張寧 孫艷美 羅艷 王方娜 張明明 王莉 高健 李亞麗
·病例報告·
應用二代測序技術招測罕見病的遺傳學研究
張寧 孫艷美 羅艷 王方娜 張明明 王莉 高健 李亞麗
二代測序;基因突變;NTRK1基因;BTK基因
罕見病目前國際上對其沒有統一的標準,一般指臨床發病率低,較少見的疾病。罕見病在歐洲定義是發病率lt;1/2 000的,在美國指患病人數lt;20萬的疾病,而中華醫學會遺傳學分會2010年將那些患病率lt;1/500 000或新生兒lt;1/10 000發病率的疾病定義為罕見病[1-3]。二代測序技術能夠平行對多個靶基因進行測序,目前開始逐漸應用在在符合孟德爾遺傳罕見病的研究[4,5]。本研究應用二代測序法對2例臨床罕見病患者進行基因篩查,以期明確病因。
1.1 病例1:女,32歲。因“幼時2次骨折、無痛無汗”欲生育而進行遺傳咨詢。自幼時起患者就從未感知到過疼痛和外界的溫度,幼時有過2次骨折,當時均未有任何疼痛感覺,從未有出汗情況,經常發生高熱,伴有肌張力減退。其余外觀和智力發育等均未見異常。家族中無相同或相似患者。現與一正常男性結婚,準備生育,擔心生育與其相同孩子,前來咨詢,要求查找病因。結合臨床考慮先天性無痛無汗癥或成骨發育不全,進行相關基因的二代測序,結果發現由NTRK1基因突變引起,患者NTRK1基因中存在c.287+2dupT雜合突變和c.851-33Tgt;A雜合突變,從而明確診斷為先天性無痛無汗癥。
1.2 病例2:男,5歲,因“反復發熱感染”要求查找病因而就診。患兒生后7個月即因肺炎感染住院治療,之后反復發熱感冒,淋巴結腫大,3年前出麻疹,4個月前起皮膚瘙癢嚴重,2個月因發熱、流涕腹痛住院,輔助檢查:免疫球蛋白-A(IgA)0.09 g/L(正常值0.34~1.38 g/L),免疫球蛋白-G 4.910.09 g/L(正常值5.0~10.6 g/L),免疫球蛋白-M 0.02 g/L(正常值0.44~1.44 g/L),總T細胞91.7%(正常值60%~82%),抑制性T細胞45.3%(正常值20%~35%),總B細胞0.3%(正常值5%~18%)。患兒父母同齡身體均健康,25歲足月順產此患兒,為第一次孕產,生后評分正常。無家族史。患兒父母為避免再次生育此類患兒,前來就診要求查找患兒發病機制。結合患兒臨床,進行免疫缺陷病相關基因的二代測序,實驗結果發現患兒BTK基因c1573Ggt;A位點發生突變,明確診斷X-連鎖無丙種球蛋白血癥Ⅰ型。
先天性無痛無汗癥(CIPA)是一種遺傳方式為常染色體隱性遺傳病的罕見病。通常臨床表現全身無汗、對疼痛和溫度沒有感覺。由于對疼痛和溫度無感知,故容易受到反復嚴重的外傷;無法出汗,經常會引起高熱和熱性驚厥的發作。目前CIPA發病機制尚不明了,有研究認為神經營養因子酪氨酸激酶受體 1 型 (NTRK1)基因突變可引起本病[6]。NTRK1是神經生長因子的高親和力受體,一旦發生NTRK1 基因突變不僅能影響 NTRK1和 NGF 的結合,也可引起細胞內結構參與信號轉導的阻滯[7]。本研究中的患者的NTRK1基因c.287+2dupT雜合突變和c.851-33Tgt;A雜合突變,均為HGMD報道的已知致病性突變。CIPA屬于臨床罕見病,很多臨床醫師對CIPA認識往往不足,多數就診原因為高熱或者骨折,容易造成誤診、漏診,因此加強對該病的認識,早期診斷,早期干預,才能最大程度避免不必要的傷害。
X-連鎖無丙種球蛋白血癥(XLA)是一種罕見的X染色體隱性方式遺傳的免疫缺陷疾病,均為男性發病。一般認為B細胞漿內 Bruton 酪氨酸激酶(BTK)基因發生突變導致 B 細胞分化受阻,從而外周血中成熟 B 細胞含量極低,血液中無丙種球蛋白,造成機體免疫力低下,故主要臨床癥狀是反復細菌感染,如復發性中耳炎和呼吸道、腸道、皮膚感染等[8]。關節炎可見于10%~30%的XLA患者,通常表現單一大關節炎,多關節炎非常罕見,目前僅有5例報道。通常XLA都是點突變引起,近來Sharma等[9]報道了1例2757個堿基的大缺失,外顯子8、9、10均缺失,這比較罕見。一般生后6個月后,在母源性免疫抗體小時候,患兒即開始反復感染。目前研究發現XLA 致病基因所編碼的蛋白屬于酪氨酸激酶家族,稱為 BTK,任何位點的 BTK 基因發生突變均能使其功能障礙,造成 B 細胞的分化過程阻滯,外周血中成熟 B 細胞因而減少[10]。本研究中患兒自七個月起即反復呼吸道感染,皮膚反復感染致使其上下肢上滿布皮疹,實驗結果發現患兒BTK基因c1573Ggt;A位點發生突變,Sanger測序驗證患兒母親攜帶BTK基因c1573Ggt;A(p.R525X)雜合突變。其母再次生育若為男胎,機會為1/2,需行產前診斷。
