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整合調控網絡分析篩選骨髓增生異常綜合征ABAT基因相關長鏈非編碼RNA SET2-1及其對細胞增殖和凋亡的影響

2021-02-01 08:28:20王小欽陳燕珍趙光杰吳宛玲李念夷
復旦學報(醫學版) 2021年1期

王 倩 王小欽 陳燕珍 趙光杰 吳宛玲 李念夷△

(1復旦大學附屬華山醫院血液科,2國際醫療中心 上海 200040)

骨髓增生異常綜合征(myelodysplastic syndromes,MDS)是一組造血干/祖細胞克隆性疾病,表現為髓系發育不良,血細胞減少,并有進展為急性髓系白血病的風險[1]。對MDS發生的分子機制認識至今仍十分有限,阻礙了MDS治療的進展[2]。近年來表觀遺傳學改變在MDS發生中的作用日益受到重視。長鏈非編碼RNA(long noncoding RNA,LncRNA)是一類由RNA聚合酶Ⅱ合成、長度大于200個核苷酸、沒有長閱讀框架的RNA[3]。功能研究表明LncRNA在表觀遺傳學水平對細胞生命活動發揮著重要的調控作用[4]。雖然目前已有研究表明 HOXB-AS3[5]、XIST[6]、MEG3[7]等LncRNA與MDS有關,但相對LncRNA眾多的基因數量和在高等真核生物復雜調控網絡中的重要作用,仍有大量可能參與MDS病理過程的LncRNA未被發現。我們在前期研究中發現ABAT基因在MDS患者中具有高甲基化低表達的特點,ABAT的異常表達與MDS的不良預后有關,且可影響MDS轉白細胞系的增殖和凋亡[8-9],但對于調控ABAT的上游分子仍不明確。近年來的研究表明,通過對多種高通量分析方法得到的數據進行整合分析,相比只對單一芯片數據進行分析更加有助于揭示腫瘤發生過程中復雜的生物調控過程[10-11]。因此,本研究中我們將MDS患者與對照者骨髓標本的 DEGs、DEMs、DELs進行整合分析,構建具有MDS特征的調控網絡,從中篩選出調控ABAT的LncRNA,并對其在MDS中的功能進行初步研究。本研究有助于進一步了解LncRNA在MDS發生過程中的作用,以期為MDS的治療提供新的策略和靶點。

資料和方法

標本來源LncRNA檢測選擇2015年1月1日至2016年12月30日復旦大學附屬華山醫院血液科收治的23例MDS患者,其中男性15例、女性8例,平均年齡65歲(29~82歲);……

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