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河南豫東地區661例非小細胞肺癌常見驅動基因突變分析

2024-01-30 06:32:50王延賀雅靜黃立娜張玉文
實用醫學雜志 2024年1期
關鍵詞:基因突變檢測研究

王延 賀雅靜 黃立娜 張玉文

商丘市第一人民醫院病理科(河南商丘 476000)

肺癌是發病率和病死率最高的惡性腫瘤之一。近十余年來,肺癌的靶向治療取得了極大的發展并廣泛應用于臨床,顯著延長患者的無進展生存時間,改善了預后。大量研究[1-2]表明,驅動基因的突變狀態可以作為靶向藥物治療療效的重要預測因子。常見基因如EGFR、ALK、ROS1 可指導對應抑制劑的治療,而KRAS 是EGFR-TKIs 類藥物的負向預測因子[3],其他罕見靶向驅動基因突變也逐漸被收錄到國內外指南中[4-7]。越來越多的驅動基因被發現及相對應靶向藥物的問世,給晚期NSCLC 患者帶來了新的希望,使NSCLC 的個體化精準治療再進一步。

中國幅員遼闊,人口眾多,由于受到地域、飲食、檢測方法等多種因素的影響,使得國內不同地區對NSCLC 患者的驅動基因突變研究結果之間存在一定的差異[8-9]。目前關于河南豫東地區的NSCLC 患者驅動基因的突變情況尚缺乏研究數據,本研究通過回顧性分析該地區661 例NSCLC患者的常見驅動基因突變情況,以期為NSCLC 患者的靶向治療提供數據支持。

1 資料與方法

1.1 一般資料從病理報告系統調取2022年3 月至2023年7 月期間就診于商丘市第一人民醫院,并使用石蠟組織樣本進行多基因檢測的NSCLC病例,通過查詢電子病歷、病理分型,結合各種影像學檢查結果確定TNM 分期。納入標準:(1)經活檢、穿刺、胸水沉渣或術后組織病理確診的NSCLC;(2)均為初診初治;(3)臨床病理資料完整。本研究經商丘市第一人民醫院倫理委員會批準(編號:KS2023025)。

1.2 檢測方法入組病例均切取適量蠟卷,脫蠟后采用核酸提取試劑盒(廈門艾德生物醫藥股份有限公司)提取DNA 和RNA,提取后的DNA 和RNA 立即加體系、上機,進行PCR 擴增。檢測方法使用突變擴增系統(ARMS-PCR)法,所用的試劑盒是5 種突變基因檢測試劑盒(廈門艾德生物醫藥科技股份有限公司),檢測基因包括EGFR、ALK、ROS1、RET、MET14、KRAS、NRAS、BRAF、HER2、PIK3CA。使用ABI7500 實時熒光定量PCR 儀進行擴增,所有操作均由具有基因檢測資質人員在規范化基因擴增實驗室嚴格按照標準操作程序完成。

1.3 統計學方法采用SPSS 17.0 軟件對數據進行統計學分析,計數資料以例(%)表示,組間比較行χ2檢驗或Fisher 確切概率法,P<0.05 表示差異有統計學意義。

2 結果

2.1 NSCLC患者10種驅動基因檢測結果661例NSCLC 患者中,有447 例至少發生一種驅動基因突變,總突變率67.62%(447/661),單基因突變率為63.54%(420/661),多基因突變率為4.08%(27/661),多位點突變率為2.27%(15/661),32.38%(214/661)的患者未檢測到突變。

EGFR 基因是NSCLC 患者最主要、最常見的驅動基因,突變率為47.35%(313/661),最主要的突變類型是21exon L858R 突變(146 例,46.65%),其次是19del突變(134例,42.81%)。此外,檢測到EGFR少見突變20ins 12 例,G719X 14 例,L861Q 3 例,G719X+S768I 2 例,G719X+L861Q 2 例,L858R+T790M 5 例,19del+T790M 4 例。

檢測結果中存在著多基因共突變的情況,EGFR+KRAS 2exon 8 例,EGFR+PIK3CA 突變9 例,EGFR+RET 突變2 例,EGFR+BRAF 突變2 例,KRAS 2exon+ BRAF 2 例,ALK+MET14 跳突2 例,PIK3CA+HER2 20exon 2 例。

