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西帕依固齦液治療糖尿病足潰瘍效果及網絡藥理學分析*

2023-02-15 13:34:38李金耀李建德季志紅
中國藥業 2023年2期
關鍵詞:數據庫模型

李 茜,郝 夢,李金耀,李建德,劉 婷,季志紅

(1.新奇康藥業股份有限公司,新疆 烏魯木齊 830011;2.新疆大學生命科學與技術學院,新疆 烏魯木齊 830049;3.新疆醫科大學第四附屬醫院,新疆 烏魯木齊 830054;4.新疆奇沐醫藥研究院,新疆 烏魯木齊 830011;5.新疆中藥<民族藥>制藥共性關鍵技術研究重點實驗室,新疆 烏魯木齊 830011)

糖尿病足潰瘍(DFU)為嚴重的慢性糖尿病并發癥,臨床主要表現為伴有神經病變和周圍血管病變的足部潰瘍[1]。DFU 可導致感染、壞疽、截肢,甚至死亡,給患者帶來身體痛苦和經濟負擔。目前主要治療手段為在控制血糖基礎上,清潔護理創面、控制感染、增加血流灌注和足部減壓[2]。中醫將DFU 歸為“脫疽”,多以清熱解毒、祛腐排膿、活血散瘀、消癰止痛為治療原則[3]。西帕依固齦液主要組成藥材為沒食子,具有清熱解毒、化腐消癰、活血逐瘀功效,主要用于治療牙周疾病引起的牙齒酸軟、牙齦出血、口舌生瘡,咽喉腫痛等病癥[4]。本研究中探討了西帕依固齦液促進模型大鼠DFU愈合的效果,并結合網絡藥理學分析其作用機理,為后續研究該制劑治療DFU的藥物效應動力學和機制提供參考,同時為制劑的二次開發探索提供研究基礎?,F報道如下。

1 材料與方法

1.1 儀器、試藥與動物

儀器:PL2002型分析電子天平(梅特勒-托利多儀器<上海>有限公司);EQ2016 -037 型顯微鏡(德國Leica公司)。

試藥:西帕依固齦液(新奇康藥業股份有限公司,批號為191021,規格為每瓶100 mL);鏈脲佐菌素(STZ,美國西格瑪奧德里奇公司,批號為190209)、檸檬酸、檸檬酸三鈉均為分析純;水為純化水。

動物:SD 大鼠50 只,健康潔凈級,雄性,5~7 周齡,體質量(200±20)g,均購自新疆農業大學,實驗動物生產許可證號SCXK(新)2018 -0002,倫理批件號2019011。所有大鼠均于無特定病原體環境中飼養,溫度(25±2)℃,相對濕度(50±5)%,人工光照12 h/12 h明暗交替,自由進食飲水,適應性喂養1周。

1.2 方法

1.2.1 動物實驗

糖尿病模型建立:適應期結束后即稱定大鼠體質量,并隨機分為空白組(10只)及實驗組(40只)。實驗組采用飲食誘導+化學試劑誘導的方法建模,給予正常飲食、飲水,灌胃高脂乳劑飼料(每100 g體質量0.6 mL),每天1次,持續飼喂30 d,每5 d記錄1次體質量,并觀察大鼠形態變化;30 d后腹腔注射1%STZ溶液(60 mg/ kg),連續注射3 d后,禁食12 h,于次日清晨對實驗組大鼠尾尖部針刺采血,使用血糖儀和試紙測量血糖,連續2 次血糖>16.7 mmol/L即為糖尿病大鼠模型復制成功。

DFU 模型建立:取糖尿病模型大鼠,對其左踝關節周圍1.5 cm 范圍脫毛,后期用藥階段中每3 d 重復脫毛1 次,用棉簽蘸取飽和氫氧化鈉溶液涂抹于裸露皮膚持續30 s后,用生理鹽水和清水多次反復清洗以建立足部潰瘍模型。涂抹氫氧化鈉時,注意控制涂抹面積大致相當且均勻,建模成功后,記錄大鼠初始潰瘍面積,并每7 d 記錄1 次潰瘍愈合情況。此期間給予所有大鼠正常飲食、飲水,不給予其他處理。

