








摘 " "要:為探究干旱脅迫下丘北辣椒根系分泌物對根際微生物組的影響和塑造,通過盆栽控水方法,以正常種植為對照(CK),干旱種植為處理(DS),利用Illumina-MiSeq高通量測序技術分析不同處理下細菌群落的差異。結果表明,干旱脅迫導致辣椒葉綠素含量和根系活力顯著降低,而可溶性糖、脯氨酸和丙二醛含量及超氧化物歧化酶活性顯著提高。干旱處理顯著降低細菌群落多樣性指數(Chao1、Shannon和Simpson),同時發現CK與干旱處理細菌群落結構相似度較小,具有顯著差異。差異分析表明,干旱處理顯著促進了放線菌門Actinobacteria、中生根瘤菌屬Mesorhizobium等有益微生物的富集。研究結果為丘北辣椒在干旱環境下適應機制研究及石漠化地區辣椒高效栽培提供了新的見解和思路。
關鍵詞:丘北辣椒;干旱脅迫;16s rRNA;根際細菌
中圖分類號:S641.3 文獻標志碼:A 文章編號:1673-2871(2024)08-057-10
Impact of drought stress on the rhizosphere bacterial community structure of Capsicum annuum in Qiubei
WANG Can1,2, XU Junqiang1, MENG Fanlai3, ZHANG Yinghua1, WANG Shaoxiang2, ZHAO Qiangbiao2, XU Bin1
(1. College of Landscape and Horticulture, Yunnan Agricultural University, Kunming 650201, Yunnan, China; 2. Agricultural Science Academy of Wenshan Prefecture, Yunnan Province, Wenshan 663000, Yunnan, China; 3. School of Biological Sciences and Agriculture, Honghe University, Mengzi 661100, Yunnan, China)
Abstract: In order to investigate the effects of root exudates from Qiubei pepper under drought stress on rhizosphere microbial communities and their shaping, a pot experiment was conducted using controlled watering methods. Normal cultivation was used as the control(CK), while drought cultivation served as the treatment(DS). The differences in bacterial community were analyzed using Illumina-MiSeq high-throughput sequencing technology. The results revealed that drought stress significantly reduced chlorophyll content and root vitality of pepper. Conversely, soluble sugar, proline, malondialdehyde content, and superoxide dismutase activity exhibited significant increases. Drought treatment notably decreased bacterial community diversity indices (Chao1, Shannon, and Simpson). Furthermore, it was observed that CK and drought treatments displayed limited similarity in bacterial community structure with notable differences. Differential analysis demonstrated that drought treatment effectively promoted enrichment of beneficial microorganisms such as Actinobacteria and Mesorhizobium genus in rhizosphere soil. These findings provide novel insights into the adaptation mechanisms of Qiubei pepper under drought conditions and offer efficient cultivation strategies for peppers in rocky desertification areas.
