金銀花中綠原酸及其異構體三維結構的生物信息學研究

沈 霞 譚亞芳 劉 清 陜西中醫學院藥學院 (西安 712046)

金銀花是我國中醫臨床常用的中藥之一。有研究表明,金銀花中主要的抗病毒成分為綠原酸。綠原酸主要存在于莖皮類藥用植物中,具有廣泛的藥理作用[1]。綠原酸具有抗菌、抗病毒、增高白血球、保肝利膽、抗腫瘤、降血壓、降血脂、清除自由基和興奮中樞神經系統等作用。有文獻報道綠原酸對常見呼吸道病毒有較強的抑制作用[2]。綠原酸除具有抗病毒作用以外,還能夠通過誘生 a-IFN,達到多種免疫調節作用。然而,尚未見到有關綠原酸三維結構構效關系的研究報道。

計算機輔助藥物設計的方法始于 1980年代早期,是應用量子力學、分子動力學、構效關系等基礎理論數據研究藥物對酶、受體等的作用的藥效模型,從而達到闡明藥物作用的分子機制,并在此基礎上設計藥物目的[3,4]。本研究應用 SYBYl軟件優化并得到綠原酸及其異構體的三維結構,在此基礎上采用計算機輔助的藥物設計中的結合位點分析法研究金銀花中抗病毒成分綠原酸及其異構體的結構差異。本研究擬闡明綠原酸及其異構體結構主要差異,為設計、篩選抗流感病毒的先導化合物奠定結構基礎。

1 實驗部分 1.1 綠原酸及其異構體二維結構的獲得 首先通過 CHEM LINK數據庫(http://www.chemblink.com/asp/searching.asp)得到綠原酸(CAS NO:327-97-9),新綠原酸(CAS NO:906-33-2),隱綠原酸(CAS NO:905-99-7),綠原酸半水化合物(CAS NO:6001-76-9)二維結構的平面圖。

1.2 三維結構的優化 首先,使用 chembiodraw軟件將綠原酸及其異構體分子的平面結構畫出來,將此三維結構直接導入 SYBYL軟件中。……