基于TCGA數據庫分析甲基化促進精原細胞瘤進程的作用機制

陳賽鵬，王嘉南，王 林，彭華紅，肖龍飛，楊 闊

（天津醫科大學第二醫院泌尿外科，天津市泌尿外科研究所，天津300211）

睪丸生殖細胞瘤（Testieular Germ Cell Tumor，TGCTs）占睪丸原發性惡性腫瘤的90%以上，是15～35歲男性最常見的實體瘤[1]。臨床上將TGCT分為精原細胞瘤和非精原細胞瘤兩大類，后者可細分為胚胎細胞癌、絨毛膜癌、卵黃囊瘤和畸胎瘤[2]。American Joint Committee on Cancer(AJCC)根據精原細胞瘤的增殖和轉移的程度分為精原細胞瘤Ⅰ期、Ⅱ期和Ⅲ期。Ⅰ期精原細胞瘤術后通過密切隨訪,藥物輔助化療和輔助放療可以完全治愈[3]。然而,Ⅱ期、Ⅲ期的術后的存活率較低,術后一般以放療和化療為主[4]。目前精原細胞瘤的組學研究進展尚不完善，因此,探索精原細胞瘤的基因表達譜對了解原始生殖細胞與腫瘤形成的關系是非常重要的。DNA甲基化是一種重要的表觀遺傳修飾，它可以在不改變DNA序列的情況下改變基因組的表達。DNA甲基化的主要機制是將甲基(CH3)與CG二核苷酸的細胞因子結合，從而改變染色質結構、DNA構象、DNA穩定性，以及誘導DNA與蛋白質相互作用以控制基因表達的方式[5]。許多研究表明，DNA甲基化在腫瘤的發生發展過程中起著至關重要的作用，主要表現為DNA甲基化模式和DNA甲基轉移酶表達水平的改變[6]。然而，到目前為止還沒有系統的分析甲基化在精原細胞瘤進展中的作用。TCGA(The Cancer Genome Atlas)中有156例精原細胞瘤的450K甲基化數據和156例精原細胞瘤的RNA seq數據。因此筆者將TCGA甲基化芯片數據與RNA seq數據進行整合，分析甲基化調控的基因表達在精原細胞瘤惡性進展過程中發揮作用。……