Key words: Qiubei pepper; Drought stress; 16s rRNA; Rhizosphere bacteria
干旱嚴重影響作物的生長和發育,導致作物產量和品質下降,是世界糧食安全和作物生產力的主要制約因素之一。云南省是我國辣椒種植區之一,主要分布在文山、紅河等地。辣椒作為我國普遍栽培的蔬菜,是廣大農民增收的經濟作物之一,適應性強、產業鏈長、營養成分豐富、具有較大的商業開發潛力,栽培面積逐年擴大[1]。文山地處云南邊境,特殊的地理氣候環境造就了豐富多樣的辣椒種質資源,如丘北辣椒、富寧小米椒等。但同時文山地處喀斯特巖溶山原地區,石漠化現象較為嚴重,導致土壤生產力下降、植被退化、水土流失等環境生態問題及當地貧困面擴大等社會問題[2]。丘北辣椒是茄科辣椒屬一年或多年生草本植物,是云南省特有的地方品種,色澤紅亮,味道香辣醇厚,具有獨特的口感,深受廣大農民和消費者的喜愛,其產品得到國內外市場認可[3-4]。在如此惡劣的環境中,丘北辣椒經過長期的自然選擇和進化,具備了耐鹽害、耐貧瘠、耐干旱、穩產等特點,形成了一系列形態、生理、生化和分子策略應對干旱等逆境脅迫。
大量研究表明,植物通過根系向根際土壤環境中釋放不同分泌物來對根際土壤微生物群落進行“招募”和“塑造”,以應對不同的逆境脅迫[5]。關于根際促生菌(plant growth promoting rhizobacteria,PGPR)在干旱脅迫中所起作用的研究越來越多,其通過釋放胞外多糖(exopoly saccharides,EPS)增強保水性,ACC脫氨酶抑制植物根部乙烯合成,降低其含量,及脫落酸(abscisic acid,ABA)、赤霉素(gibberellins,GAs)、吲哚-3-乙酸(indole-3-acetic acid,IAA)等植物生長調節因子協助植物抵御逆境[6-7]。Mahmoudi等[8]研究表明,小麥幼苗根際定殖假單胞菌,產生的吩嗪類化合物可提高小麥幼苗的抗旱性和抗逆性。Kim等[9]研究表明,石竹根際土壤的菌株腸桿菌EJ01能誘導擬南芥產生脯氨酸,抵御鹽脅迫。Shakir等[10]研究表明,干旱條件下接種產ACC脫氨酶的根瘤菌(rhizobia)的小麥與對照相比,其植株的根冠長度和側根數量都有顯著增加,這有利于植物獲得更多的水分和養分,緩解乙烯的傷害和干旱脅迫。由此可見,根際促生菌在植物抵御逆境中扮演著十分重要的角色,在農業生產中具有巨大的應用潛力,因此研究在干旱環境下植物對根際有益微生物的影響,并促進微生物在綠色農業生產中的高效利用是當前科研人員關注的重點。
雖然目前關于微生物參與植物耐旱性的重要作用已被廣泛認知,但在辣椒中,微生物對水分脅迫有何響應、微生物對異常環境有何指示作用、干旱下辣椒對根際微生物群落結構有何影響等相關方面的研究較少。因此筆者以丘北辣椒為試驗材料,研究其在干旱條件下根際細菌群落結構的組成和特征,旨在從微生物角度闡述干旱脅迫對丘北辣椒根際細菌群落的塑造、菌群的響應及微生物的指示作用,挖掘可能在干旱脅迫下對辣椒生長具有正向作用的細菌類群,以期為辣椒抗旱與根際微生物互作及增強抗旱性等研究提供新的參考。
1 材料與方法
1.1 供試材料
供試材料是文干椒1號,為丘北辣椒地方代表品種,由文山州農業科學院蔬菜研究所提供,具有性狀穩定、抗旱能力較強、穩產等特性。種植土壤為丘北縣設施大棚的種植紅土與育苗基質體積比1∶1進行混合,有效氮含量(w,后同) 301.53 mg·kg-1、有效磷含量 89.34 mg·kg-1、有效鉀含量 370.59 mg·kg-1、pH 5.71,土壤最大持水量(灌滿水飽和狀態下,待土壤中重力水排除后的數值)經托普云農TZS-3X土壤水分檢測儀檢測為39%。
1.2 試驗設計
