梁萍 胡溢洪 楊雨旋 何旻蕙 韓語誠 鄒先瓊



收稿日期:2023-07-10;修回日期:2023-09-07。
基金項目:國家自然科學基金項目(81760490);廣西自然科學基金項目(2020GXNSFDA238026)。
作者簡介:梁萍,實習生,主要從事腫瘤免疫研究。
* 通信作者:鄒先瓊,教授,主要從事分子免疫方面的研究。E-mail: zouxq019@glmc.edu.cn。
摘 要:含PX結構域的絲氨酸/蘇氨酸激酶基因(PXK)是一種多組織廣譜表達的基因,在免疫相關疾病中發揮了重要作用。本研究的目的是通過多個數據庫中的多個生物信息學方法分析PXK與急性髓細胞樣白血病(AML)發生發展的相關性。利用UALCAN 數據庫在線分析 PXK 在 AML 不同亞型中的表達情況;利用LinkedOmics網站分析PXK表達水平與AML臨床病理特征的相關性;利用Kaplan-Meier Plotter數據庫分析PXK在AML中mRNA的表達情況,并評估PXK在AML中對生存率的影響;利用String和GEPIA數據庫分析PXK互作蛋白網絡及表達相關性;利用quanTIseq算法分析PXK基因與腫瘤浸潤免疫細胞相關性;利用“xCell”R包分析PXK基因表達水平與多個免疫檢查點表達相關性;利用Metascape數據庫對PXK及其共表達基因進行功能富集分析,并預測其生物學功能。結果顯示,PXK在多種癌癥腫瘤組織中較正常組織高表達,在AML中的表達水平顯著上調,并對AML患者的各臨床病理特征、生存率及預后產生影響,但高表達PXK的AML患者預后較好。PXK在AML組織中高表達,并與AML的發生發展密切相關,可能是AML診斷、治療效果及預后評估的重要指標之一。
關鍵詞:急性髓細胞樣白血病;PXK;表達;預后
中圖分類號:Q811.4? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?文獻標志碼:ADOI:10.3969/j.issn.1007-7146.2023.05.008
The Expression and Clinical Significance of PXK in Acute Myeloid Leukemia
LIANG Ping1, 2a, HU Yihong1, 2b, YANG Yuxuan1, 2a, HE Minhui1, 2b, HAN Yucheng1, 2b, ZOU Xianqiong1, 2b*
(1. Stomatological Hospital Affiliated to Guilin Medical University, Guilin 541004, China; 2. Guilin Medical University? a. College of Intelligent Medicine and Biotechnology; b. School of Basic Medicine, Guilin 541199, China)
Abstract: PX domain containing serine/threonine kinase (PXK) is a multitissue, broad-spectrum expressed gene that plays an important role in immune-related diseases. The objective of this study was to analyze the relationship between PXK and the development of acute myelocytic leukemia (AML) by using bioinformatics methods in multiple databases. The UALCAN database was utilized to conduct an online analysis of PXK expression in various subtypes of AML. LinkedOmics was utilized to analyze the correlation between the expression level of PXK and the clinicopathologic features of AML. The Kaplan-Meier Plotter database was used to analyze the mRNA expression of PXK in AML and to evaluate the effect of PXK on survival in AML. PXK interacting protein network and expression correlation were analyzed by String and GEPIA databases. The correlation between PXK gene and tumor infiltrating immune cells was analyzed by quanTIseq algorithm, and “xCell” R package was used to analyze the correlation between PXK gene expression and multiple immune checkpoints. PXK and its co-expressed genes were functionally enriched in the Metascape database to anticipate their biological roles. The findings revealed that PXK was highly expressed in various cancer tumor tissues when compared to normal tissues, and the expression level of PXK in AML was significantly up-regulated, which had an effect on the clinicopathological features, survival rate, and prognosis of AML patients, whereas the prognosis of AML patients with high PXK expression was better. PXK is highly expressed in AML tissues and is closely related to the initiation and progression of AML, which may be one of the important indicators for the diagnosis, treatment and prognosis evaluation of AML.
