生物信息學方法鑒定與腎透明細胞癌預(yù)后相關(guān)的關(guān)鍵基因△

何天基，陳翔，王偉，劉峰，蔡孟會，石海林#

1廣西醫(yī)科大學附屬柳州市人民醫(yī)院泌尿外科，廣西 柳州 545006

2桂林醫(yī)學院附屬醫(yī)院泌尿外科，廣西 桂林 541001

腎癌是常見的泌尿系統(tǒng)惡性腫瘤之一，據(jù)預(yù)測2021 年美國將發(fā)生約76 080 例腎癌病例，其中死亡病例約13 780 例，而腎透明細胞癌（kidney renal clear cell carcinoma，KΙRC）約占腎癌的85%。早期KΙRC 患者的生存率超過75%，但由于解剖位置隱蔽、患者認知等因素影響，多數(shù)患者在確診時已發(fā)生轉(zhuǎn)移，而Ⅳ期患者的生存率﹤10%。既往對KΙRC 的研究多涉及單個基因，但隨著研究的深入，單基因單疾病理論難以解析腫瘤的發(fā)生及發(fā)展，并且KΙRC 存在較大的異質(zhì)性，靶向治療的效果在不同患者中差異很大，對個體治療藥物的選擇是臨床實踐中的一個巨大挑戰(zhàn)。因此，對KΙRC 患者的基因特征進行系統(tǒng)分析以確定KΙRC新的生物標志物是非常必要的，這不僅有利于提高KΙRC 的診斷率，還能夠為KΙRC 的治療提供新的藥物靶點。加權(quán)基因共表達網(wǎng)絡(luò)分析（weighted gene co-expression network analysis，WGCNA）是在復(fù)雜數(shù)據(jù)中快速提取出與樣本特征相關(guān)的基因共表達模塊，計算基因之間的表達相關(guān)性，從而將具有表達相關(guān)性的基因聚類到一個模塊中，再分析模塊與樣本特征（包括臨床特征、手術(shù)方式、治療方法等）的相關(guān)性。本文通過WGCNA 對腫瘤基因圖譜（The Cancer Genome Atlas，TCGA）及基因 表 達 匯 編（Gene Expression Omnibus，GEO）（GSE66272、GSE3）中的基因表達譜數(shù)據(jù)進行分析，以期發(fā)現(xiàn)KΙRC 發(fā)生發(fā)展的關(guān)鍵基因及信號通路，為KΙRC 患者的精準治療提供新的靶點，現(xiàn)報道如下。

1 資料與方法

1.1 數(shù)據(jù)下載與提取

分別從TCGA（https://portal.gdc.cancer.gov/）和GEO（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gds）中 下 載KΙRC 的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)及其對應(yīng)的臨床數(shù)據(jù)，TCGA中含539 例KΙRC 組織和59 例正常腎組織；……