微生物可能通過提高光合作用和固氮作用促進番木瓜SEO基因和HYP1基因的表達從而影響番木瓜抗倒伏性能，但其作用機理有待進一步研究。

4 結論

鏈絲菌屬（Streptomyces）、慢生根瘤菌屬（Bradyrhizobium）等根際微生物可能通過促進固氮作用及分泌促生物質促進番木瓜的生長，從而達到促進抗倒伏性能的作用。品藍模塊是影響莖粗的主要模塊，其通過次生代謝途徑影響番木瓜的莖粗，而淡黃模塊為影響節間長度的主要模塊，其中的SEO通路是影響番木瓜節間長度最可能的代謝通路。

參考文獻：

白建飛，韓升才，高聚林，于曉芳，青格爾，胡樹平，張賽楠，郭江岸. 2022. 內生菌莫拉維假單胞菌GF-55促進玉米生長和提高抗倒伏功能分析［J］. 微生物學通報，49（7）：2625-2637. ［Bai J F，Han S C，Gao J L，Yu X F，Qing G E，Hu S P，Zhang S N，Guo J A. 2022. Endophytic bacterial strain GF-55 improves the growth and lodging resistance of maize［J］. Microbiology China，49（7）：2625-2637.］ doi：10.13344/j.microbiol.china.211049.

鮑根生，宋梅玲，王玉琴，劉靜，王宏生. 2020. 不同密度甘肅馬先蒿寄生和內生真菌互作對紫花針茅內源激素及生物堿含量的影響［J］. 草業學報，29（4）：147-156. ［Bao G S，Song M L，Wang Y Q，Liu J，Wang H S. 2020. Interactive effects of different densities of Pedicularis kansuensis parasitism and Epichloё endophyte infection on the endogenous hormone levels and alkaloid contents of Stipa purpurea［J］. Acta Prataculturae Sinica，29（4）：147-156.］ doi：10.11686/cyxb2019313.

陳雷，陳麗娜，王萌，瞿彩麗，鄧娟，龔玲，余坤. 2021. 茅蒼術乙酰輔酶A酰基轉移酶基因（AlAACT）的克隆與序列分析［J］. 中藥材，（3）：574-579. ［Chen L，Chen L N，Wang M，Qu C L，Deng J，Gong L，Yu K. 2021. Cloning and sequence analysis of acetyl-CoA acetyltransferase gene （AlAACT） from Atractylodes lancea［J］. Journal of Chinese Medicinal Materials，（3）：574-579.］ doi：10.13863/j.issn1001-4454.2021.03.012.

杜加銀，胡兆平，侯廣軍，符連安，李新柱，陳海寧. 2016. 微生物土壤調理劑對辣椒生長及產量的影響［J］. 湖北農業科學，55（22）：5781-5783. ［Du J Y，Hu Z P，Hou G J，Fu L A，Li X Z，Chen H N. 2016. Effect of microbial soil conditioner on growth and yield of Capsicum annuum L.［J］. Hubei Agricultural Sciences，55（22）：5781-5783.］ doi：10.14088/j.cnki.issn0439-8114.2016.22.014.

黃文，郭競，劉慧超，黃曉燕，張舜，應芳卿. 2022. 不同微生物菌劑對番茄產量及品質的影響［J］. 中國瓜菜，35（8）：75-78. ［Huang W，Guo J，Liu H C，Huang X Y，Zhang S，Ying F Q. 2022. Different microbial agents affect tomato yield and quality［J］. China Cucurbits and Vegetables，35（8）：75-78.］ doi：10.16861/j.cnki.zggc.2022.0200.

王麗霞，黃大野，何應對，井濤，丁哲利，劉永霞，韓麗娜，吳斌. 2017. 韭菜-番木瓜間作模式對根際土壤可培養微生物、土壤性狀的影響［J］. 湖北農業科學，56（18）：3444-3446. ［Wang L X，Huang D Y，He Y D，Jing T，Ding Z L，Liu Y X，Han L N，Wu B. 2017. Effects of intercropping between leek and papaya on culturable microorganisms and soil properties in rhizosphere soil［J］. Hubei Agricultural Sciences，56（18）：3444-3446.］ doi：10.14088/j.cnki.issn0439-8114.2017.18.