分組及給藥:將實驗組26只DFU模型大鼠隨機分為模型組和給藥組,各13只。模型組大鼠2次血糖平均值分別為(18.4±3.4)mmol/L、(18.3±3.4)mmol/L,給藥組分別為(18.5±3.4)mmol/L、(20.0±3.3)mmol/L。給藥組大鼠潰瘍區域沖洗涂抹西帕依固齦液,每只2 mL,早晚各1次,先徹底沖洗潰瘍面,再用棉簽拭去多余液體。每次給藥后以無菌紗布覆蓋并固定。模型組及空白組大鼠給予等體積生理鹽水。連續給藥14 d。

檢測指標:于治療第1,7,15 天采用計算機像素點法測量潰瘍面積,計算潰瘍面抑制率。潰瘍抑制率(%)=(模型組大鼠潰瘍面積-給藥組大鼠潰瘍面積)/模型組大鼠潰瘍面積×100%。對大鼠腹主動脈采血,取血清,采用酶聯免疫吸附(ELISA)法檢測表皮生長因子(EGF)水平。取大鼠潰瘍部位組織,固定于10%中性甲醛溶液中,脫水、透明、浸蠟、包埋、切片、蘇木素-伊紅(HE)染色、封片后,顯微鏡下觀察組織形態并攝片。

統計學處理:采用SPSS 20.0 統計學軟件分析。計量資料以表示,行t檢驗。P<0.05 為差異有統計學意義。

1.2.2 網絡藥理學

化學成分及靶點獲取:以“沒食子”為檢索詞,在中國知網、萬方醫學網以及Geen Medical 等平臺獲取相關文獻,總結整理沒食子化學成分;將成分導入中藥系統藥理學數據庫和分析平臺(TCMSP,https:// tcmspw.com/ tcmsp.php),設置口服生物利用度(OB)≥30%進行篩選。根據現有文獻報道補充沒食子酸乙酯(OB=25.61%),建立西帕依固齦液的成分數據庫;通過TCMSP 獲取成分的靶點,運用Uniprot 數據庫(https://www.uniprot.org/)下載靶點標準名稱文件,對靶點進行標準化處理,構建西帕依固齦液的靶點數據庫。

疾病靶點獲?。阂浴癉iabetic foot ulcer”為關鍵詞,分別檢索藥物數據庫(DrugBank,https:// go.drugbank.com/)、人類基因組數據庫(GeneCards,https:// www.genecards.org/)、人類孟德爾遺傳數據庫(OMIM,https:// omim.org/)、治療靶點數據庫(TTD,https://go.drugbank.com/)獲取DFU 相關靶點,去重后構建DFU的靶點數據庫。

交集靶點獲?。豪肦 語言3.6.1 軟件,整理前述2個靶點數據庫文件,獲取二者的交集靶點。

“成分-靶點”網絡構建:將交集靶點、藥物-成分關系、成分-靶點關系相關數據導入Cytoscape 3.8.0軟件,構建“成分-靶點”網絡。成分及靶點的形狀大小反映Degree值大小。

蛋白質相互作用(PPI)網絡構建及分析:利用String數據庫(https:// string -db.org/),選擇“Multiple proteins”,導入交集靶點文件相關數據,物種選擇“Homo sapiens”,參數設置為“最低要求評分0.4分”“刪除游離節點”,獲取PPI 網絡圖。將PPI 網絡關系相關數據導入Cytoscape 3.8.0 軟件,以“Degree centrality,DC”“Closeness centrality,CC”“Betweenness centrality,BC”“Eigenvector centrality,EC”“Network centrality,NC”“localaverage Connectivity,LAC”為篩選條件,選取以上6個拓撲特征值均大于其相應中位數的靶點作為核心靶點,進行2輪分析,構建PPI拓撲分析圖。

富集分析:利用R 語言3.6.1 軟件的“dose bioconductor”“clusterprofiler bioconductor”“enrichplot bioconductor”“pathview bioconductor”包,對交集靶點進行基因本體論(GO)和京都基因與基因組百科全書(KEGG)富集分析,設定顯著性條件為q.adjust <0.05,篩選顯著的生物功能和信號通路,并制作氣泡圖和條形圖。