Key words: acute myeloid leukemia; PXK; expression; prognosis
(Acta Laser Biology Sinica, 2023, 32(5): 450-459)
急性髓細胞樣白血病(acute myelocytic leukemia,AML)是一種特征為骨髓譜系異常分化的母細胞的克隆擴張的骨髓惡性疾病[1]。未成熟髓細胞增殖的后果包括未成熟祖細胞(母細胞)的積累、正常造血功能的受損,從而導致嚴重感染、貧血和出血[2]。每年的AML患者新增數量可達20 050例,易復發導致高死亡率[3],其兇險程度可見一斑。成人急性白血病最常見的形式是AML[4],其生存期最短,5年生存率為24%,其病因是異質性的,其中部分患者與之前接受治療、從事職業或暴露于環境中的DNA損傷藥物有關,但大多數AML病例的病因仍不明確[1]。目前,大多數腫瘤都采用手術和放化療的方法。AML的標準誘導治療方案是“3+7”,即蒽環類藥物結合阿糖胞苷,對于挽救性治療,可以選擇靶向治療聯合強化療方案[5]。然而,放化療極易損傷患者周圍健康的組織,并且影響患者的身心健康。
含PX結構域的絲氨酸/蘇氨酸激酶(PX domain containing serine/threonine kinase,PXK)是斯洛布家族(slob family)中一類相對分子質量較大的蛋白,分子質量約為93 248 Da,在人類中其編碼基因定位于3p14.3,在多種組織中表達,包括大腦、心臟、骨骼肌和外周血淋巴細胞[6]。PXK編碼包含N端PX結構區的578個氨基酸殘基,中心為蛋白激酶樣結構域和C端WH2結構域[7]。PXK參與配體誘導的表皮生長因子(epidermal growth factor receptor,EGFR)的內化和降解[8]。PXK也可以結合和調節大腦Na、K-ATP酶亞基ATP1B1和ATP1B3,參與調節電興奮性和突觸傳輸[9]。PXK與多種自身免疫性疾病有相關性,是重要的免疫疾病標志物。本研究的目的在于通過探究PXK對急性髓系白血病的發生發展作用,為AML的治療提供新的思路和方法。
1 材料與方法
1.1 PXK在AML及在其臨床亞型中的表達分析
使用Kaplan-Meier Plotter數據庫分析比較PXK基因在正常外周血樣本和AML患者外周血樣本中 mRNA 的表達量[10]。通過 UALCAN 數據庫(http://ualcan.path.uab.edu)獲得急性髓系白血病 TCGA 數據,AML 總例數為171例,其中 M0(n=16)、M1(n=42)、M2(n=39)、M3(n=16)、M4(n=35)、M5(n=18)、M6(n=2)、M7(n=3)。通過 UALCAN 數據庫在線分析 PXK 在 AML 不同亞型中的表達情況。
1.2 PXK的表達與臨床病理特征之間的關系分析
利用LinkedOmics網站分析PXK的表達水平與AML各臨床病理特征之間的關系[11]。
1.3 PXK在AML中相關性基因分析
利用UALCAN數據庫對PXK的相關性基因進行分析,選取與PXK正相關的前50個基因。采用String數據庫(https://cn.string-db.org/)分析PXK信號轉導通路,構建與其相互作用的蛋白網絡,得到PXK的緊密相關基因。運用 GEPIA數據庫進行相關性分析驗證[12]。
1.4 PXK在AML中免疫細胞浸潤水平分析
應用quanTIseq算法分析PXK在AML中的免疫細胞浸潤情況[13]。基于反卷積算法的quanTIseq可以利用bulk samples的RNA_seq數據預測腫瘤樣本中不同種類免疫細胞的組成,支持包括B細胞、NK細胞、巨噬細胞、T細胞等11種類型的免疫細胞浸潤水平分析[14]。鑒于PXK表達與免疫浸潤的關聯,我們接下來通過xCell R包分析研究PXK表達與免疫檢查點基因表達之間的相關性。
1.5 PXK的表達量與AML患者預后相關性分析
運用Kaplan-Meier Plotter數據庫分析PXK的表達水平與AML患者的預后關系[15]。通過Kaplan-Meier Plotter可以檢索所感興趣的基因分析患者生存數據,進而了解患者的生存分析圖形和預后信息[16]。
1.6 PXK及其共表達基因的基因本體(GO)富集分析和京都基因與基因組百科全書(KEGG)通路富集分析