王麗霞，殷曉敏，劉永霞，連子豪，王必尊，何應對. 2022. 間作韭菜模式下番木瓜根區微生物群落變化特征［J］. 中國農學通報，38（31）：66-76. ［Wang L X，Yin X M，Liu Y X，Lian Z H，Wang B Z，He Y D. 2022. Change characteristics of microbial community in the rhizosphere of papaya under papaya-leek intercropping［J］. Chinese Agricultural Science Bulletin，38（31）：66-76.］ doi：10.11924/j.issn. 1000-6850.casb2021-1043.

肖明綱，楊賢莉，孫兵，遲立勇，張擘，趙北平，李明賢. 2020. 減肥配施微生物菌劑對五優稻四號抗倒性和產量的影響［J］. 安徽農業科學，48（21）：156-158. ［Xiao M G，Yang X L，Sun B，Chi L Y，Zhang B，Zhao B P，Li M X. 2020. Effect of reduced fertilizer and utilization of microbial inoculant on lodging resistance and yield of Wuyoudao 4［J］. Journal of Anhui Agricultural Sciences，48（21）：156-158.］ doi：10.3969/j.issn.0517-6611.2020.21.042.

姚元枝，黎曉英，魏麟，伍賢進，劉勝貴，唐玉蓮. 2015. 魚腥草乙酰輔酶A酰基轉移酶基因克隆、表達及生物信息學分析［J］. 中草藥，46（1）：107-111. ［Yao Y Z，Li X Y，Wei L，Wu X J，Liu S G，Tang Y L. 2015. Cloning，expression，and bioinformatics analysis of acetyl-CoA C acetyltransferase gene in Houttuynia cordata［J］. Chinese Traditional and Herbal Drugs，46（1）：107-111.］ doi：10.7501/j.issn.0253-2670.2015.01.021.

周陳平，楊敏，郭金菊，鄺瑞彬，李慶萌，楊護，黃炳雄，魏岳榮. 2022. 番木瓜兩性株高溫條件下花性轉變的轉錄組分析［J］. 果樹學報，40（3）：457-470. ［Zhou C P，Yang M，Guo J J，Kuang R B，Li Q M，Yang H，Huang B X，Wei Y R. 2022. Transcriptome analysis of floral sex reversal induced by high temperature in hermaphroditic papaya （Carica papaya L.） ［J］. Journal of Fruit Science，40（3）：457-470.］ doi：10.13925/j.cnki.gsxb.20220440.

Ahmad I，Kamran M，Ali S，Bilegjargal B，Cai T，Ahmad S，Meng X P，Su W N，Liu T N，Han Q F. 2018. Unicona-zole application strategies to improve lignin biosynthesis，lodging resistance and production of maize in semiarid regions［J］. Field Crops Research，222：66-77. doi：10. 1016/j.fcr.2018.03.015.

Amaresan N，Kumar K，Naik J H，Bapatla K G，Mishra R K. 2018. Chapter 8-streptomyces in plant growth promotion：Mechanisms and role［M］//Singh B P，Gupta V K，Passari A K. New and Future Developments in Microbial Biotechnology and Bioengineering. Amsterdam：Elsevier.

Chen C，Li C L，Wang Y，Renaud J，Tian G，Kambhampati S，Saatian B，Nguyen V，Hannoufa A，Marsolais F，Yuan Z C，Yu K F，Austin R S，Liu J，Kohalmi S E，Wu K Q，Huang S Z，Cui Y H. 2017. Cytosolic acetyl-CoA promotes histone acetylation predominantly at H3K27 in Arabidopsis［J］. Nature Plants，3（10）：814-824. doi：10. 1038/s41477-017-0023-7.

Chen J Y，Kalinowska K，Müller B，Mergner J，Deutzmann R，Schwechheimer C，Hammes U Z，Dresselhaus T. 2018. DiSUMO-LIKE interacts with RNA-binding proteins and affects cell-cycle progression during maize embryogenesis［J］. Current Biology，28（10）：1548-1560. doi：10.1016/j.cub.2018.03.066.

Devi R，Kaur T，Kour D，Yadav A N. 2022. Microbial consortium of mineral solubilizing and nitrogen fixing bacteria for plant growth promotion of amaranth （Amaranthus hypochondrius L.）［J］. Biocatalysis and Agricultural Biotechnology，43：102404. doi：10.1016/j.bcab.2022.102404.

Doraira D，Ismail M R. 2017. Distribution of silicified microstructures，regulation of cinnamyl alcohol dehydrogenase and lodging resistance in silicon and paclobutrazol media-ted Oryza sativa［J］. Frontiers in Physiology，8：491. doi：10.3389/fphys.2017.00491.