分子對接驗證:將“成分-靶點”網絡與PPI中Degree值排名前3的成分與靶點進行對接。從PubChem 數據庫(https:// pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/)中下載配體文件,利用Chem3D 軟件對配體進行能量最小化處理。從蛋白質結構數據庫(PDB,http://www1.rcsb.org/)中下載受體結構文件,利用PyMOL 對受體進行去水和除雜等處理;通過AutoDockTools 1.5.6軟件確定配體、受體結合的活性口袋相關參數,并進行半柔性分子對接。借助PyMOL繪制最佳對接模型圖。結合能小于0 kcal/mol表明配體能和受體自發結合,結合能越小對接越好。小于-5.0 kcal/mol,表明結合性較好。

2 結果

2.1 動物實驗

大鼠一般情況:大鼠體質量變化情況見表1。實驗期間空白組大鼠體質量持續升高,給藥組和模型組大鼠僅在前期飲食誘導期間升高。在糖尿病模型復制成功后,大鼠皆出現典型的“三多一少”癥狀。且大鼠表觀毛色偏黃,暗淡無光澤,并有精神萎靡表現,其中1只大鼠出現厭食等抑郁相關癥狀。實驗結束后,給藥組大鼠潰瘍面出現修復狀態,潰瘍顏色變淡,且未出現擴大現象;模型組大鼠潰瘍顏色較深,其中個別潰瘍面擴大。

表1 大鼠體質量變化情況(,g)Tab.1 Changes of body mass in rats(,g)

表1 大鼠體質量變化情況(,g)Tab.1 Changes of body mass in rats(,g)

檢測指標:給藥7 d 及15 d 后給藥組大鼠潰瘍面積明顯小于模型組(P<0.05),見表2。給藥15 d時給藥組大鼠潰瘍抑制率為58.38%。與空白組比較,模型組EGF水平顯著降低[(558.13 ± 87.84)pg/ mL 比(666.13 ±134.21)pg/mL,P<0.05];與模型組比較,給藥組EGF水平顯著升高[(638.82± 154.54)pg/mL 比(558.13 ±87.84)pg/mL,P<0.05]。

表2 給藥后大鼠潰瘍面積比較(,mm2,n=13)Tab.2 Comparison of ulcer area of rats after administration(,mm2,n=13)

表2 給藥后大鼠潰瘍面積比較(,mm2,n=13)Tab.2 Comparison of ulcer area of rats after administration(,mm2,n=13)

注:與模型組比較,*P <0.05。Note:Compared with those in the model group,*P <0.05.

組織病理情況:結果見圖1??瞻捉M大鼠潰瘍組織可見毛囊腺體下有脂肪組織,無修復,毛囊及表皮完整。模型組可見組織間有水腫,脂肪細胞少;有經修復形成的角質化新的凹凸面,潰瘍面大;潰瘍區域未見毛囊再生。給藥組可見潰瘍后的修復,毛囊再生過程不完善,且脂肪細胞較模型組增多。

圖1 大鼠組織病理學觀察(HE,×200)A1,A2.Blank group B1,B2.Model group C1,C2.Administration groupFig.1 Histopathological observation of rats(HE,×200)

2.2 網絡藥理學

2.2.1 化學成分及靶點篩選

通過文獻挖掘及后續篩選,獲得西帕依固齦液化學成分7個;作用靶點54個,去重后得40個。結果見表3。分別從DrugBank,GeneCards,OMIM,TTD 數據庫中獲得DFU 作用靶點2 391,170,15,3 個,去重后共得靶點2 429 個。取交集共得到29 個靶點,詳見表4。

表3 西帕依固齦液化學成分及靶點數量Tab.3 Chemical composition and number of targets of Xipayi Mouth Rinse

表4 西帕依固齦液-DFU交集靶點Tab.4 Intersection targets of Xipayi Mouth Rinse -DFU

2.2.2 網絡構建

“成分-靶點”網絡:29個交集靶點與7個活性成分匹配后,最終得到6 個具有抗DFU 作用的活性成分,分別為鞣花酸(MOL001002)、沒食子酸(MOL000513)、沒食子酸甲酯(MOL001906)、沒食子酸乙酯(MOL001907)、丁香酸(MOL001807)、間雙沒食子酸(MOL000569),結果見圖2。