試驗于2022年12月在文山州農業科學院溫室大棚內進行。種子經75%乙醇殺菌30 s,純水沖洗后播于裝有土壤的塑料花盆(40 cm×40 cm×40 cm)中,晝夜溫度為(27±1) ℃/(23±1)℃,常規管理。待辣椒長到7~10片葉時(移栽期),選取長勢一致的辣椒進行干旱處理。試驗設置對照(CK,正常種植土壤)和干旱處理(DS),每個處理10盆,3次重復,其中干旱處理含水量為土壤基質最大含水量的60%~70%;對照含水量為土壤基質最大含水量的90%。處理時長為7 d,其間動態監測土壤基質的水分變化,控制各處理的土壤基質含水量保持在既定范圍內。
1.3 取樣與測定方法
處理結束后,選取葉片萎蔫的辣椒植株,每個處理選擇整齊一致的5株混合為1次重復,每個處理3次重復。抖落附著的土壤后,將根系表面的土壤裝于50 mL無菌離心管中,-80 ℃保存,用于微生物檢測,并收集秧苗葉片和根系(刮取根系土壤后用無菌水沖洗干凈),4 ℃保存用于生理指標檢測。
參照王燦等[11]的方法測定植株葉片葉綠素、可溶性糖、丙二醛和脯氨酸含量,采用氮藍四唑法測定根系超氧化物歧化酶(SOD)活性[12],采用TTC法測定根系活力[13]。
微生物DNA提取、illumina文庫構建和高通量測序由北京諾禾致源科技股份有限公司完成。PCR體系共30 μL:Phusion Master Mix 15 μL,引物515F(序列:CTGCCAGCMGCCGCGGTAA) 和806R(序列:GGACTACHVGGGTWTCTAAT)各3 μL,ddH2O 2 μL,DNA(1 ng·μL-1)7 μL;PCR 反應條件:98 ℃預變性1 min;98 ℃變性10 s,50 ℃退火30 s,72 ℃延伸30 s,30 個循環;72 ℃延伸5 min。文庫構建使用NEBNext? Ultra? IIDNA Library Prep Kit建庫試劑盒,將構建好的文庫進行Qubit和Q-PCR定量,待文庫合格后使用NovaSeq6000上機測序。
1.4 數據質控與分析
根據barcode序列和PCR擴增引物序列從下機數據中拆分出各樣本數據,截去barcode和引物序列后使用FLASH(V1.2.11, http://ccb.jhu.edu/software/FLASH/)軟件對樣本的reads進行拼接,得到Raw Tags。然后使用fastp軟件對得到的Raw Tags進行質控,得到高質量的Clean Tags。最后使用Usearch軟件將Clean Tags與數據庫進行比對,以檢測嵌合體并進行去除,從而得到最終的有效數據,即Effective Tags。使用QIIME2軟件中的DADA2模塊進行降噪,并過濾掉豐度小于5的序列,從而獲得最終的擴增子序列變異(ASVs)以及特征表。使用QIIME2 feature-table rarefy工具以低樣本序列量的97%進行抽平處理。使用QIIME2軟件中的classify-sklearn模塊將得到的ASVs與數據庫比對,從而得到每個ASV的物種信息。
使用QIIME2軟件計算Shannon、Simpson、Chao1等α多樣性指數,并繪制稀釋曲線。多樣性指數反映了物種的豐富度和均勻度,數值越大表示物種多樣性越高。使用QIIME2軟件計算Unifrac距離,并使用R3.6.2軟件中ggplot2繪制PCA,使用QIIME2軟件中的adonis函數分析組間群落結構的差異顯著性。使用LEfSe軟件完成LEfSe分析,設置LDA score閾值為4。使用軟件Phylogenetic Investigation of Communities by Reconstruction of Unobserved States 2(PICRUSt 2)進行同源蛋白簇(Clusters of orthologous groups of proteins,COG)功能預測。其中PICRUSt 2是一種根據Marker基因進行元基因組功能預測的生物信息軟件包,可進行COG數據庫比對(COG數據庫是對基因產物功能進行同源分類、注釋的數據庫,http://eggnog.emble.de/),預測樣本基因對應的COG,然后對COG進行功能注釋、歸類以及對應基因豐度計算,從而進行菌群代謝功能預測。