Metascape是一款涵蓋多種物種的基因組數據和生物信息學數據的基因功能注釋分析工具,可以快速進行大規模的生物信息學分析[17]。篩選得出PXK的主要相關基因之后,采用Metascape數據庫對靶基因PXK進行基因本體(gene ontology,GO)富集分析,注釋靶基因的生物學過程(biological process,BP)、細胞組分(cellular component,CC)和分子功能(molecular function,MF),確定其參與的主要代謝通路并進行京都基因與基因組百科全書(Kyoto encyclopedia of genes and genome,KEGG)通路富集分析[18]。
1.7 統計學方法
AML與正常外周血樣本中PXK基因表達,以及在AML各亞型(M0~M7)中的表達差異采用t檢驗。PXK與主要相互作用基因的相關性和PXK基因表達與患者預后關系采用Kaplan-Meier模型進行分析。PXK表達水平與免疫細胞浸潤水平的相關性采用Spearman 秩相關檢驗。所用數據采用在線統計學分析,*P<0.05,**P<0.01,***P<0.001,P<0.05被認為差異具有統計學意義。
2 結果與分析
2.1 PXK在AML及在其臨床亞型中的表達分析
Kaplan-Meier Plotter數據庫分析結果表明,與正常外周血樣本相比,PXK基因在AML樣本中明顯高表達,且差異具有統計學意義(P<0.05)(圖1)。
利用UALCAN數據庫分析PXK在AML不同臨床亞型中表達情況,PXK在M3和 M2中高表達,在M6和M7中表達最低。其中,M0-vs-M2(P=4.661×10-2),M0-vs-M3(P=0.008×10-2),M0-vs-M4(P=4.209×10-2),M1-vs-M3(P=0.058×10-2),M2-vs-M3(P=0.036×10-2),M3-vs-M4(P=0.051×10-2),M3-vs-M5(P=0.011×10-2),M3-vs-M7(P=2.821×10-2),表達差異具有統計學意義 (圖 2)。
2.2 PXK的表達與臨床病理特征之間的關系分析
PXK表達與AML的臨床病理分級、臨床M分期、年齡、人種等相關。PXK在不同的病理分級中表現顯著,stage IV期顯著高于stage Ⅱ期、stage Ⅲ期(圖3a)。在臨床M分期中,M1分期的PXK表達較其他分期組顯著提高(圖3b)。PXK的表達隨著患者的年齡增大而增高(圖3c)。在臨床T分期中,T2分期的PXK表達顯著高于其他分期組(圖3d)。在全球三大人種中,PXK在亞洲人種的表達顯著高于其他人種(圖3e)。未進行放療的患者中PXK的表達量低于放療患者的表達量(圖3f)。PXK表達與AML的種族(P=2.046)、年齡(P=-5.285×10-2)、放療(P=1.327×10-1)、S分期(P=2.427)、M分期(P=1.614×10-1)、T分期(P=4.755×10-1)相關,差異具有統計學意義(P<0.05)。
2.3 PXK與AML中相互作用蛋白的關系
采用String數據庫分析獲得與PXK互作的蛋白網絡,蛋白質互作作用(protein protein interaction,PPI)富集P=2.81×10-5,差異具有統計學意義(圖4)。在PPI網絡中分析得出與PXK主要相互作用的有酪氨酸蛋白激酶BLK (BLK proto-oncogene, Src family tyrosine kinase,BLK)、核糖核酸酶P蛋白亞基p14 (ribonuclease P/MRP subunit p14,RPP14)、酪氨酸蛋白磷酸酶非受體22型 (protein tyrosine phosphatase non-receptor type 22,PTPN22)、含PHD和RING 指形結構域的蛋白質1 (PHD and ring finger domains 1,PHRF1)和UDP-N乙酰葡糖胺:betaGalβ-1,3-N-乙酰葡糖胺基轉移酶2 (UDP-GlcNAc:betaGal beta-1,3-N-acetylglucosaminyltransferase 2,B3GNT2)。同時利用GEPIA數據庫對PXK與BLK、RPP14、PTPN22、PHRF1和B3GNT2分別進行相關性分析,結果顯示,PXK與BLK、PTPN22、RPP14之間有顯著的相關性,PXK vs BLK(P=0.045),PXK vs PTPN22(P=1.8×10-5),PXK vs RPP14(P=0.02)(圖5)。