圖2 西帕依固齦液-DFU“成分-靶點”網絡Fig.2 ″Component-Target″ network of Xipayi Mouth Rinse-DFU

交集靶點PPI 網絡:29 個交集靶點的PPI 網絡包括29 個節點,140 條邊,平均Degree 值9.66,PPI 富集P值<1.0×10-16;將該網絡關系導入Cytoscape 3.8.0軟件進行拓撲分析,第一輪篩選閾值為BC ≥6.677 777 778,CC ≥0.346 590 909,DC ≥9,EC ≥0.346 590 909,LAC ≥6.888 888 889,NC ≥7.75,共獲得9個中心節點。詳見圖3。

圖3 PPI拓撲分析圖Fig.3 PPI topological graph

2.2.3 富集分析

GO 功能富集:共得到1 240(q.value <0.05)個條目,包括生物過程(BP)1 094 條,分子功能(MF)127 條,細胞組分(CC)19 條;可視化處理各部分注釋結果的前10條,結果見圖4。西帕依固齦液治療DFU的靶點,主要參與調節對脂多糖、類固醇激素、細菌來源分子反應等過程的調控;作用主要體現在酰胺結合、RNA 聚合酶Ⅱ一般轉錄起始因子結合、肽結合等方面;主要集中于調控細胞質囊泡腔、囊泡腔、小窩等部位。

圖4 西帕依固齦液-DFU的GO功能富集可視化分析Fig.4 Visualization analysis of GO function enrichment of Xipayi Mouth Rinse-DFU

KEGG 通路富集:共得到124 條(q.value <0.05)信號通路,將前30條通路進行可視化處理,結果見圖5。主要涉及前列腺癌、鉑類耐藥、乙型肝炎、人類巨細胞病毒感染、癌癥中的蛋白多糖、膀胱癌、卡波西肉瘤相關皰疹病毒感染、流體剪切應力和動脈粥樣硬化、小細胞肺癌、IL-17 信號通路等。提示西帕依固齦液可能通過調節多個通路發揮治療DFU的作用。

圖5 西帕依固齦液-DFU的KEGG通路富集可視化分析Fig.5 Visualization analysis of KEGG pathway enrichment of Xipayi Mouth Rinse-DFU

2.2.4 分子對接

鞣花酸、沒食子酸、沒食子酸甲酯分別與細胞腫瘤抗原(TP53)、血管內皮生長因子A(VEGFA)、半胱氨酸蛋白酶-3(CASP3)進行分子對接,結合能均小于0 kcal/mol。分子對接結果見表5及圖6至圖8。

表5 核心成分與核心靶點的分子對接結果Tab.6 Results of molecular docking between key components and key targets

圖6 鞣花酸-核心靶點的分子對接結構圖A.Ellagic acid-TP53 B.Ellagic acid-VEGFA C.Ellagic acid-CASP3Fig.6 Molecular docking structure of ellagic acid-key targets

圖7 沒食子酸-核心靶點的分子對接結構圖A.Gallic acid-TP53 B.Gallic acid-VEGFA C.Gallic acid-CASP3Fig.7 Molecular docking structure of gallic acid-key targets

圖8 沒食子酸甲酯-核心靶點的分子對接結構圖A.Methyl gallate-TP53 B.Methyl gallate-VEGFA C.Methyl gallate-CASP3Fig.8 Molecular docking structure of methyl gallate-key targets

3 討論

DFU 多種病因共存,目前尚未完全闡明其發病機制。目前普遍認為其主要與足周圍神經病變、血管病變及足部感染有關。DFU 發生的主要危險因素之一是足周圍神經病變,其主要累及感覺神經、運動神經和自主神經,尤其末梢神經病變。血管病變亦是影響DFU 預后的重要因素之一,其中包括微血管病變和大血管病變。動脈粥樣硬化是大血管病變的主要病理改變,多數學者考慮DFU 的主要發病機制之一是下肢動脈硬化。感染是DFU 的發生并趨于加重的重要原因之一,其增加局部耗氧及促凝物質產生,加重缺血,從而加重壞疽[5]。

