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玉露香梨花青苷調控基因PbrMYB19的克隆及功能分析

2024-06-03 00:00:00高歌劉慧芳賈伊娜馮新新宋宇琴李六林
山西農業科學 2024年2期
關鍵詞:分析

摘 要:花青苷含量決定了果實色澤,是衡量果實商品價值的重要指標之一,其生物合成受到 MYB 轉錄因子的 調控,然而關于 MYB 負調控梨果實花青苷合成的機制尚未完全明確。基于前期轉錄組學數據的差異表達基因 中篩選到 1 個 MYB 基因家族成員 PbrMYB19,暗示其可能參與調控果實花青苷生物合成。為明確其結構和功 能,為進一步解析 PbrMYB19 對果實花青苷的調控機制奠定基礎,試驗以玉露香梨果皮 cDNA 為模板,克隆 PbrMYB19 全長,利用生物信息學軟件對該基因的結構、親緣關系、保守結構域及順式作用元件進行預測,采用 qRT-PCR 對不同顏色果皮中 PbrMYB19 基因表達水平進行分析,并通過果實瞬時表達系統驗證其功能。結果 表明,PbrMYB19 基因開放閱讀框為 714 bp,編碼 237 個氨基酸,分子質量為 26.85 ku,預測亞細胞定位于細胞核。 系統發育樹分析結果表明,PbrMYB19 與已報道花青苷轉錄抑制子 FaMYB1 和 PbrMYB120 在同一個進化分支 上,且其蛋白 C 端存在 EAR 類似抑制序列。PbrMYB19 基因啟動子序列包含光調控元件、植物激素響應元件。 通過 qRT-PCR 分析發現,紅色和黃色果皮中 PbrMYB19 基因的表達水平顯著高于綠色果皮。構建過表達載體 和瞬時轉化果實結果表明,PbrMYB19 過表達顯著抑制果皮花青苷積累。

關 鍵 詞 :梨;PbrMYB19 基因;克隆;系統發育樹;功能驗證

中 圖 分 類 號 :S661.2 文 獻 標 識 碼 :A 文 章 編 號 :1002?2481(2024)02?0036?08

花青苷是一類重要的次生代謝產物,其含量決 定多種水果顏色,是果實外觀品質的重要指標之一[1-2] 。研究證明,花青苷具有較強的抗氧化活性, 在生物和非生物脅迫中發揮著重要作用[3] 。此外, 花青苷能清除自由基、抗腫瘤,有益于人體健康[4] 。 果實花青苷的積累過程受激素、低溫、高溫、強光、 UV-B 輻射等因素的影響[5] 。目前,果實花青苷分 子調控機制解析已成為植物次生代謝研究熱點。

花青苷的生物合成途徑在高等植物中高度保 守[6-8] 。研究發現,苯丙氨酸氨解酶(PAL)、4-香豆 基-輔酶 A 連接酶(4CL)、查爾酮合成酶(CHS)、查 爾酮異構酶(CHI)、類黃酮-3'-羥基酶(F3'H)、類黃 酮 -3',5'- 羥 基 酶(F3'5'H)、黃 烷 酮 3- 羥 基 酶 (F3H)、二氫黃酮醇 4-還原酶(DFR)、花青素合成 酶(ANS)和 UDP-葡萄糖-類黃酮類 3-O-葡萄糖 基轉移酶(UFGT)等參與花青苷的生物合成[9-10] , 而這些結構基因的表達受轉錄因子在轉錄水平上 的調控,尤以 R2R3-MYB、堿性-螺旋-環-螺旋和 WD40 蛋白組成的轉錄激活復合體(稱為 MBW 復 合體)研究最多[11] 。其中,MYB 對花青苷的合成起 到關鍵的調控作用[12] 。根據 MYB 所含的 R 基序不 同,可以分為 4 類:R1-MYB、R3-MYB、R4-MYB 和 R2R3-MYB,其 中 隸 屬 于 第 6 亞 族 SG6 的 R2R3-MYB 類參與激活花青苷的生物合成途徑, 例如蘋果 MdMYB10、MdMYB1 和 MdMYB110a, 草 莓 FaMYB10,楊 梅 MrMYB1,梨 PyMYB10、 PyMYB114[13-16] 參與 MBW 復合體的形成,進而上 調花青苷結構基因的表達水平[17-19] 。此外,也存在 2 類對花青苷生物合成起負調控的 MYB 抑制子: 第 1 類 是 R3-MYB 抑 制 子 ,當 R3-MYB 結 合 bHLH 蛋白時,競爭性限制了 MBW 復合體的形成, 造 成 了 花 青 苷 結 構 基 因 的 轉 錄 活 性 的 被 動 抑 制[20-21] 。其已在番茄、越桔和沼澤越桔中鑒定出抑 制果實花青苷積累的 R3-MYB[22-23] 。第 2 類抑制子 屬于 SG4 的 R2R3-MYB,能夠直接抑制花青苷結 構基因的表達,主要因為它們具有乙烯響應元件結 合因子相關的兩親性抑制(EAR)基序[21] 。據報道, SG4 MYB 在包括蘋果、葡萄、桃子和草莓在內的許 多水果品種中抑制果實花青苷的產生[24-28] 。

