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水稻抗白葉枯病基因研究進展

2018-04-10 09:35:30翁佳仁
安徽農業科學 2018年10期
關鍵詞:水稻

何 翔,翁佳仁

(浙江師范大學化學與生命科學學院,浙江金華 321004)

水稻是一種超過30億人需求的主食作物。但是,水稻種植生產經常受到生物脅迫的影響,包括由病蟲害引起的各種疾病,以及由于全球變暖和氣候變化引起的干旱和洪澇等非生物脅迫的影響。其中由革蘭氏陰性菌黃單孢菌水稻變種(Xanthomonasoryzaepv.oryzae,Xoo)引起的白葉枯病是水稻生產中最嚴重的細菌性病害,嚴重制約著水稻的產量[1]。

白葉枯病突發、突變性強,傳播侵染的速度非常快,一旦暴發很難控制水稻的受害程度。目前,生產上廣泛使用化學藥劑防治病害,但白葉枯病是維管束病害,使用一般化學藥劑的防治效果很差,花費成本很高,因此,發掘并應用白葉枯病抗性基因是現今最經濟、安全、有效、易行和環保的保護手段。由于Xoo生理小種的不斷分化和新毒性病菌群體的出現,使一些導入有抗病基因的水稻種質資源在種植一段時間后會失去其抗性[2],因此,發掘鑒定新的水稻廣譜抗性基因十分必要。筆者概括近幾年水稻白葉枯抗性基因方面取得的進展,以促進水稻白葉枯病的防治。

1 水稻抗白葉枯病種質資源

水稻種質資源擁有大量豐富的抗病基因資源,是篩選和培育高產高抗廣譜優質水稻新品種的理想材料。長期大量研究成果和實際生產表明,掌握好抗病基因的出處,以改良水稻品種抗病性,是有效針對白葉枯病的一種手段。因此,挖掘應用水稻抗白葉枯病新品種資源,對水稻的高產、優質有重大意義。

目前,被鑒定報道并被國際注冊確認的已有42個水稻白葉枯抗性基因[3],水稻抗白葉枯病基因的來源主要有4處:栽培品種、野生稻種資源、人工突變及多基因聚合。

在栽培種質中篩選鑒定的抗病基因有20多個。鑒定于黃玉的有Xa1[4-5]、Xa12[6],鑒定于Tetep的有Xa2[7]、Xa16[8],鑒定于IR系列的有Xa4[9]、Xa11[10]、Xa18[11]、Xa40[12]、xa42[13-14],鑒定于明恢 63的有Xa3/Xa26[15-16]、xa25[17]、Xa25(t)[18]、Xa30(t)[19],鑒定于扎昌龍的有Xa22(t)[20]、Xa31(t)[21],還有其他的一些xa8[22]、Xa10[23-25]、xa13[26-27]、Xa14[28]、Xa17[29]、xa33(t)[30]、Xa36(t)[31]等被鑒定。其中,秈型常規稻又占絕大部分,如黃玉、Tetep、明恢 63、IR系列、密陽23(Xa18)、DV85(Xa7[32])、DV86(xa24(t)[33-34])、BJ1(xa13)、TN1(Xa14)等。

有11個基因篩選自野生稻種質資源。鑒定于長藥野生稻的Xa21[35-37],鑒定于普通野生稻的有Xa23[38-39]、Xa30(t)、Xa33[40]、Xa38[41],鑒定于小粒野生稻的有Xa27[42]、Xa35(t)[43],鑒定于藥用野生稻的Xa29(t)[44],xa32(t)[45]在疣粒野生稻中被篩選,Xa32(t)[46]在澳洲野生稻中被篩選,鑒定于非洲野生稻的xa41(t)[47]。

有4個基因是從通過物理或化學試劑誘變抗病品種獲得新的抗病種質中篩選出的。xa15[48]被鑒定于物理誘變的新種質M41中,xa19[49]、xa20[50]、xa42分別被鑒定于化學試劑誘變的新種質中。