測量DFU 模型大鼠潰瘍面積采用計算機像素點法(以中國人民銀行1角硬幣為參照物)。于電腦繪圖工具中分別圈索出潰瘍區域與硬幣區域,記錄像素點。以潰瘍區域像素點和硬幣像素點的比值乘以硬幣的面積,即得大鼠足部潰瘍區域的面積。潰瘍創面的愈合是創面修復的過程。脂肪細胞對創面修復有重要作用,能分泌合成轉化生長因子1、血管內皮生長因子、腫瘤壞死因子-α、骨形成蛋白等60 多種蛋白[6],從而促進表皮細胞的增殖和分化,進而形成良好的表皮層結構。毛囊與皮膚創面的修復及瘢痕的形成具有密切關系,其再生程度可反映潰瘍創傷深部及表層的修復情況。關于毛囊與創傷修復的研究證實,毛囊單位可有效促進創面愈合[7-8]。

有研究表明,EGF 可增加DFU 患者傷口處的膠原含量,促進肉芽組織快速形成,有利于傷口的愈合。本研究中也發現,西帕依固齦液可顯著增加DFU 模型大鼠的EGF水平,促進創面愈合[9-12]。

沒食子作為西帕依固齦液主要組成藥材,其主要活性成分為沒食子酸、鞣花酸等成分,具有固澀、收斂、燥濕、止血、消炎等功效[13]。成分-靶點網絡顯示,西帕依固齦液抗DFU 的核心成分可能是鞣花酸、沒食子酸等。鞣花酸屬鞣質類成分,具有抗炎、抗氧化、抗菌、降糖、調脂作用[14-16]。沒食子酸具有顯著的抗炎、抗菌、抗病毒、抗氧化等作用,對心血管系統疾病、神經系統疾病、糖尿病、肝纖維化和腫瘤等具有防治作用[17-18]。PPI 網絡顯示,TP53,VEGFA,CASP3 等為核心靶點。TP53 具有調控細胞分裂和增殖的作用。VEGFA 在血管的生成和發生及內皮細胞生長中有重要作用,可誘導內皮細胞增殖、促進細胞遷移、抑制凋亡并誘導血管通透性,對生理和病理性血管生成均必需。CASP3 在細胞凋亡的執行階段起關鍵作用,與癌癥的發生、衰老、心血管疾病的發生等有重要聯系。KEGG 富集分析顯示,PI3K-Akt、NF-κB信號通路等為核心通路。PI3K/Akt信號通路可介導多種細胞信號傳遞并調節細胞自噬、增殖、轉錄、翻譯等多個過程[19]。PI3K-Akt-mTOR 信號通路有獨立的激活劑,介導內皮細胞遷移、促進新生血管形成,從而促進DFU 愈合[20]。細胞外囊泡是PI3KAkt-mTOR信號通路的激活劑之一,可通過激活PI3KAkt-mTOR通路,加速血管內皮細胞的遷移,增加傷口的血管密度,從而促進糖尿病小鼠的創面愈合[21-22]。NF-κB是一種異源性二聚體,它不僅與慢性低度炎癥相關還與糖尿病等代謝性疾病相關。DFU創面愈合可由JNK-NFκB-NLRP3信號通路介導,NF-κB、NLRP3活化時可使糖尿病創面的炎癥細胞浸潤,延長炎癥持續狀態,減慢糖尿病創面的愈合速度[19]。

綜上所述,西帕依固齦液可通過減少足部潰瘍面積,增加病灶組織的脂肪細胞和再生毛囊數量,發揮抗大鼠DFU作用。其作用機制可能與西帕依固齦液中鞣花酸、沒食子酸等核心成分作用于TP53,VEGFA,CASP3等核心靶點,繼而影響PI3K-Akt、NF-κB 等信號通路有關。本研究為后續西帕依固齦液治療DFU的藥物效應動力學及機制研究奠定了基礎,并為西帕依固齦液二次開發利用研究提供參考依據。

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