前期針對梨果實色澤變化的轉錄組數據研究 發現,MYB 家族成員基因 PbrMYB19 在果實色澤 變化期間差異表達,但具體功能尚不清楚。本研究 以玉露香梨果皮 cDNA 為模板,克隆調控果實花青 苷的 MYB 轉錄因子基因 PbrMYB19(Pbr013413), 并對其結構、編碼蛋白的理化性質進行生物信息學 分析,同時構建過表達載體后在蘋果果實上進行瞬 時表達驗證觀察表型,以期為下一步解析和豐富梨 果實中 MYB 類轉錄因子對花青苷合成的調控模式 研究奠定基礎。

1 材料和方法

1.1 試驗材料

供試梨品種為玉露香梨(Pyrus bretschneideri Rehd. cv. Yuluxiang),于 2020 年 8 月開始在山西農 業大學園藝學院試驗站收集轉色期果實,立即運回 實驗室后用削皮刀削取果皮,液氮處理后儲存至 -80 ℃冰箱,用于 RNA 的提取。未著色的紅星蘋果 (Malus domestica L. cv. Delicious)購于山西太谷農 家果園。完成瞬時轉化和花青苷誘導后,仔細削取 菌液處理的果皮,用于花青苷含量測定。

1.2 玉露香梨 PbrMYB19 基因的克隆

用液氮將果皮研磨成粉末,運用改良 CTAB 法[29-30] 提 取 果 皮 的 總 RNA,按 照 cDNA 試 劑 盒 (TaKaRa)說明書將總 RNA 反轉為 cDNA 后備用。 通 過 白 梨 基 因 組 數 據 庫(http://peargenome. njau. edu. cn/)獲 得 PbrMYB19 基 因 CDS 序 列 ,用 Primer Premier 5.0 軟件設計引物(表 1),PCR 克隆 目的基因。PCR 反應體系:模板 cDNA 2 μL,上下游 引物(10 mol/L)各 1 μL,2×Taq Master Mix 10 μL, 加DEPC水至20 μL。PCR反應程序:94 ℃預熱6 min; 94 ℃ 變 性 30 s,55 ℃ 退 火 30 s,72 ℃ 延 伸 1 min, 30 個循環。之后,PCR 產物進行 1% 瓊脂糖凝膠電 泳 ,將 回 收 純 化 后 的 電 泳 產 物 與 入 門 克 隆 載 體 PNC-AEnTopo 連接,篩選陽性克隆后送至通用生 物(安徽)股份有限公司,利用 SnapGene 4.1.9 軟件 對測序得到的 PbrMYB19 編碼區序列進行比對。