有10個是從通過多基因聚合獲得新的抗病種質中篩選出的。鑒定于以金剛30 構建近等基因系CBB23 的抗病基因Xa23,鑒定于以IR24為遺傳背景構建近等基因系抗病基因有Xa1(IRBB1)、Xa2(IRBB2)、Xa3(IRBB3)、Xa4(IRBB4)、xa5[51-53](IRBB5)、Xa7(IRBB7)、xa13(IRBB13)、Xa21(IRBB21)、Xa27(IRBB27)[54]。

2 水稻抗白葉枯病基因定位

20世紀初英國遺傳學家 Biffen,證實抗病性是由基因控制,并且發現和其他的性狀一樣是獨立遺傳的。此后,隨著分子標記輔助選擇等其他高新技術的應用,其他新的抗性基因一一被鑒定出來。截至目前,已被發掘的有42個水稻白葉枯抗性基因(表1),已被定位的抗病基因有 34 個,已被克隆的基因有 10 個。關于除xa24(t)以外的其他水稻白葉枯病基因的克隆等前人都曾有過綜述[3,58],為此,僅對2015年至今新鑒定的抗白葉枯病基因作簡要介紹。

表1 水稻抗白葉枯病基因的定位、供體及連鎖標記

Xa40 基因是Kim等[12]由秈稻IR65482-7-216-1-2衍生的粳稻回交而篩選出的對韓國全部的Xoo品種(包括K3a)都有抗性的一個新的抗白葉枯病顯性基因。為了鑒定Xa40 是否是參與抗韓國Xoo種族的基因,來自于IR83261-3-7-23-6-2-1-1-2-1-2 的1個粳稻品系11325 被用來分別與 Anmi品種 和 Ilpum品種 雜交,在11325 / Anmi和11325 / Ilpum之間雜交的2個F群體中檢查基因型和表型變異的關聯時,發現11325 / Anmi和11325 / Ilpum雜交組合的 F個體的分離比率分別為578個抗性∶209個易感性和 555個抗性∶241個易感性,這與3∶1比率的預期等位基因頻率基本一致。遺傳分析結果表明,由顯性基因介導其抗性。利用DNA標記輔助與連鎖分析顯示,該基因定位在第 11 染色體上28.14 M和 28.22M bp 內標記的 RM27320 和 ID55.WA18-5 之間 80 kb 的區域。

xa41(t)基因是Hutin等[47]在白葉枯病易感基因OsSWEET14的啟動子中對169個水稻種質多態性的篩選后,才找到發現的一個單一的等位基因,刪除的18 個堿基對和已知激活該基因的幾個TAL效應子靶向的結合位點重合,TAL效應物AvrXa7 和 Tal5 由于啟動子區中的18 bp 的缺失阻止了其對OsSWEET14的誘導。OsSWEET14基因啟動子區的18 bp 缺失代表一個新的抗性等位基因,命名為xa41(t)。值得注意的是,無論其遺傳譜系和地理來源,xa41(t)都只對50%的菌株顯示出抗性。這一發現表明大多數依賴于靶向EBE的TAL效應子的菌株,其受到18-bp缺失的影響,導致對OsSWEET14誘導的不足。

xa42 基因是 Constantine等[14]通過用N-甲基-N-亞硝基脲處理易受 6 個菲律賓Xoo小種和 6 個日本Xoo小種感染的IR24,獲得抗Xoo的水稻突變株XM14。XM14對 6 個日本Xoo小種都顯示出抗性。再通過對XM14×IR24的F2代群體分析結果顯示出抗性易感性分離約為1∶3,表明是由隱性基因介導其抗性。并且利用 XM14 與對日本Xoo小種敏感的Koshihikari雜交后 F2群體中 10 株最短病變長度的植株測定抗性基因的近似染色體位置,DNA標記輔助分析表明該基因位于染色體 3 上。IAS16品系攜帶有 IR24 的遺傳背景,IAS16×XM14的 F2群體呈現離散分布。連鎖分析顯示該抗性基因定位在標記 RM20558 / RM20547 與RM20580 區間內的遺傳距離為 3.9 cM的區域,進一步在這個區域內作圖的標記,以縮小標記區域,最終使其標記 RM20572 和 DT46 之間的 34.8 kb 區域內,在這個34.8 kb區域內找到一個候選基因LOC_Os06g45960,再次對該候選基因進行預測,結果發現該基因可能編碼的是細胞色素P450蛋白。

