《旅行者》(短篇小說,1989)
《藤纏樹》(長篇小說,2002)
《一個青年小說家的誕生》(長篇小說,2004)



《沉尸、流亡、二·二八》(1991)
《幌馬車之歌》(1991)
《尋訪被湮滅的臺灣史與臺灣人》(1994)
《人間正道是滄桑》(1999)
《共產青年李登輝》(2000)
《天未亮——追憶一九四九年四·六事件(師院部分)》(2000)
《麥浪歌詠隊——追憶一九四九年四·六事件(臺大部分)》(2001)
《臺灣好女人》(2001)
《消失在歷史迷霧中的作家身影》(2001)
《紅色客家人》(2003)、《紅色客家莊》(2004)
《消失的臺灣醫(yī)界良心》(2005)
《二·二八野百合》(2006)
《青春戰(zhàn)斗曲》(2006)
《消失在二·二八迷霧中的王添燈》(2008)
《戰(zhàn)風車——一個作家的參選記事》(2009)
《老紅帽》(2010)
《尋找祖國三千里》(2010)
《你是什么派》(2011)

《日據(jù)時期臺灣學生運動,1913——1945》(1993)
《白色恐怖》(1993)
《高雄縣二·二八暨50年代白色恐怖民眾史》(1997)
《50年代白色恐怖臺北地區(qū)案件調查與研究》(1998)
《我們?yōu)槭裁床桓璩罚?0年代白色恐怖紀錄電影,侯孝賢電影社,1995)
《臺灣思想起》40集(50年代白色恐怖紀錄電視,T.V.B.S,1997)
《好男好女》(侯孝賢導演,1994)
《悲情城市》(侯孝賢導演)