Ferraz Dos Santos L，Santana Silva R J，Falc?o L L，Alves R M，Marcellino L H，Micheli F. 2022. Cupuassu （Theobroma grandiflorum［Willd. ex Sprengel］ Schumann） fruit development：Key genes involved in primary metabolism and stress response［J］. Agronomy，12（4）：763. doi：10. 3390/agronomy12040763.

Htwe A Z，Moh S M，Soe K M，Moe K，Yamakawa T. 2019. Effects of biofertilizer produced from Bradyrhizobium and Streptomyces griseoflavus on plant growth，nodulation，nitrogen fixation，nutrient uptake，and seed yield of mung bean，cowpea，and soybean［J］. Agronomy，9（2）：77. doi：10.3390/agronomy9020077.

Jozwiak A，Sonawane P D，Panda S，Garagounis C，Papadopoulou K K，Abobie B，Massalha H，Almekias-Siegl E，Scherf T，Aharoni A. 2020. Plant terpenoid metabolism co-opts a component of the cell wall biosynthesis machinery［J］. Nature Chemical Biology，16（7）：740-748. doi：10.1038/s41589-020-0541-x.

Kamran M，Ahmad I，Wang H Q，Wu X R，Xu J，Liu T N，Ding R X，Han Q F. 2018. Mepiquat chloride application increases lodging resistance of maize by enhancing stem physical strength and lignin biosynthesis［J］. Field Crops Research，224：148-159. doi：10.1016/j.fcr.2018.05.011.

Knoblauch M，Froelich D R，Pickard W F，Peters W S. 2014. SEORious business：Structural proteins in sieve tubes and their involvement in sieve element occlusion［J］. Journal of Experimental Botany，65（7）：1879-1893. doi：10.1093/jxb/eru071.

Lata R，Chowdhury S，Gond S K，White Jr J F. 2018. Induction of abiotic stress tolerance in plants by endophytic microbes［J］. Letters in Applied Microbiology，66（4）：268-276. doi：10.1111/lam.12855.

Li A Y，Wang Y P，Wang Y J，Dong H L，Wu Q X，Mehmood K，Chang Z Y，Li Y，Chang Y F，Shi L J，Tang Z X，Zhang H. 2021. Microbiome analysis reveals soil microbial community alteration with the effect of animal excretion contamination and altitude in Tibetan Plateau of China［J］. International Soil and Water Conservation Research，9（4）：639-648. doi：10.1016/j.iswcr.2021.04.011.

Li F C，Xie G S，Huang J F，Zhang R，Li Y，Zhang M M，Wang Y T，Li A，Li X K，Xia T，Qu C C，Hu F，Ragauskas A J，Peng L C. 2017. OsCESA9 conserved‐site mutation leads to largely enhanced plant lodging resistance and biomass enzymatic saccharification by reducing cellulose DP and crystallinity in rice［J］. Plant Biotechnology Journal，15（9）：1093-1104. doi：10.1111/pbi.12700.

Liu H W，Li J Y，Carvalhais L C，Percy C D，Prakash V J，Schenk P M，Singh B K. 2021. Evidence for the plant recruitment of beneficial microbes to suppress soil-borne pathogens［J］. New Phytologist，229（5）：2873-2885. doi：10.1111/nph.17057.

Louca S，Parfrey L W，Doebeli M. 2016. Decoupling function and taxonomy in the global ocean microbiome［J］. Scien-ce，353（6305）：1272-1277. doi：https：//doi.org/10.1126/science.aaf4507.

Meng B X，Wang T，Luo Y，Xu D Z，Li L Z，Diao Y，Gao Z Y，Hu Z L，Zheng X F. 2021. Genome-wide association study identified novel candidate loci/genes affecting lod-ging resistance in rice［J］. Genes，12（5）：718. doi：10.3390/genes12050718.

Patel P，Shah R，Joshi B，Ramar K，Natarajan A. 2019. Mole-cular identification and biocontrol activity of sugarcane rhizosphere bacteria against red rot pathogen Colletotrichum falcatum［J］. Biotechnology Reports，21：e00317. doi：10.1016/j.btre.2019.e00317.

