節(jié)律基因在乳腺癌中表達變化的研究

張明暉，趙妍，孫雅麗，魏海波，楊春潔

赤峰市醫(yī)院腫瘤內(nèi)三科，內(nèi)蒙古 赤峰 024000

晝夜節(jié)律是由一組基因節(jié)律性表達形成的24 h周期振蕩的自主調(diào)節(jié)轉(zhuǎn)錄-翻譯反饋回路。Michael Rosbash等因發(fā)現(xiàn)調(diào)控晝夜節(jié)律的分子機制并分離得到節(jié)律基因，獲得了2017年諾貝爾生理學(xué)或醫(yī)學(xué)獎。晝夜節(jié)律基因不僅控制晝夜節(jié)律，而且還調(diào)節(jié)生物體的生理機能和行為，如睡眠、攝食行為、體溫和血壓、激素分泌等。研究發(fā)現(xiàn)，晝夜節(jié)律的異常表達與人類多種疾病有關(guān)，如腫瘤。有研究報道，晝夜節(jié)律基因的破壞會導(dǎo)致某些惡性腫瘤的發(fā)生率提高，如乳腺癌、肺癌。乳腺癌是女性發(fā)病率最高的腫瘤，嚴(yán)重威脅女性健康。本研究通過統(tǒng)計學(xué)和生物信息方法探討節(jié)律基因在乳腺癌中的表達變化、甲基化和突變的改變，現(xiàn)報道如下。

1 資料與方法

1.1 節(jié)律基因表達數(shù)據(jù)的獲取

首先從NCBI數(shù)據(jù)庫（ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/）中下載基因功能注釋文件，并通過搜索關(guān)鍵詞“Rhythm/Circadian”篩選出與晝夜節(jié)律功能相關(guān)的184個基因。再通過NCBI-Gene數(shù)據(jù)庫（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/）對每個基因進行檢索，并通過 NCBI-PubMed（https：//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/）數(shù)據(jù)庫搜索已有文獻證實的基因。最終確定了32個節(jié)律基因。從癌癥基因組譜數(shù)據(jù)庫（TCGA，https：//www.cancer.gov/）中獲取節(jié)律基因在乳腺癌中的表達數(shù)據(jù)，其中乳腺癌數(shù)據(jù)中有1109個腫瘤組織樣本和113個正常組織樣本。

1.2 節(jié)律基因甲基化和突變數(shù)據(jù)的獲取

t