2 結果與分析
2.1 不同處理辣椒秧苗生理代謝比較
由表1可以看出,對照CK的葉綠素含量和根系活力顯著高于干旱處理DS,而可溶性糖、脯氨酸和丙二醛含量及SOD活性與之相反,顯著低于干旱處理DS。以上結果說明DS辣椒受到干旱脅迫,可用于開展后續試驗。
2.2 不同處理辣椒秧苗土壤細菌群落測序質量與物種組成
試驗共2個處理6個樣本。由表2可以看出,通過高通量測序并優化后,各樣本有效序列平均長度在67 286~79 252,堿基數目在17 028 677~20 060 687,有效數據的GC含量為54.98%~55.31%。
由圖1-A可以看出,試驗中箱線圖趨于平緩,說明試驗樣本測序數據充分,已經能夠反映土壤樣品的細菌群落情況,可用于后續分析。由圖1-B可知,對照CK與干旱處理DS共有2150個ASVs,其中對照CK獨有的ASVs為2313個,處理DS獨有的ASVs為2182個,表明干旱處理降低了細菌群落的ASVs數量。
根據物種注釋結果,選取每個分組在門、屬分類水平上最大豐度排名前10的物種生成物種相對豐度柱形累加圖。由圖2-A可知,在門水平上豐度排名第1的是變形菌門Proteobacteria(51.20%~55.48%),第2是擬桿菌門Bacteriodetes(9.12%~11.56%),排名第3的是放線菌門Actinobacteria(7.42%~10.91%),排名第4的是酸桿菌門Acidobacteria(5.67%~6.65%),排名第5的是芽單胞菌門Gemmatimonadetes(4.04%~5.36%),剩下微生物類群相對豐度均未超過5%。由圖2-B可知,在屬水平上相對豐度排名前10的分別是鞘脂單胞菌屬Sphingomonas、芽單胞菌屬Gemmatimonas、Puia、假單胞菌屬Pseudomonas、Pseudolabrys、Ellin6067、SC-I-84、Aquicella、Subgroup_10、中生根瘤菌屬Mesorhizobium。其中第1是優勢菌鞘脂單胞菌屬Sphingomonas(1.81%~3.68%),第2是芽單胞菌屬Gemmatimonas(1.55%~2.09%),第3是Puia屬(1.21%~2.00%)。
2.3 不同處理辣椒秧苗土壤細菌群落多樣性與差異分析
α多樣性指數統計表明(圖3-A~C),對照CK的Simpson、Chao1和Shannon指數(0.998、2 441.84、10.67)均顯著高于干旱處理DS(0.997、2 132.15、9.81),表明干旱處理降低了辣椒土壤細菌群落的豐度和多樣性?;赪eighted unifrac距離PCA分析(圖4-D)表明,PCoA1和PCoA2可分別解釋所有變量的25.40 %和22.00 %,樣本點間距離的遠近表明樣本間差異的大小,可以看出,不同處理間細菌群落結構有一定差異(R2=0.620 144,p=0.001),PC1將對照CK和干旱處理DS顯著分開,說明對照和干旱處理之間有較明顯的分離趨勢。