Rana K L，Kour D，Kaur T，Sheikh I，Yadav A N，Kumar V，Suman A，Dhaliwal H S. 2020. Endophytic microbes from diverse wheat genotypes and their potential biotechnological applications in plant growth promotion and nutrient uptake［J］. Proceedings of the National Academy of Sciences，India Section B：Biological Sciences，90（5）：969-979. doi：10.1007/s40011-020-01168-0.

Rüping B，Ernst A M，Jekat S B，Nordzieke S，Reineke A R，Müller B，Bornberg-Bauer E，Prüfer D，Noll G A. 2010. Molecular and phylogenetic characterization of the sieve element occlusion gene family in Fabaceae and non-Fabaceaeplants［J］. BMC Plant Biology，10：219. doi：10.1186/1471-2229-10-219.

Suárez-Moreno Z R，Vinchira-Villarraga D M，Vergara-Morales D I，Castellanos L，Ramos F A，Guarnaccia C，Degrassi G，Venturi V，Moreno-Sarmiento N. 2019. Plant-growth promotion and biocontrol properties of three Streptomyces spp. isolates to control bacterial rice pathogens［J］. Frontiers in Microbiology，10：290. doi：10.3389/fmicb.2019.00290.

Walker G P. 2022. Sieve element occlusion：Interactions with phloem sap-feeding insects. A review［J］. Journal of Plant Physiology，269：153582. doi：10.1016/j.jplph.2021.153582.

Wang R C，Shu P，Zhang C，Zhang J L，Chen Y，Zhang Y X，Du K，Xie Y，Li M Z，Ma T，Zhang Y，Li Z G，Grierson D，Pirrello J，Chen K，Bouzayen M，Zhang B，Liu M C. 2022. Integrative analyses of metabolome and genome-wide transcriptome reveal the regulatory network gover-ning flavor formation in kiwifruit（Actinidia chinensis）［J］. New Phytologist，233（1）：373-389. doi：10.1111/nph.17618.

Yang F，Zhou Y，Liu W M，Tang W Z，Meng J，Chen W F，Li X Z. 2019. Strain-specific effects of biochar and its water-soluble compounds on bacterial growth［J］. Applied Scie-nces，9（16）：3209. doi：10.3390/app9163209.

Zaidi S S，Naqvi R Z，Asif M，Strickler S，Shakir S，Shafiq M，Khan A M，Amin I，Mishra B，Mukhtar M S，Scheffler B E，Scheffler J A，Mueller L A，Mansoor S. 2020. Molecular insight into cotton leaf curl geminivirus disease resistance in cultivated cotton（Gossypium hirsutum）［J］. Plant Biotechnology Journal，18（3）：691-706. doi：10.1111/pbi.13236.

Zhang B ，Horvath S. 2005. A general framework for weighted gene co-expression network analysis［J］. Statistical Applications in Genetics and Molecular Biology，4（1）：Article17. doi：10.2202/1544-6115.1128

Zhang Y L，Liu P，Zhang X X，Zheng Q，Chen M，Ge F，Li Z L，Sun W T，Guan Z R，Liang T H，Zheng Y，Tan X L，Zou C Y，Peng H W，Pan G T，Shen Y. 2018. Multi-locus genome-wide association study reveals the genetic architecture of stalk lodging resistance-related traits in maize［J］. Frontiers in Plant Ence，9：611. doi：10.3389/fpls. 2018.00611.

Zhao Z C，Duan S，Hao J M，Cui C G，Yang Y，Condon A G，Chen F，Hu Y G，Chen L. 2021. The dwarf gene Rht15 improved lodging resistance but differentially affected agronomic and quality traits in durum wheat［J］. Field Crops Research，263：108058. doi：10.1016/j.fcr.2021. 108058.

Zhong R Q，Cui D T，Richardson E A，Phillips D R，Azadi P，Lu G，Ye Z H. 2020. Cytosolic Acetyl-CoA generated by ATP-citrate lyase is essential for acetylation of cell wall polysaccharides［J］. Plant and Cell Physiology，61（1）：64-75. doi：10.1093/pcp/pcz178.

Zhu S Y，Wang Y Z，Xu X M，Liu T M，Wu D Q，Zheng X，Tang S W，Dai Q Z. 2018. Potential use of high-throughput sequencing of soil microbial communities for estima-ting the adverse effects of continuous cropping on ramie （Boehmeria nivea L. Gaud）［J］. PLoS One，13（5）：e197095. doi：10.1371/journal.pone.0197095.

（責任編輯 陳 燕）