2.4 PXK基因與免疫細胞浸潤水平的關系
quanTIseq分析結果顯示,PXK基因表達水平與多種免疫細胞類型,包括B細胞、CD8+T細胞、CD4+T細胞和巨噬細胞,存在顯著的相關性(P<0.05)。另外,我們發現,在急性髓系白血病中,PXK基因表達水平與CD8+T細胞的浸潤程度呈現顯著的正相關性(P<0.001),有統計學意義(圖6)。
在xCell R包分析中,我們選擇了38個常見的免疫檢查點基因, 橫坐標代表不同腫瘤組織,縱坐標代表不同的免疫浸潤評分,不同顏色代表相關系數,負值代表負相關,正值代表正相關,相關性越強顏色越深。有趣的是,我們發現在 AML中,PXK的表達與15個免疫檢查點標志物顯著相關,如CD8+T細胞、CD4+T細胞、B細胞等。這些結果表明,PXK可能在AML的免疫浸潤和免疫逃逸中起著至關重要的作用。
2.5 PXK的表達與AML患者預后的關系
運用Kaplan-Meier Plotter數據庫對734個樣本進行總生存期(overall survival,OS)預后分析,對353個樣本進行無病生存期(event free survival,EFS)預后分析,得出PXK低表達組無病生存時間及總體生存時間更短,預后更差,P<0.05具有統計學意義(圖7)。
2.6 PXK共表達基因的GO注釋分析和KEGG通路富集分析
為闡明PXK的作用機制,通過Metascape數據庫對PXK共表達基因進行了GO及KEGG富集分析。結果表明,PXK共表達基因顯著參與對雌二醇的反應、動作電位、糖穩態、行為白細胞遷移、蛋白同源寡聚化、囊泡介導的轉運調節、細胞-細胞連接組裝、內分泌系統發育、激素介導的信號通路、蛋白質成熟、髓系細胞分化的調節、對傷害反應的正向調節、對無機物的反應以及固有免疫反應等(圖8)。此外,PXK共表達基因也在在響應細胞周期調控、DNA損傷修復和細胞凋亡過程中顯著富集(圖8)。
3 討論
有關數據表明,成年人最常見的急性白血病類型是急性髓系白血病,發病率高達75%~80%。成年AML患者(18~60歲)5年后的總體生存率約為 40%,老年AML患者(>60歲)的總體生存率僅為10%左右[19]。急性髓系白血病是目前全球發病率和死亡率較高的惡性腫瘤之一,其復雜的分子機制和不同亞型異質性大導致傳統的放療以及誘導方案無法給患者帶來最優治療效果。因此,通過尋找 AML發生發展的關鍵分子或靶點,深入探討PXK的發病機制,對于早期干預AML的發生發展以及判斷預后,從而降低急性髓系白血病患者的發病率和死亡率具有重要意義。
PXK是斯洛布家族中重要的一員,介導與肌動蛋白相互作用、調節質膜Na+-K-ATP酶參與調節電興奮性和突觸傳遞過程、參與EGFR的內化和降解以及信號轉導等重要生物學過程[20]。隨著對PXK的深入研究,越來越多的研究表明,其與免疫疾病的發生發展有著密不可分的聯系。PXK在惡性腫瘤中表現出一定的作用,例如,王信等[21]研究發現,PXK mRNA在系統性紅斑狼瘡(systemic lupus erythematosus,SLE)患者外周血白細胞中表達上調,與患者的抗SmD1抗體的產生及 C3、C4的下降有一定相關性。對系統性硬化癥(systemicscleroderma,SSc)的研究發現,PXK蛋白激酶區域與另一個鋅指基因1(JAZF1)并列編碼一種核蛋白,并作為轉錄抑制因子發揮作用,與體內的膠原沉積和骨形態發生有關,從而影響皮膚疾病(如SSc和SLE)的關鍵過程[22]。在不明原因復發性妊娠丟失(unexplained recurrent pregnancy loss,URPL)研究中發現,子宮內膜異位癥患者卵巢的卵母細胞轉錄組與健康供體的卵母細胞核的轉錄組進行比較時,PXK表達水平顯著下調[23]。PXK與SLE的自身抗體產生相關[24],而抗磷脂抗體與URPL患者高發病率有關,因此推測,PXK可能通過自身免疫影響不孕,卵巢早衰等與URPL相關聯。此外,PXK基因在腎嫌色細胞癌、彌漫性大B細胞淋巴瘤、皮膚黑素瘤、肝細胞肝癌、胃癌的表達水平均高于鄰近癌旁組織,PXK與AML預后分析和腫瘤突變負荷有顯著相關性[25]。