Metastats分析表明(圖4),門水平上顯著差異排名前5的物種分別是放線菌門Actinobacteria、彎曲桿菌門Campilobacteria、蛭弧菌門Bdellovibrio、芽單孢菌門Gemmatimonadetes、擬桿菌門Bacteriodetes。其中干旱處理DS的放線菌門Actinobacteria和擬桿菌門Bacteriodetes相對豐度分別為0.11%和0.12%,顯著高于對照CK。在屬水平上(圖5),豐度排名前10的細菌群落中,對照CK顯著高于處理DS的細菌種類有鞘氨醇單胞菌Sphingomonas、芽單胞菌屬Gemmatimonas、假單胞菌屬Pseudomonas、Ellin6067、SC-I-84,而顯著低于干旱處理DS的細菌種類有Puia屬、中生根瘤菌屬Mesorhizobium。以上結果說明干旱處理減少了正常土壤中優勢細菌群落的數量。
2.4 不同處理辣椒秧苗土壤細菌群落功能分析
基于同源蛋白簇(COGs,Cluster of Orthologous Groups of proteins)數據庫,使用 PICRUSt 2對不同處理細菌群落功能進行注釋(圖6),發現在相對豐度排名前25的COGs中,干旱處理DS有16個COGs相對豐度高于對照CK,如COG1132(ABC型多藥轉運系統、ATP酶和通透酶組分)、COG0531(氨基酸轉運蛋白)、COG2217(陽離子轉運ATP酶)等,主要表現在氨基酸、無機離子、輔酶轉運等方面;有9個COGs相對豐度低于對照CK,如COG1192(纖維素生物合成蛋白BcsQ)、COG0776(細菌類核DNA結合蛋白)等,主要表現在加工、修飾、翻譯、核糖體結構和生物合成等方面(表3)。
3 討論與結論
水分虧缺不僅影響作物的生長發育,而且還會對產量和品質的形成造成嚴重危害,植物會通過產生脫落酸來調節氣孔開閉,脯氨酸參與滲透壓調節,保護酶清除體內活性氧和自由基等策略應對干旱脅迫[14]。在本試驗中,干旱下丘北辣椒葉片葉綠素含量和根系活力顯著低于正常處理(CK),而可溶性糖、脯氨酸和丙二醛含量及超氧化物歧化酶活性均顯著高于正常處理,與申林等[15]的研究結果一致,植物通過積累的可溶性糖、脯氨酸等降低滲透勢,通過提高超氧化物歧化酶活性來消除超氧陰離子自由基等有害物質。
微生物群落對土壤環境變化能夠做出快速的響應,因此能敏感預警土壤生態系統發生的微小變化,對作物根際土壤生態變化起到指示作用[16]。大量研究表明,干旱脅迫顯著改變植物根際土壤微生物群落結構,導致微生物群落多樣性下降,但同時部分根際有益微生物也會與植物互作以增強植物適應非生物和生物脅迫的能力。Xu等[17]研究表明,干旱顯著改變了高粱的根際微生物群落組成,其中放線菌豐度顯著提高,放線菌適度富集能夠顯著促進根系生長。Sukweenadhi等[18]研究表明,在干旱脅迫下,向擬南芥接種芽孢桿菌屬Bacillus、類芽孢桿菌屬Paenibacillus、短芽孢桿菌屬Brevibacillu、微球菌屬Micrococcu等微生物,發現其代謝物誘導了擬南芥AtRAB18和AtLT178基因的表達,通過ABA信號通路參與植物對干旱脅迫的響應。本試驗通過對正常和干旱處理下辣椒幼苗根際土壤細菌群落進行測序,發現干旱處理顯著降低了細菌群落α多樣性指數(Chao1、Shannon和Simpson),同時主成分分析表明,不同處理間細菌群落結構差異明顯,干旱處理對辣椒幼苗根際土壤細菌群落結構造成了顯著影響。這與張江偉等[19]、梁新波等[20]的研究結果一致,干旱脅迫顯著改變了植物原本的根際土壤細菌群落結構,這可能是由于植物在干旱條件下生理代謝途徑改變,進而引起根系分泌的化合物在組分及豐度上與正常條件下的作物根系分泌物產生差異,如初級代謝產物(有機酸、碳水化合物、氨基酸等)和次級代謝產物(生物堿、萜類、酚類物質等),間接導致根際細菌群落結構組分的差異,同時也可促進相關有益微生物的富集,形成動態穩定的微生物群落來協助植物抵御逆境[21-22]。
