獼猴桃EST-SSR引物篩選及通用性分析

摘 要：應用SSRHunter軟件對NCBI公共數據庫中的獼猴桃EST序列進行篩查，利用Primer 5.0軟件設計引物并進行篩選，同時對其在部分柑橘類植物的通用性進行分析。以漓江獼猴桃DNA為模板，對所設計的97對EST-SSR引物進行篩選，結果表明其中77對引物能擴增出清晰條帶，有效擴增率為79.38%。隨機選取20對引物對10份獼猴桃資源進行檢測，結果發現有17對引物對所有材料都有擴增產物并呈現出多態性，多態性擴增率為85%。隨機應用20對有效EST-SSR引物對興津、金柑、枳殼、椪柑、酸柚、甜橙、胡柚、尾張、宮川等柑橘類植物基因組DNA進行擴增，結果表明，其中有11對引物在供試材料中有擴增產物，占引物總數的55%；有8對引物的擴增產物具有多態性，擴增率為72.7%。據此，基于獼猴桃EST序列而篩選的SSR引物在柑橘類植物中具有一定的通用性。

關鍵詞： 獼猴桃； EST-SSR； 引物篩選； 柑橘； 通用性

中圖分類號：Ｓ６６3．4 文獻標識碼：Ａ 文章編號：１００９－９９８０?穴２０11?雪０6－1111－０6

Mining and transferability analysis of EST-SSR primers in Kiwifruit (Actinidia spp.)

LIAO Jiao， HUANG Chun-hui， GU Qing-qing， QU Xue-yan， XU Xiao-biao*

(College of Agronomy， Jiangxi Agricultural University， Nanchang， Jiangxi 330045 China)

Abstrat: ESTs of Actinidia in the NCBI database were downloaded and screened by SSRHunter software， the EST-SSR primers were designed by Primer 5.0， and their transferabilities were analyzed in some Citrus plants. The 97 EST-SSR primers which were deigned were mined by using genomic DNA of Actinidia lijiangensis. The results indicated that the 77 pairs of primer showed amplification， accounting for 79.38%. Twenty pairs of primer selected were detected to PCR for DNAs from 10 Actinidia varieties， the 17 primer pairs of the 20 showed amplification and polymorphism， accounting for 85%. The transferability of 20 pairs of EST-SSR primers which were randomly selected was explored in 9 Citrus germplasms (Okitsu， Kumquat， Trifoliate Orange， Ponkan， Sour Pummelo， Sweet Orange， Huyou， Owari， Miyagawa). The results showed that the 11 primer pairs of the 20 tested primers had the amplification， accounting for 55%. And the 8 primer pairs showed polymorphism， accounting for 72.7%. The results revealed that the EST-SSR markers in Actinidia were transferable in some Citrus germplasms.

Key words: Kiwifruit (Actinidia)； EST-SSR； Mining of primers； Citrus； Transferability

簡單重復序列（Simple Sequence Repeat，SSR），也叫微衛星（Microsatellites）。與其他分子標記技術相比，SSR標記具有多態信息含量高、共顯性遺傳、技術簡單、重復性好、特異性強等特點[1]，已被應用于蘋果、葡萄、柑橘和果梅等果樹基因組研究中[2-6]。

表達序列標簽（Express Sequence Tags，EST），是指通過cDNA文庫中隨機挑取的克隆進行大規模測序所獲得的cDNA的5’或3’端序列，長度一般為150～500 bp[7]。近年來大量快速增長的EST數據已成為SSR的重要來源，各種植物中約有1%～5%的EST含有可用于建立標記的SSR[8]。EST-SSR標記具有信息量大，通用性好，開發簡單快捷、費用低等優點，是一種新型簡便、快速有效的分子標記，并被證明有多方面的利用價值和功能性[9-10]。……