3 水稻抗白葉枯病基因克隆

抗病基因的克隆是在分子水平上更好地理解寄主抗性機理的前提基礎,而對白葉枯病的研究就是理解其互作機制的一個最佳模式。被克隆的水稻白葉枯病抗性基因至今共有10個,其中4個是隱性抗病基因:xa5 、xa13、xa24(t)和xa25,6 個是顯性抗病基因:Xa21、Xa1、Xa3/Xa26、Xa10、Xa23 和Xa27。

3.1克隆的隱性抗病基因xa5,編碼由 Iyer 等[52]研究發現的含氨基酸106 個的小亞基(TFIIAγ);與其感病等位基因的序列差異僅在2個核苷酸上,致使第39 位的谷氨酸(抗病)突變成纈氨酸(感病)而造成功能的轉變,并且這種氨基酸位點的突變造成的功能轉變也存在其他抗病與感病品種中,表明其抗病表型與基因型的相關性都是保守的;介導的抗病性不抵御Xoo的增殖,只針對Xoo的轉移。

xa13,編碼的膜蛋白含有氨基酸 307 個,在啟動子區域的不同致使與其顯性等位基因編碼的蛋白產物有差異[26];專一抗性于菲律賓生理小種 6;與其顯性等位基因Xa13 都低水平表達于水稻葉片,但高水平表達于水稻的花序和花粉囊中;幾乎不受病原菌和損傷誘導,其顯性等位基因Xa13 能受 PXO99 強烈誘導卻不受機械損傷誘導。研究發現同時抑制隱性和顯性基因的表達,會提高植株的抗性,但會導致水稻雄性不育,說明xa13 基因同時控制水稻的抗病性和花粉的生長發育[27]。

xa24(t),源自秈稻 DV86,是Wu 等[59]利用與攜帶xa13的水稻品種等位性測試發現接種菲律賓小種6 的 DV86 在 F2群體中出現抗性與感病為 7∶9 的分離比,而找到的與xa13 不等位、獨立遺傳的新的隱性抗病基因;編碼一個由預測的候選基因CG1 翻譯的未知蛋白。水稻在接種白葉枯病原生理小種 6 后候選基因CG1 的表達量急速上升,而且上升的倍數很高[33]。xa24(t) 在水稻整個生長生育期都對中國生理小種 JL691和Xoo生理小種1、2、4、6 具有很高的抗性。除了水稻DV86抗病種質以外,還在DV85水稻抗病種質和AUS295水稻抗病種質中都發現有抗病基因xa24(t)。

xa25,是Liu 等[60]利用圖位克隆分離出的新隱性抗病基因;編碼一種在真核生物中普遍存在的 MtN3/saliva 家族的蛋白,與其顯性等位基因編碼蛋白產物的差異只在8個氨基酸上;對生理小種 PXO339 有著專一抗性,表達抗性在與其顯性等位基因Xa25 同存于一水稻品種中被削弱,與其感病等位基因抗病性的不同可能是由啟動子區域內多個位點的差異導致的。此外,顯性等位基因Xa25 和顯性等位基因Xa13 都是受到Xoo中特異的 TAL 效應子的誘導而表達,最終使水稻感病。

3.2克隆的顯性抗病基因Xa21,最先被圖位克隆分離出的抗病基因;編碼的類受體蛋白激酶含有氨基酸1 025 個,蛋白結構中有與抗病性相關的富含亮氨酸重復序列 (leucine rich repeats,LRRs) 區和絲氨酸/蘇氨酸激酶(serine/threonine kinase,STK) 區,其中LRRs 與Xoo的識別有關,STK 與信號傳遞有關[37];結構域功能是Zhang等[61]研究發現,配體與LRR 區有關,并且下游的信號傳導由激酶區決定;不依賴于Xoo的侵染影響而全程都在轉錄,但其抗病性受到水稻生長發育各個階段的影響,隨著水稻生長發育其抗病性逐漸增強,在分蘗期則完全抗病。