隨著現代科技的發展,醫學領域中測序技術已經被廣泛應用,二代測序技術(又稱為下一代測序技術)的應用是人類基因測序史上的一次劃時代的革命。二代測序技術采用了邊合成邊測序法,在Sanger等測序方法的基礎上,一次對幾十萬到幾百萬條DNA分子進行序列測定,具有通量高、耗時短、成本低的特點,目前已經成為基礎和臨床醫學中的一項重要研究技術,正逐漸應用于罕見病、腫瘤等復雜性多種疾病的病因篩查和臨床診療工作中[11]。本研究中的2例患者正是通過二代測序技術篩查出致病基因,明確了臨床診斷和遺傳方式,為出生缺陷評估提供了依據。相信通過二代測序技術,大量以前不能明確病因的罕見病會被臨床醫學所認識。
1 Danielsson K,Mun LJ,Lordemann A,et al.Next-generation sequencing applied to rare diseases genomics.Expert Rev Mol Diagn,2014,14:469-487.
2 Thorat C,Xu K,Freeman SN,et al.What the Orphan Drug Act has done lately for children with rare diseases:a 10-year analysis.Pediatrics,2012,129:516-521.
3 馬端,李定國,張學,等.中國罕見病防治的機遇與挑戰.中國循證兒科雜志,2011,6:81-82.
4 Shashi V,Mc Conkie-Rosell A,Rosell B,et al.The utility of the traditional medical genetics diagnostic evaluation in the context of next-generation sequencing for undiagnosed genetic disorders.Genet Med,2014,16:176-182.
5 Yang Y,Muzny DM,Xia F,et al.Molecular findings among patients referred for clinical whole-exome sequencing.JAMA,2014,312:1870-1879.
6 Li M,Liang JY,Sun ZH,et al.Novel nonsense and frameshift NTRK1 gene mutations in Chinese patients with congenital insensitivity to pain with anhidrosis.Genet Mol Res,2012,11:2156-2162.
7 Beigelman A,Levy J,Hadad N,et al.Abnormal neutrophil chemotactic activity in children with congenital insensitivity to pain with anhidrosis (CIPA):the role of nerve growth factor.Clin Immunol,2009,130:365-372.
8 Vancsa A,Toth B,Szekanecz Z.BTK gene mutation in two non-identical twins with X-linked agammaglobulinemia associated with polyarticular juvenile idiopathic arthritis.Isr Med Assoc J,2011,3:579-580.
9 Sharma D,Gupta A,Goel S,et al.Large BTK gene mutation in a child with X-linked agammaglobulinemia and polyarthritis.Clin Immunol,2017,136:410-416.
10 趙培偉,何學蓮,丁艷,等.X 連鎖無丙種球蛋白血癥的臨床特點及基因檢測.臨床兒科雜志,2013,31:19-21.
11 Burillo-Sanz S,Montes-Cano MA,García-Lozano JR,et al.Mutational profile of rare variants in inflammasome-related genes in Behet disease:A Next Generation Sequencing approach.Sci Rep,2017,7:8453.
10.3969/j.issn.1002-7386.2017.24.051
項目來源:河北省科學技術研究與發展計劃項目(編號:17277728D);河北省醫學科學研究重點課題(編號:20160464)
050051 石家莊市,河北省人民醫院生殖遺傳科(張寧、孫艷美、羅艷、王方娜、高健、李亞麗),檢驗科(張明明),產科(王莉)
李亞麗,050051 石家莊市,河北省人民醫院生殖遺傳科;E-mail:lyl8703@sina.com
R 394.33
A
1002-7386(2017)24-3839-02
2017-07-03)