1949年,新中國衛生部成立,當時沒有醫療保險,公費醫療包含在醫療服務提供之中,由衛生部直接管理。勞保醫療則由勞動部門管理。
上世紀90年代,在江蘇鎮江和江西九江兩個城市的試點基礎上,國務院決定建立城鎮職工基本醫療保險制度。在1998年推行的政府機構改革中,原來由衛生部負責的公費醫療管理職能和正在建立的城鎮職工基本醫療保險制度一并劃轉到勞動和社會保障部管理。
2002年10月《中共中央 國務院關于進一步加強農村衛生工作的決定》提出,在全國建立和完善農村合作醫療制度和醫療救助制度,新農合由衛生部負責,醫療救助由民政部負責。
2007年,國務院決定在全國建立城鎮居民基本醫療保險制度,并確定由勞動和社會保障部負責管理。至此,“3+1”基本醫療保障制度框架初現,4項制度分屬3個不同的國務院組成部門管理。
2016年,國務院決定整合城鎮居民基本醫療保險和新農合為城鄉居民基本醫療保險,基本醫療保障制度構架變為“2+1”。但國務院并未明確城鄉居民基本醫保管理的歸口問題。
2018年3月,國務院機構改革方案確定,將人力資源和社會保障部的城鎮職工和城鎮居民基本醫療保險、生育保險職責,國家衛生和計劃生育委員會的新農合職責,國家發展和改革委員會的藥品和醫療服務價格管理職責,民政部的醫療救助職責整合,組建國家醫療保障局,作為國務院直屬機構。