Xa1,編碼抗白葉枯病基因產物結構分類中的 NBS-LRR 蛋白。XA1 蛋白含有氨基酸 1 802 個,N-連接糖基化位點有 22 個,LRR 域中的6個都位于其第 36 位氨基酸上,因此推測其可能是糖蛋白。Yoshimura 等[4]研究表明,非親和及親和生理小種都能誘導Xa1 的表達,推測Xa1在識別Xoo的過程中發揮著功能。

Xa3/Xa26,是經過 DNA 指紋圖譜分析、精細定位、接種 Xoo 后的表型對比和候選基因的序列分析比對后發現是同一基因而被這樣命名的[15];有著3 309 bp 的編碼區和僅有的一個105 bp 大小的內含子,編碼的蛋白 LRR-受體激酶含氨基酸 1 103 個;編碼區約有一半與Xa21 相似, 抗病性在水稻整個生長發育過程中都介導而只有在水稻成熟期Xa21 才介導其抗性。Zhao 等[62]研究發現,Xa3/Xa26 LRR 結構域可能參與對不同Xoo小種的識別,同時其表達僅在維管束及周圍細胞且是低水平特異表達。

Xa23,是Wang等[39]借助圖位克隆法在金剛 30 與 CBB23 雜交出的F2代群體中克隆分離出的新的抗病基因,隨后對其候選基因進行預測,推測為LOC-Os11g37620;有著廣譜高抗性,對 1~7 個中國致病型小種、1~10 個菲律賓 小種以及1~3 個日本小種都有高抗性,并且是完全顯性和全生育期抗病;編碼的蛋白含有氨基酸113 個,蛋白與已知的 Xa10 蛋白有著一半的同源性,蛋白的跨膜螺旋結構也與 Xa10 蛋白有部分重疊,能被在所有Xoo生理小種中都存在的TALE效應因子AvrXa23 所激活;與其感病的等位基因xa23 具有相同的開放閱讀框區域(ORF113),感病等位基因xa23 在啟動子區域缺少AvrXa23 的TALE結合元件 (EBE),并發現Xa23 以識別Xoo的TALEs來發揮其抗病的功能。

Xa27,只有1個外顯子沒有內含子,是一個非基因內區的基因,能夠編碼含有113個氨基酸且有α-螺旋結構域的未知蛋白。Gu 等[55]研究發現Xa27 和其感病等位基因編碼的蛋白雖然相同,但在水稻接種 avr Xa27 后,所顯示的結果發現僅抗病基因表達。Xa27的誘導僅發生在感染組織的緊鄰處,其異常的表達方式導致對其他相容病原體的抗性。Xa27對親和或不親和Xoo都具有抗性,且在發生部位發現維管束次生細胞壁增厚,推測Xa27可能通過增加維管束次生細胞壁的厚度以抵御Xoo的侵害。為了證實推測的準確性,Wu等[63]通過亞細胞定位的結果發現,Xa27 蛋白被定位在水稻葉鞘維管束、木質部薄壁細胞以及根細胞的細胞膜和細胞壁上。

4 小結與展望

Xoo與抗病基因之間形成如同“軍事競賽”協同進化的矛盾統一體。但隨著更多的白葉枯病基因的發掘鑒定,為研究水稻與Xoo互作機制進一步奠定了理論基礎和實踐經驗。特別是針對xa13 的顯性等位基因感病機理的研究[57],使“基因對基因”的假說理論得到充實。截止目前,已發掘的抗白葉枯病基因多達 42 個,但這些抗病基因大多數存在或多或少的缺點,抗譜狹窄或抗性不足或由隱性基因控制等,導致在實際生產中利用的有效抗病基因其實并不多。同時,在長期的實際生產中,大范圍的種植單一有效基因抗源的種質勢必會引起Xoo種群遺傳結構的變化,Xoo生理小種的改變又會導致新育成的新種質失去抗性,如Xa4、Xa21 等[64]。這就要求在白葉枯病抗性基因鑒定克隆的基礎上,要更深入地解析抗病基因Xoo小種的識別及抗性反應的信號傳導機制,不斷地大力發掘新的抗病基因對我國乃至全世界的水稻生產都具有重要意義。

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