1.3 PbrMYB19 基因的生物信息學分析

利用 DNAMAN 軟件對 PbrMYB19 基因進行 氨基酸翻譯和多重序列比對,利用在線分析工具ProtParam(http://web. expasy. org/protparam/)進 行 蛋 白 特 性 分 析 ,利 用 在 線 分 析 工 具 Protscale (https://web.expasy.org/protscale/)進行親疏水性 分析,利用在線分析工具 NetPhos 3.1(http://www. cbs.dtu.dk/services/NetPhos/)進行磷酸化位點預 測 ,利 用 在 線 分 析 工 具 SignalP(https://services. healthtech.dtu.dk/service.php?SignalP-5.0)進行信 號肽分析,利用 NCBI 網站 CCD 工具(https://ww. ncbi. nlm. nih. gov/Structure/cdd/wrpsb. cgi)進 行 蛋 白 保 守 結 構 域 分 析 ,利 用 在 線 分 析 工 具 SOPMA (https://npsa-prabi. ibcp. fr/cgi-bin/npsa_automat. pl?page=npsa_ sopma.html)進行蛋白二級結構預 測 ,利用在線分析工具 SWISS-MODEL(https:// swissmodel.expasy.org/interactive)進行蛋白三級結 構預測 ,利用在線分析工具 Plant-mPLoc(http:// www.csbio.sjtu.edu.cn/bioinf/plant-multi/)進行亞 細胞定位預測分析,利用 MEGA.07 進行系統進化 樹 構 建 ,利 用 在 線 分 析 工 具 PlantCARE(http:// bioinformatics. psb. ugent. be/webtools/plantcare/ html/)分析順式作用元件[31] 。

1.4 PbrMYB19 在蘋果果實中瞬時表達

利用 Nimble Cloning(NC)克隆方法[32] ,將連接 入門載體 PNC-AEnTopo 的 PbrMYB19 基因導入 PNC-Cam2304 過 表 達 載 體 ,重 組 載 體 命 名 為 PbrMYB19-OE。之后將過表達載體導入農桿菌 EHA105 并劃線培養,挑取單菌落加入 1 mL LB 液 體培養基(含抗生素)在 28 ℃、180 r/min 搖床中培 養,隨后將 1 mL 菌液倒入 50 mL 液體培養基中在 28 ℃、180 r/min 搖床中培養 12~16 h。離心收集菌 體 ,棄 去 培 養 基 ,利 用 重 懸 液 將 菌 體 重 懸 ,調 節 OD600至 0.3 左右,遮光室溫培養 3 h。用 5 mL 注射 器吸取重懸菌液,將針頭緩慢插入蘋果表皮注射重 懸菌液,后將蘋果放入光照培養箱中誘導 3~5 d。

1.5 基因的表達分析

分別在果實成熟前期、成熟后期和貯藏期收集 玉露香梨果皮,分別呈現綠色、紅色、黃色。利用試 劑盒 SYBR Premix Ex Taq Ⅱ kit(Vazyme)進行實 時熒光定量 PCR。利用 Primer Premier 5.0 軟件設 計特異性引物(表 1),對熒光值變化曲線和熔解曲 線進行分析后,通過 2-??Ct方法計算 PbrMYB19 在 不同處理時期的相對表達量。每個處理重復 3 次, 每個重復有 5~7 個果實。

1.6 花青苷含量測定

參考 UBI 等[33] 的方法,鹽酸-甲醇溶液(V∶V= 1∶99)浸提,使用分光光度計在 530、620、650 nm 處 測定吸光度值。

1.7 數據處理

采用 Microsoft Excel 2017 進行數據整理和圖 表制作,采用 SPSS 21.0 軟件進行統計分析,采用 AVONA 進行各處理間的顯著性檢驗(Plt;0.05)。

2 結果與分析

2.1 玉露香梨 PbrMYB19 基因的克隆與理化性質 分析

PbrMYB19 基 因 序 列 與 氨 基 酸 序 列 如 圖 1 所示。

以玉露香梨果皮 cDNA 為模板,PCR 擴增并進 行亞克隆測序,結果顯示(圖 1),PbrMYB19 基因完 整的開放閱讀框長度為 714 bp,共編碼 237 個氨基 酸,與梨基因組數據庫中序列對比一致。理化性質 分析表明,PbrMYB19 分子質量為 26.85 ku,分子式 為 C1156H1854N356O360S11,總原子數為 3 737 個,理論等 電點 pI 為 8.90;不穩定指數為 49.13,被歸類為不穩 定蛋白。PbrMYB19 編碼蛋白含有帶正電荷的氨 基酸殘基(Asp+Glu)28 個,含有帶負電荷的氨基 酸殘基(Arg+Lys)34 個。

