丙戊酸單藥治療癲癇患者療效的生物信息學(xué)分析

陳傲寒綜述， 黎銀潮， 陳樹達(dá)， 劉賢岳， 許曉偉， 趙 軻， 王誠蔗， 周列民審校,2

癲癇是最常見的慢性神經(jīng)元性疾病之一，以神經(jīng)元持續(xù)性的異常放電導(dǎo)致中樞神經(jīng)系統(tǒng)功能失常為特征。任何年齡均會發(fā)病，全世界約7000萬患者，其反復(fù)發(fā)作影響患者的身體健康，對患者及其家人的生活、心理及經(jīng)濟(jì)等方面造成負(fù)擔(dān)[1]。使用抗癲癇藥物(antiepileptic drugs，AEDs)是控制癲癇發(fā)作最基礎(chǔ)、最有效的治療方式，但是臨床上仍有30%的患者在足量、足療程治療后復(fù)發(fā)[2]。丙戊酸是一種非選擇性鈉離子通道阻滯劑，是治療癲癇的一線藥物，對控制癲癇全身發(fā)作和局部發(fā)作具有較好的效果，但是這種效果受基因變異的影響較大。Feng[3]等發(fā)現(xiàn)CYP3A4、SCN1A和UGT2B7基因多態(tài)性對丙戊酸治療癲癇的療效具有重大影響。為了從基因角度更深入的分析丙戊酸治療癲癇存在差異性的可能，本研究使用來自基因芯片公共數(shù)據(jù)庫GEO的一組癲癇患者與正常人的芯片，分析探討基因表達(dá)的差異性對丙戊酸治療癲癇療效的影響。

1 材料和方法

1.1 數(shù)據(jù)來源 本研究選取數(shù)據(jù)來自GEO數(shù)據(jù)庫的芯片，系列號GSE143272，采用商業(yè)化的離子通道芯片平臺GPL10558[4]。數(shù)據(jù)集包含16個癲癇患者丙戊酸單藥治療反應(yīng)好、9個癲癇患者丙戊酸單藥治療無效和50個正常人的外周血標(biāo)本。從這些外周血標(biāo)本中分離得到總RNA，再利用Illumina芯片技術(shù)和HumanHT-12_v.4 芯片進(jìn)行基因表達(dá)譜分析。

1.2 預(yù)處理數(shù)據(jù)與篩選差異表達(dá)基因 基于GPL10558平臺構(gòu)建的信息，將探針識別號轉(zhuǎn)化為正式基因名稱(保留mRNA探針，放棄其他非mRNA探針)。……