惡性細胞生長的特征是由突變或異常的外部信號傳導引起的正常細胞內信號傳導的破壞。磷酸肌醇3-激酶(PI3K)/蛋白激酶B (AKT)/哺乳動物雷帕霉素(mTOR)途徑的靶標(PI3K/AKT/mTOR途徑)在AML中異常上調,是造血細胞的核心,并調節增殖、分化和存活等關鍵功能[26]。使用特異性抑制劑靶向 PI3K/AKT/mTOR 通路可抑制白血病細胞生長[27]。抑制PI3K/AKT/NF-κB通路的活化可以抑制AML細胞的惡性生物學行為,進而誘導細胞程序性死亡[28]。然而,關于PXK在AML中的作用較少有報道。本研究通過綜合多個在線數據庫和在線工具的生物信息學方法,對PXK在AML中的表達情況及其發生發展進行了分析,為AML在臨床上的診斷及治療提供了新的思路。
本研究結果表明,PXK在多種惡性腫瘤中表達異常,在AML腫瘤組織中高表達,并與臨床病理分期呈負相關關系,有利于PXK患者生存。PXK 在 AML M3 和 M2亞型中高表達,在 M6 和 M7 中低表達,說明PXK高水平表達或具有緩解AML惡化程度的功能。進一步分析發現,PXK表達與急性髓系細胞樣白血病的臨床病理分級、臨床M分期、年齡、人種顯著相關。除了闡明PXK在AML中的臨床意義,本研究還進一步分析了與PXK相關的基因和蛋白質的相互作用,同時驗證在急性髓系細胞樣白血病中PXK主要相關基因,結果表明,PXK基因與BLK、PTPN22和RPP14具有顯著相關性。Uniport數據庫顯示,BLK是參與B淋巴細胞發育、分化和信號傳導的一種非受體酪氨酸激酶。研究表明,BLK基因參與PI3K/AKT/NF-κB信號通路的激活及細胞周期信號的增強[29],且BLK多態性與系統性硬化癥[30]、類風濕關節炎易感性有顯著相關性[31]。PTPN22作為 T 細胞受體信號傳導的負調節因子,可以正向調節Toll樣受體誘導的1型干擾素產生,并促進由1型干擾素介導的宿主抗病毒反應。PTPN22通過T細胞中的14-3-3τ激活PI3K通路[32]。PTPN22基因被抑制后,通過AKT和細胞外信號調節激酶(ERK)信號通路,可引起T細胞白血病細胞系(Jurkat)凋亡的發生[33]。PTPN22基因的變異與系統性紅斑狼瘡[34]和類風濕性關節炎易感性有關[35]。RPP14是核糖核酸酶P的成分,核糖核酸酶復合物通過切割其5'末端產生成熟的tRNA。BLK和PTPN22基因在PI3K/AKT/NF-κB信號通路的激活過程中起著重要作用,而PXK的多態性與系統性紅斑狼瘡、系統性硬化癥相關,與BLK、PTPN22、RPP14基因顯著相關,提示PXK可能通過PI3K/AKT/NF-κB信號通路介導AML細胞增殖、侵襲和轉移,從而影響AML的發生發展。PXK作為一種免疫相關性細胞因子,與CD4+T細胞、CD8+T細胞、B細胞、巨噬細胞的表達呈正相關,與CD8+T細胞、CD4+T細胞、B細胞等15個免疫檢查點標志物相關(P<0.005),表明PXK可調控免疫細胞的活性,在AML的免疫浸潤和免疫逃逸中或起著至關重要的作用。在OS和EFS預后分析中發現,高表達 PXK 組的 AML 患者較低表達組患者預后差,說明PXK具有作為預測 AML 患者預后的新的生物標志物的潛力。PXK及其相關基因主要富集在對雌二醇的反應、動作電位、糖穩態、行為白細胞遷移、蛋白同源寡聚化,這些基因在響應細胞周期調控、DNA損傷修復和細胞凋亡過程中顯著富集。這提示這些基因可能與細胞周期調控相關的蛋白質及細胞黏附和遷移相關的蛋白質相互作用,從而介導AML細胞增殖、侵襲和轉移等過程。
綜上所述,本研究揭示了PXK的低水平表達與AML的惡性程度以及患者的不良預后顯著相關,推測 PXK對于AML的發生發展具有抑制作用,對于預測腫瘤的療效以及預后具有重要意義。PXK可能是一個潛在的腫瘤預后生物標志物。此外,PXK可能通過PI3K/AKT/NF-κB信號通路抑制AML的發生發展。本研究為探討PXK在AML中的具體作用機制提供了新的方向,為PXK作為AML預防或治療藥物應用于臨床治療提供了一定的理論基礎。然而,本研究中采用的生物信息學方法顯示的是基于不同的數據庫分析得到的結果,由于不同數據庫收集的樣本量不同,分析結果也不盡相同。PXK在腫瘤中的作用機制尚不清楚,仍需要進一步深入研究。
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