2.2 PbrMYB19 蛋白的結構分析

通 過 Conserved Domain Search 對 PbrMYB19 基 因 編 碼 的 蛋 白 保 守 結 構 域 進 行 分 析 ,結 果 顯 示 ,其 屬 于 PLN03091 超 基 因 家 族(圖 2-A)。 對 PbrMYB19 基因編碼蛋白進行磷酸化位點預測,結 果表明(圖 2-B),PbrMYB19 基因含有 7 個 Thr 位 點,1 個 Tyr 位點,19 個 Ser 位點。信號肽分析結果 顯示,該蛋白不存在信號肽。親疏水性分析結果表 明,該基因編碼蛋白親水的氨基酸(負值)多余疏水 的氨基酸(正值),屬于親水蛋白,其中,第 80 位分 值最高,為 2.100,疏水性最強;第 125 位分值最低, 為-3.156,親水性最強(圖 2-C)。

對 PbrMYB19 基因編碼的蛋白進行二級結構 預 測 ,結 果 顯 示(圖 2-D),該 蛋 白 α -螺 旋 占 比 為 36.71%,延 伸 鏈 占 比 為 5.06%,β - 轉 角 占 比 為 5.91%,自 由 卷 曲 占 比 為 52.32%。 PbrMYB19 基 因編碼的蛋白含有多個 β/α/β 類 Rossmann 折疊區 域(圖 2-E)。此外,利用在線分析工具 Plant-mPLoc 進行亞細胞定位預測分析,結果表明,PbrMYB19 基因編碼的蛋白位于細胞核中。

系統進化樹分析表明(圖 3-A),梨 PbrMYB120 和草莓 FaMYB1 對花青苷的生物合成起負向調控的作用[18,26] ,而梨 PbrMYB19 也聚類于這一進化分 支,推測 PbrMYB19 具有相似的功能。PbrMYB19 的氨基酸序列與擬南芥 AtMYB4、草莓 FaMYB1、 馬鈴薯 PhMYB4、白梨 PbrMYB120 進行多重序列 比對,結果顯示(圖 3-B),PbrMYB19 的 C 端有與 FaMYB1、PbrMYB120 等相似的 EAR 抑制序列。

2.3 PbrMYB19 基因啟動子順式元件分析

對 PbrMYB19 基因起始密碼子前 2 000 bp 序 列順式元件預測分析,結果發現(表 2),PbrMYB19 基因啟動子除含有典型的 TATA-box 和 CAATbox 核 心 啟 動 子 元 件 外 ,還 含 有 4 個 光 響 應 元 件 GT1-motif、2 個脫落酸反應順式作用元件 ABRE、 1 個厭氧誘導所需元件 ARE、1 個分生組織表達調 控元件 CAT-box、1個赤霉素響應元件 P-box和 1個 MYB 結合位點 MYB-binding site。

2.4 PbrMYB19 基因的表達分析

PbrMYB19基因的相對表達量情況如圖4所示。

從圖 4 可以看出,PbrMYB19 基因在綠色、紅 色、黃色果皮中均有表達,但在綠色果皮中的表達 量明顯低于在紅色和黃色果皮中,在紅色和黃色果 皮中表達量無明顯差異。

2.5 PbrMYB19 基因功能驗證

為了進一步驗證 PbrMYB19 基因的功能,構建 了該基因的過表達載體,導入農桿菌 EHA105。之 后,將農桿菌用重懸液懸浮注射蘋果表皮,以含有 空載體的農桿菌作為對照,經過在光照培養箱內誘 導花青苷,結果發現,蘋果表皮注射 PbrMYB19 過 表達載體部位沒有紅色產生,而對照仍然變紅(圖 5-A)。其中,PbrMYB19 過表達處理后花青苷含 量 是 對 照 的 27.99%( 圖 5-B);與 之 相 反 , PbrMYB19 基因在過表達部位表達量明顯高于對 照(圖 5-C)。可見,過表達 PbrMYB19 對果實中花 青苷的生物合成起到抑制作用。

