河南漢族人群DYS464和DYS527基因座單體型遺傳多態(tài)性檢測(cè)＊

胡 灝,趙美樂(lè),齊守文,黃艷梅,陳 瓊

1)新鄉(xiāng)醫(yī)學(xué)院法醫(yī)物證學(xué)教研室新鄉(xiāng) 453003 2)河南正誠(chéng)法醫(yī)臨床司法鑒定所鄭州 450008 3)河南省高級(jí)人民法院司法技術(shù)處鄭州 450008

#通訊作者,女,1971年 5月生,博士,副教授,研究方向:人類(lèi)遺傳學(xué),E-mail:hym_cn@ho tmail.com

河南漢族人群DYS464和DYS527基因座單體型遺傳多態(tài)性檢測(cè)＊

胡 灝1,2),趙美樂(lè)3),齊守文3),黃艷梅1)#,陳 瓊3)

1)新鄉(xiāng)醫(yī)學(xué)院法醫(yī)物證學(xué)教研室新鄉(xiāng) 453003 2)河南正誠(chéng)法醫(yī)臨床司法鑒定所鄭州 450008 3)河南省高級(jí)人民法院司法技術(shù)處鄭州 450008

#通訊作者,女,1971年 5月生,博士,副教授,研究方向:人類(lèi)遺傳學(xué),E-mail:hym_cn@ho tmail.com

DYS464;DYS527;短串聯(lián)重復(fù)序列;遺傳多態(tài)性;法醫(yī)學(xué);河南漢族

目的:檢測(cè)河南地區(qū)漢族人群中 Y染色體兩個(gè)多拷貝短串聯(lián)重復(fù)序列(STR)基因座DYS464和DYS527單體型的遺傳多態(tài)性。方法:對(duì) 110例河南漢族男性無(wú)關(guān)個(gè)體血樣本基因組DNA采用熒光標(biāo)記引物進(jìn)行 PCR擴(kuò)增,PCR產(chǎn)物在AB I3100遺傳分析儀上毛細(xì)管電泳分析,并對(duì)不同重復(fù)序列分別測(cè)序。結(jié)果:DYS464基因座為四拷貝,核心序列重復(fù)數(shù)目變異在 11～18次;DYS527基因座為雙拷貝,核心序列重復(fù)數(shù)目變異在 17～25次。110例河南漢族男性無(wú)關(guān)個(gè)體中,兩個(gè)基因座所組成的單體型有 104種,其中 99種單體型僅出現(xiàn) 1次,頻率為 0.009 1,單體型基因多樣性為 0.998 8,個(gè)體識(shí)別力為 0.989 7。結(jié)論:DY464和DYS527基因座具有高度多態(tài)性,適用于法醫(yī)學(xué)實(shí)踐和人類(lèi)進(jìn)化的研究。

Y染色體微衛(wèi)星遺傳標(biāo)記因具有分型簡(jiǎn)單、易于擴(kuò)增且重復(fù)性好等特點(diǎn),已成為法醫(yī)遺傳學(xué)研究的熱點(diǎn),以及用于混合精斑和父系男性成員間親權(quán)鑒定的重要手段[1]。雖然已報(bào)道了許多 Y-STR基因座,但是仍有必要檢測(cè)新的 Y染色體遺傳標(biāo)記,并且積累這些遺傳標(biāo)記的群體遺傳資料,以滿(mǎn)足法醫(yī)學(xué)個(gè)人識(shí)別和親權(quán)鑒定的需要[2-3]。作者選擇了兩個(gè)新報(bào)道的多拷貝 Y-STR基因座 DYS464和DYS527[2,4],調(diào)查來(lái)自河南的 110例漢族群體中二者的單體型頻率和遺傳多態(tài)性,為法醫(yī)學(xué)和人類(lèi)學(xué)研究提供基礎(chǔ)資料。

1 材料與方法

1.1 樣本來(lái)源及模板DNA提取 110例河南漢族無(wú)關(guān)男性個(gè)體血樣本取自解放軍第 153中心醫(yī)院檢驗(yàn)科;采用 Chelex-100方法提取血樣本基因組DNA。

1.2 引物名稱(chēng)及序列 DYS464和DYS527基因座相關(guān)信息與引物序列見(jiàn)表 1。引物的 5’端標(biāo)記熒光FAM,由上海英駿生物公司合成。

1.3 PCR擴(kuò)增 PCR反應(yīng)體系 20μL,包含 1× Taq DNA聚合酶緩沖液,200μmol/L dNTPs,0.5 μmol/L引物,30～50 ng模板 DNA,1 U Taq Plus DNA聚合酶 (北京鼎國(guó)生物技術(shù)有限責(zé)任公司)。熱循環(huán)參數(shù):94℃3 min預(yù)變性;94℃30 s,63℃30 s,72℃35 s,16個(gè)循環(huán);94℃20 s,55℃30 s,72℃45 s,25個(gè)循環(huán);最后 72℃延伸 3 min。4℃保存。

表 1 DYS464和DYS527基因座相關(guān)信息與引物序列

1.4 PCR產(chǎn)物的檢測(cè) 采用毛細(xì)管電泳 (AB I 3100基因自動(dòng)分析儀),GeneMapper I D v3.1軟件分析結(jié)果,根據(jù)等位基因分型標(biāo)準(zhǔn)物判讀結(jié)果[4-5]。

1.5 基因多樣性(gene diversity,GD)和個(gè)體識(shí)別力(discri m inati ng power,DP) 計(jì)算方法參照文獻(xiàn)[6]。

