“昔武帝不殺司馬遷,使作謗書流于后世。”東漢王允口中的謗書指的就是《史記》。
王允之所以這么說,是因為太史公寫《史記》投入了太多的個人感情。后人讀起來固然會因為這些感情而痛快淋漓,但卻不知不覺中受了太史公一面之辭的影響,讓歷史改了模樣。所以有人會說,《史記》的文學性重于它的歷史性。魯迅稱其為“史家之絕唱,無韻之《離騷》”
《史記》成書后,由于它“是非頗謬于圣人,論大道則先黃老而后六經”,被指責為對抗漢代正宗思想的異端代表。因此,在兩漢時,《史記》一直被視為離經叛道的“謗書”。漢朝的統治者對它既愛又恨,所以多次下詔刪削和注水。據說其中四分之一已非原貌。《今上本紀》就是一個典型的例子。漢武帝見《今上本紀》時,“怒而削之”,今天我們看到的《今上本紀》,而是后人抄錄《封禪書》補綴而成。我們現在看到的《史記》已非太史公的原著。

但后人還是能從散落在《史記》的許多角落中看到太史公心里的那個漢武帝的影子。《封禪書》譏諷漢武帝的癡妄迷信,勞民傷財。《平準書》評判了經濟上的橫征暴斂,指出漢武帝外伐四夷造成的國庫空虛。《大宛列傳》記載漢武帝為了獲得大宛汗血馬,不惜征發大批軍隊徒役,耗費大量資財。《匈奴列傳》批評漢武帝征戰匈奴使成千上萬的百姓戰死疆場。司馬遷在《佞幸列傳》《酷吏列傳》等篇中揭露了黑暗殘酷的官僚政治。
魏明帝因此把它看成是司馬遷在泄私憤。《三國志·王肅傳》:“(魏)明帝問王肅曰:‘司馬遷以受刑之故,內懷隱切,著《史記》非貶孝武,令人切齒。’肅對曰:‘司馬遷記事,不虛美,不隱惡。劉向、揚雄服其善敘事,有良史之才,謂之實錄。漢武帝聞其述《史記》,取孝景及己本紀覽之,于是大怒,削而投之。于今兩紀有錄無書。后遭李陵事,遂下遷蠶室(處宮刑的監獄)。以為隱切在孝武,而不在于史遷也。’”
雖以“實錄”著稱,但《史記》也未能做到不虛飾、不隱諱。單說他的筆下那些栩栩如生的故事,那些“天知、地知、你知、我知”的掉腦袋的談話,就不可能完全是真實的。為了追求生動逼真的藝術效果,追求對于讀者的感染力,他運用了很多傳說性的材料,在很多細節方面進行了虛構。比如無中生有的《五帝本紀》。所謂的黃帝,炎帝,堯,舜,禹,這些都是春秋戰國及秦漢時代根據神話傳說虛構出來的人物,所以課本上稱之為“傳說中的黃帝時代”。

司馬遷深受“天命”、災異和歷史循環論等神秘思想的影響。在《六國年表序》論述秦并天下的原因時,指出這是“天所助”的結果。《高祖本紀》帶有“三統循環論”的色彩,以為“三五之道若循環,終而復始”。在《天官書》中,記述各種特殊的自然天象時,常常與人事聯系在一起,更多地表現了災異的神秘思想。
《史記》中有關歷代帝王出生時所謂的異象,什么紅光滿室、什么托夢之類的也十分荒誕。更離奇的是皇帝母親們的受孕過程。比如高祖劉邦,“其先劉媼嘗息大澤之陂,夢與神遇。是時雷電晦冥,太公往視,則見蛟龍于其上,已而有身,遂產高祖。”劉邦的父親就這樣無緣無故的讓一條龍給戴上了綠帽子,進而證明了劉邦母親懷的是“純龍種”。這樣的例子在《史記》中不勝玫舉,所以有學者調侃說:太史公筆下的皇帝都是妖怪。