部分驅動基因與臨床病理特征存在一定的相關性,見表1。此外,吸煙者與非吸煙者的總驅動基因突變率分別為51.51%(154/299)、80.94%(293/362),差異有統計學意義(P<0.05)。

2.2 沉渣細胞塊標本與其他標本突變率對比入組的661 例NSCLC 患者中,標本類型有手術標本、小活檢標本、沉渣細胞塊標本和轉移灶標本,4 種類型標本的驅動基因突變率進行組間比較,差異有統計學意義(χ2=8.433,P<0.05),見表2。除沉渣細胞塊標本外,其他3 種類型(后文稱其他類型標本)的標本共586 例,突變率為66.21%(388/586),沉渣細胞塊標本與其他類型標本的驅動基因突變率相比,差異有統計學意義(χ2=4.711,P<0.05),見表3。

表2 4 種不同類型標本的NSCLC 驅動基因突變率的對比分析Tab.2 Comparative analysis of NSCLC driver gene mutation rates in 4 different types of specimens 例(%)

表3 沉渣細胞塊標本與其他類型標本驅動基因突變率的對比分析Tab.3 Comparative analysis of driver gene mutation rate between sediment cell block specimen and other types of specimens例(%)

3 討論

雖然肺癌的早期篩查已被提上日程,但已患病的肺癌人群所引起的社會、家庭負擔仍是一個十分嚴峻的公共衛生問題。本研究立足于該熱點,重點分析了NSCLC 中常見驅動基因的突變情況及其與臨床病理特征的相關性。結果發現,有67.62%的患者存在至少1 種驅動基因的突變,其中EGFR 突變率最高,為47.35%,其次是KRAS(9.68%)、ALK(5.45%)、PIK3CA(2.87%)、ROS1(1.82%)、BRAF(1.82%)、HER2(1.21%)、RET(0.91%)、MET14(0.61%)和NRAS(0%)。此外,本研究檢測出單基因雙突變、雙基因突變。

研究結果表明,驅動基因的突變與患者性別、病理類型、臨床分期及吸煙史有一定相關性。女性患者的EGFR、ROS1、HER2 基因突率顯著高于男性,而男性患者KRAS 基因突變率高于女性。EGFR、KRAS、ALK 基因在腺癌患者中的突變率最高,顯著高于鱗癌或NSCLC.NOS 患者,而ALK、ROS1、RET、BRAF、MET14 和HER2 基因則只發生于腺癌患者中。EGFR的臨床病理特征與陳琳等[10]研究結果一致。

本研究中PIK3CA 在NSCLC 和腺癌中的突變率分別為2.87%、2.43%,且多與其他驅動基因聯合突變,與鄧慶等[11]研究基本接近。但PIK3CA 在NSCLC 中的突變率明顯低于何燕等[12]報道,考慮可能與本研究使用的是多基因聯合檢測試劑盒,較文獻中PIK3CA 單檢試劑檢測位點少有關。關于PIK3CA 的臨床病理特征,有待擴大樣本量及增加基因檢測位點后再進一步深入研究。

與吸煙者相比,非吸煙者的總驅動基因突變率明顯較高,EGFR、ALK、PIK3CA、ROS1、BRAF 和HER2 常發生于非吸煙患者中,而KRAS 基因則更易發生于吸煙者中。BRAF 基因在NSCLC 中的突變率為1.82%,低于LIN 等[13]報道,考慮可能與本研究所使用PCR 試劑盒中僅設計了V600 引物有關。此外,針對吸煙與BRAF 基因之間的關系,本文與PERRONE 等[14]研究結果一致。吸煙者與非吸煙者的驅動基因存在的差異,提示二者的發病機制可能不同。

該研究發現,KRAS 基因更易發生于早期的肺癌患者中,EGFR、ALK、ROS1、PIK3CA、HER2、BRAF、RET 和MET14 的突變則與臨床分期無明顯相關性。