2 結(jié)果

2.1 河南漢族群體中 DYS464和DYS527的等位基因及基因型分析 DYS464基因座為四拷貝,核心序列重復(fù)數(shù)目變異為 11～18次。110例無(wú)關(guān)男性個(gè)體中,觀察到 66種基因型,其中 40種只出現(xiàn) 1次,出現(xiàn)最多的為 15-15-15-15,占 6.36%。GD和DP分別為 0.987 7和 0.978 7。DYS527基因座為雙拷貝,核心序列重復(fù)數(shù)目變異為 17～25次。110例無(wú)關(guān)男性個(gè)體中,觀察到 28種基因型,其中 7種只出現(xiàn) 1次,出現(xiàn)最多的基因型為 20-23,占9.10%。GD和 DP分別為 0.955 0和 0.946 3。

2.2 河南漢族群體中 DYS464和DYS527等位基因及其單倍型的多態(tài)性分布 見(jiàn)表 2。110例河南漢族男性無(wú)關(guān)個(gè)體中,2個(gè)基因座所組成的單體型有 104種,其中 99種單體型僅出現(xiàn) 1次,頻率為0.009 1。單體型出現(xiàn)最多的是 11-13-14-15/20-23,頻率為 0.027 3,HD為 0.998 8,DP為 0.989 7。

表2 DYS464和DYS527基因座構(gòu)成的單體型在河南漢族群體中的頻率分布

續(xù)表2

3 討論

DYS464基因座是 2002年 Redd等[7]首次報(bào)道的 Y染色體上的 STR遺傳標(biāo)記,該基因有 4個(gè)拷貝(位置)即DYS464a/b/c/d,用一對(duì)引物可擴(kuò)增 1～4個(gè)片段,其基因型命名方法報(bào)道的有C型[7]和 E型兩種[8-9],采用 E型命名法能充分揭示該基因座的多態(tài)性。調(diào)查的 110例無(wú)關(guān)男性個(gè)體中,觀察到 66種基因型,其中 40種只出現(xiàn) 1次,GD和DP可以達(dá)到 0.987 7和 0.978 7,進(jìn)一步證實(shí)了 E型命名法能充分揭示該基因座的多態(tài)性。

DYS527基因座是繼 DYS385a/b、DYS389Ⅰ/Ⅱ、YCAⅡa/b、YCAⅢa/b、DYS459a/b和DYS464a/ b/c/d[2-6]后在 Y染色體上發(fā)現(xiàn)的又一個(gè)多拷貝基因座,屬于雙拷貝基因座,核心序列的基序排列比較復(fù)雜。該研究中所調(diào)查的 110名河南漢族無(wú)關(guān)男性個(gè)體,DYS527基因座核心序列重復(fù)數(shù)目變異在17～25次,基因型參照 2006年黃艷梅等[4]報(bào)道的方法即根據(jù)觀察到的峰或者條帶的多少判讀,GD和DP可達(dá) 0.955 0和 0.946 3。該群體中出現(xiàn)最多的基因型為 20-23,占 9.10%,與 2006年黃艷梅等[4]報(bào)道廣東漢族群體 DYS527基因座頻率出現(xiàn)最多的基因型(21-22)有差異。

兩個(gè)多拷貝基因座DYS464和DYS527相當(dāng)于6個(gè)位點(diǎn),作者調(diào)查的 110例河南漢族男性無(wú)關(guān)個(gè)體中,兩個(gè)基因座所組成的單體型觀察到 104種,其中 99種單體型僅出現(xiàn) 1次,這種單體型 GD為0.998 8,DP達(dá) 0.989 7,說(shuō)明 Y染色體上這兩個(gè)新報(bào)道的 STR基因座DYS464和DYS527組成的單體型,具有高度多態(tài)性,在法醫(yī)學(xué)實(shí)踐中具有很好的應(yīng)用前景,并為人類(lèi)學(xué)等的研究提供了基礎(chǔ)資料。

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[6]黃艷梅,區(qū)敬華,朱偉鋒,等.漢族人群 Y染色體多拷貝基因座DYS464遺傳多態(tài)性[J].中山大學(xué)學(xué)報(bào):醫(yī)學(xué)科學(xué)版,2006,27(1):55

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Analysis of genetic polymorphis m of haplotype of DYS464 and DYS527 among Han population in Henan province

HU Hao1,2),ZHAO M eile3),Q I Shouwen3),HUANG Yanm ei1),CHEN Q iong3)1)Departm ent of Forensic B iology,X inxiang M edical University,Xinxiang 4530032)Zhengcheng Forensic Identification by theAdm inistration of Justice,Henan Province,Zhengzhou 4500083)Departm ent of Forensic Identification,Henan Provincial Court,Zhengzhou 450008

DYS464;DYS527;short tandem repeat;genetic polymorphis m;forensic medicine;Henan Han nationality

Ai m:To investigate the genetic polymorphis m and distribution of two multi-copy short tandem repeat (STR)DYS464 andDYS527 loci.Methods:The genomicDNA of blood sample among 110 unrelatedmales in Henan province was amplified by PCR with pri mers labeled fluorescence FAM.The amplified fragmentswere separated and sequenced on AB I3100 genetic analyzer.Results:DYS464 was a four-copy locus.The number of variant repeats was from 11 to 18. DYS527 was a double copy locus.The numberof variant repeatswas from 17 to 25.A totalof 104 hapolytypeswere identified in 106 unrelated men from Henan Han populations.Out of them,99 typeswere observed once only and the frequency was 0.009 1.The hapolytype diversity and the discriminating powerwere 0.998 8 and 0.989 7,respectively.Conclusion: The hapolytype composed ofDYS464 and DYS527 loci is highly polymorphic and useful for application to forensic science and human evolution study.

Q943

＊新鄉(xiāng)醫(yī)學(xué)院高學(xué)歷人才啟動(dòng)基金資助項(xiàng)目 2005

(2009-11-22收稿 責(zé)任編輯徐春燕)