3 結論與討論

衡量玉露香梨果皮著色的一個重要的指標是 花青苷的含量多少,而 MYB 轉錄因子通過轉錄調 控酶的表達進而影響花青苷的合成。本研究從玉露 香梨果皮中克隆了 PbrMYB19 基因,通過對其生物 信息分析顯示,PbrMYB19 開放閱讀框有 714 bp, 編 碼 237 個 氨 基 酸 ,屬 于 轉 錄 因 子 MYB 基 因 家 族 R2R3-MYB 類中的一員。前人的研究已表明, PbrMYB120 和 FaMYB1 是花青苷合成調控的轉錄 抑制子[18,26] ,預測進化樹同為一支的 PbrMYB19 可 能對花青苷合成起抑制的作用。序列比對發現, PbrMYB19 在 C 端存在 1 個 EAR 抑制基序 ,結合 已 發 現 的 蘋 果 MdMYB32 的 EAR 基 序 可 以 影 響 ANS 的表達水平[34] ,MdMYB16 的 EAR 基序可以 影響 UFGT 和 ANS 的啟動子活性[35] ,進一步說明 PbrMYB19 具有花青苷抑制子功能。更重要的是, qRT-PCR 分析發現,PbrMYB19 基因在綠色果皮 與紅色和黃色果皮中的表達差異顯著,而果皮從綠 色 轉 變 為 紅 色 和 黃 色 又 是 由 光 照 引 起 的 ,且 PbrMYB19 基因的啟動子序列中存在光響應元件, 說明 PbrMYB19 基因的表達可能與光照有關。此 外 PbrMYB19 基因的啟動子區域還存在多種植物 激素響應元件,說明 PbrMYB19 基因的表達可能也 受到了激素的影響。

利用果實瞬時表達技術驗證花青苷調控基因 的功能已有廣泛報道[36] 。本研究嘗試用轉色期玉 露香梨果實注射過表達載體,以期獲得抑制果實花 青苷積累的表型。然而,玉露香梨果實含水量較 高,果實注射孔腐爛嚴重,導致同源表達試驗失敗。 對于遺傳轉化體系較困難的木本植物,異源表達驗 證基因功能也是常用的手段之一。例如,LI 等[37] 利用煙草和草莓花托,通過瞬時表達系統驗證了梨花 青苷調控基因 PyWRKY31 或 PyWRKY26 與其伴 侶 PyMYB10、PyMYB114 和 PybHLH3 共 轉 化 后 促進花青素的積累效果。所以,本研究選擇較易著 色的蘋果果實異源過表達 PbrMYB19 基因,結果發 現,該基因參與果實著色和花青苷負調控作用。總 之,PbrMYB19 基因過表達能夠抑制果實花青苷積 累,具體調控機制還需進一步驗證。

本研究通過克隆和生物信息學分析玉露香梨 果皮的 PbrMYB19 基因,結果發現,其編碼的蛋白 質具有 MYB 轉錄因子家族的特征,并在進化上與 已知的花青苷合成抑制子 PbrMYB120和 FaMYB1 密 切 相 關 。 進 一 步 的 qRT-PCR 分 析 揭 示 了 PbrMYB19 在不同色澤果皮中的表達差異,以及其 啟動子中光響應元件的存在,暗示了光照和植物激 素可能對其表達有影響。通過在蘋果果實中的異 源過表達試驗,研究證實了 PbrMYB19 基因能夠抑 制 花 青 苷 的 積 累 。 研 究 結 果 為 深 入 理 解 PbrMYB19 在梨果著色過程中的調控機制奠定了 基礎,并為未來梨果品質改良提供了分子層面的 參考。

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