賽沃替尼是一種高選擇性MET 小分子酪氨酸激酶抑制劑,因其良好的治療效果,使MET 基因快速成為一個研究熱點。HUANG 等[15]研究表明,MET 變異在肉瘤樣癌中發生率最高,亦可小概率的發生于腺癌和鱗癌中。本研究中MET14 基因突變率為0.61%,均發生在腺癌患者中,與既往研究存在一定出入,考慮可能與研究樣本中無肉瘤樣癌或MET14 突變病例多為活檢標本,其病理診斷與真實世界存在一定差異有關。此外,該研究使用ARMS-PCR 的檢測方法,僅檢測已知位點,可能也是突變率與文獻報道存在出入的重要原因。

既往觀點通常認為,肺癌驅動基因是互斥的[16]。但隨著國內腫瘤多基因檢測的發展與普及,關于驅動基因共突變的報道越來越多[17-20]。本研究中,共有27 例(4.08%)患者存在多個驅動基因共突變。研究表明,存在驅動基因共突變的患者可能受益于一種以上靶向藥物[21],而現階段對驅動基因共突變的分子機制及對靶向藥物的反應所知不多。關于多基因共突變的用藥情況,有待積累大量臨床數據后進行更深入、更廣泛的研究來闡述其分子機制,進而評估此類患者靶向治療效果。

NCCN 指南建議對NSCLC 患者進行EGFR、ALK、KRAS、ROS1、RET、BRAF、HER-2、NRAS、MET14 基因檢測。ARMS-PCR 方法可聯合檢測指南中建議的10 個基因,包含常見的靶向用藥基因及耐藥基因,檢測周期短、成本相對較低,本研究中多基因檢測均采用此方法,總驅動基因檢出率為67.62%,與趙冉等[22]采用NGS 法的研究結果接近,證實ARMS-PCR 方法聯合檢測10 基因可基本滿足大部分初診初治的NSCLC 患者基因檢測需求,為臨床提供一個全面的精準治療方案。

病理標本的獲取途徑有多種。近年來,隨著纖維支氣管鏡技術、穿刺技術的發展,病理標本的獲取變得更加便捷。但許多因腫瘤位置特殊、患者自身條件難以耐受有創操作等,活檢未能適用于所有患者。國內非小細胞肺癌分子病理檢測指南[23]建議,NSCLC 患者的手術、活檢、細胞學和體液等標本均可用于基因檢測。通過胸水/心包積液/腦脊液等離心之后獲得的沉渣細胞塊標本可以作為一種有效的補充。既往研究[24-25]表明,細胞學標本與組織標本的基因檢測陽性率相當,甚至優于活檢組織樣本,而本研究中沉渣細胞塊標本的驅動基因檢出率為78.67%,顯著高于其他類型標本的驅動基因檢出率。由此證實,質控合格的沉渣細胞塊標本用于基因檢測的優勢明顯,可以在組織樣本取材困難且存在大量癌性胸水/心包積液/腦脊液的患者中廣泛推廣。

本研究通過回顧性分析的方法對本地區661例NSCLC 患者的驅動基因進行分析,可為NSCLC患者的靶向治療提供一定的數據參考,但研究設計相對簡單,臨床申請基因檢測時會結合患者實際情況,主觀性強,病理類型具有一定的偏向性,如許多鱗癌或少見病理類型的肺癌并未進行檢測,導致部分分組樣本例數偏少,研究結果缺乏代表性。后續有待進一步積累數據、優化研究設計后,再進行更深入的研究。

綜上所述,NSCLC 患者常見驅動基因與臨床病理特征具有一定的相關性。質控合格的沉渣細胞塊標本用于基因檢測的優勢明顯。此外,ARMS-PCR 法聯合檢測10 種基因實驗方法簡單、所需時間短,可作為初診初治NSCLC 患者的首選基因檢測方法。

【Author contributions】WANG Yan performed the experiments and wrote the article.HE Yajing and HUANG Lina performed the experiments.WANG Yan and ZHANG Yuwen revised the article.ZHANG Yuwen designed the study and reviewed the article.All authors read and approved the final manuscript as submitted.

【Conflict of interest】The authors declare no conflict of interest.

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