差異分析表明,干旱處理中放線菌門Actinobacteria(0.11%)和擬桿菌門Bacteriodetes(0.12%)相對豐度顯著高于正常處理(0.09%和0.07%),這與Santos-Medellín等[23]的研究結果一致,水稻在受到干旱脅迫時,根際土壤微生物群落中放線菌群占細菌群落的80%以上,同時發現從放線菌中分離出來的鏈霉菌屬(Streptomycessp.)SLBN-177能夠在干旱條件下促進其根系生長。而在屬水平上,干旱處理則顯著降低鞘氨醇單胞菌屬Sphingomonas和芽單胞菌屬Gemmatimonas等的相對豐度,促進Puia屬、中生根瘤菌屬Mesorhizobium的富集。說明干旱處理降低了原本正常土壤中優勢細菌群落的數量,同時也表明一些微生物受干旱影響而富集。中生根瘤菌屬Mesorhizobium屬于α-根瘤菌,根瘤菌固氮為植物生長提供所需氮素,提高植物抗性,同時植物也為根瘤菌提供了碳源[24]??租書P等[25]研究表明,在干旱條件下,野生型和栽培型大豆根際細菌群落中,慢生根瘤菌(Bradyrhizobium sp.)比例較正常處理下顯著升高。何亞婷等[26]從云南文山峰叢洼地型石漠化地區白刺花、木藍、三葉草的根瘤中分離到3株細菌,將其接種到受干旱脅迫的蠶豆植株上,與未接種相比,接種菌株的蠶豆生長較好,顯著提高蠶豆的抗旱能力。Liu等[27]發現紫云英(Astragalus sinicus L .)接種根瘤菌后,固氮和銨同化能力提高,進而促進游離氨基酸和多胺合成,從而增強耐旱能力。根瘤內生細菌在石漠化地區生態恢復與重建中具有重要作用,根瘤菌通過與植物(如豆科類)建立共生固氮體系達到固定土壤氮素,增強肥力的效果[28-29]。在自然界中,根瘤菌與豆科植物的共生固氮在農業生產中起到了重要作用,然而根瘤菌只可以與豆科植物及少數榆科植物共生[30]。筆者在本試驗中發現,干旱條件下的丘北辣椒可能存在驅動放線菌門Actinobacteria、中生根瘤菌屬Mesorhizobium等有益微生物的顯著富集現象,研究結果將為后續丘北辣椒環境適應機制研究、與辣椒相關益生菌篩選應用、石漠化地區作物高效栽培和環境修復等工作提供可行性依據。
基于COG數據庫, PICRUSt 2的功能注釋結果表明,與對照相比,干旱處理下辣椒秧苗根際微生物群落功能具有顯著不同,干旱處理中有16個COGs相對豐度高于正常處理,主要表現在氨基酸、無機離子、輔酶轉運等方面;有9個COGs相對豐度低于正常處理,主要表現在加工、修飾、翻譯、核糖體結構和生物合成等方面,這表明干旱處理對辣椒幼苗根際細菌群落轉運功能具有較強的誘導和促進作用。Xu等[17]研究表明,干旱引起了高粱根際微生物轉錄活性發生變化,主要與放線菌活性和功能的變化有關,主要表現為與碳水化合物轉運和代謝、氨基酸轉運和代謝以及次級代謝物生物合成相關的放線菌轉錄本表達的顯著升高,結果引起根系微生物代謝的改變,從而改善作物對干旱的適應性,提高作物產量。干旱脅迫下相關化合物轉運與代謝功能相關基因的表達量顯著提高,這可能是土壤中一些有益的微生物協助植物參與抗旱引起的。王燦等[31]研究表明,干旱處理顯著提高黃瓜根際細菌質膜上轉運蛋白的表達,同時細菌群落功能中與硫胺素合成途徑相關基因的表達顯著上調,而硫胺素在植物應對生物脅迫(炭疽病和白粉病)和非生物脅迫(干旱、高鹽)過程中起重要作用。
綜上所述,干旱脅迫導致丘北辣椒幼苗根際細菌群落結構發生劇烈變化,改變了土壤中原本的群落結構,降低了土壤中細菌群落的豐度和多樣性。干旱處理促進了放線菌門Actinobacteria、中生根瘤菌屬Mesorhizobium等有益微生物的顯著富集。研究結果為丘北辣椒干旱環境適應機制研究、石漠化地區辣椒高效栽培提供了新的見解和研究思路。
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